生信分析工具
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生信分析的工具记录日志
逍遥_yjz
主要从事文本处理,实体识别方向;攻读自然语言处理,深度学习。
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Scanpy(5)单细胞轨迹推断-PAGA
以小鼠数据为例,进行单细胞轨迹推断。原创 2024-06-05 11:42:38 · 1084 阅读 · 0 评论 -
Scanpy(4)用与数据整合和批次处理
对ingest整合好的数据集进行PCA。屏蔽pca之后的图对比:发现,原创 2024-06-05 11:32:16 · 856 阅读 · 0 评论 -
Scanpy(3)单细胞数据分析常规流程
面对高效快速的要求上,使用R分析数据越来越困难,转战Python分析,我们通过scanpy官网去学习如何分析单细胞下游常规分析。数据3k PBMC来自健康的志愿者,可从10x Genomics免费获得。在linux系统上,可以取消注释并运行以下操作来下载和解压缩数据。最后一行创建一个用于保存已处理数据的目录write,后面直接使用保存的数据,能快速加载数据。原创 2024-06-05 11:20:31 · 1068 阅读 · 0 评论 -
ChAMP加载肺癌数据和分析甲基化数据流程
ChAMP 甲基化数据分析流程原创 2024-05-27 14:00:30 · 872 阅读 · 0 评论 -
ChAMP分析甲基化数据:样本信息csv的制作和IDAT读取
使用ChAMP包分析甲基化数据,chAMP包非常强大,记录一下,用于学习记录,按照自已安装的方式安装。转载 2024-05-24 17:34:01 · 127 阅读 · 0 评论 -
Scanpy(1)数据结构和样本过滤
Scanpy 是一个可扩展的工具包,用于分析与 AnnData(一种数据结构)联合构建的单细胞分析数据。通过conda,使用命令cd。原创 2024-04-21 18:34:15 · 1114 阅读 · 0 评论 -
scanpy的UMAP可视化优化
在进行UMAP可视化时,经常使用scanpy.pl.umap()来进行可视化,但是有时不能画出我们想要的结果,这时应该怎么办呢?原创 2024-04-21 18:31:33 · 404 阅读 · 0 评论 -
Scanpy(2)多种可视化
我们使用10x的PBMC数据集(包含68k个细胞)。Scanpy在其发行版中包含了这个数据集的缩减版,该数据集只包含700个细胞和765个高变基因。。原创 2024-04-19 16:24:33 · 874 阅读 · 0 评论