注：主要讲述scanpy处理数据的结构、数据过滤（生信领域）和数据预处理（和机器学习类似，但是又有不同。）
1. Scanpy简介与安装
Scanpy 是一个可扩展的工具包，用于分析与 AnnData（一种数据结构）联合构建的单细胞分析数据。
通过conda，使用命令cd进入whl文件所在的目录后，然后通过pip安装：
pip install scanpy
2. AnnData
2.1 AnnData的结构
在scanpy中，我们最常见的数据结构是AnnData，它是一个用于存储数据的对象，其数据结构可以描述如下：
我们把上面这个对象记作 adata，我们需要了解以下几个部分：
| 功能 | 类型 | |
|---|---|---|
| adata.X | 矩阵 | numpy矩阵 |
| adata.obs | 观测量 | pandas Dataframe |
| adata.var | 特征量 | pandas Dataframe |
| adata.uns | 非结构化数据 | 字典dict |
为了进一步了解这个数据结构，我们手动构建一个AnnData对象：
import numpy as np
import pandas as pd
import anndata as ad
from string import ascii_uppercase
# 设置观测样本的数量
n_obs=1000
# obs用于保存观测量的信息
obs=pd.DataFrame()
# numpy.random.choice(a, size=None, p=None)
# 从a(ndarray, 但必须是一维的)中随机抽取元素, 并组成指定大小(size)的数组
# 数组p: 与数组a对应, 表示取数组a中每个元素的概率, 默认情况下选取每个元素的概率相同
obs['time']=np.random.choice(['day1','day2','day4','day8'],size=n_obs)
# 设置特征名var_names
print(ascii_uppercase) # ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ
var_names=[i*letter for i in range(1,10) for letter in ascii_uppercase]
print(var_names)
# ['A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', ......, 'X', 'Y', 'Z',
# ......
# 'AAAAAAAAA', 'BBBBBBBBB', 'CCCCCCCCC', ......, 'YYYYYYYYY', 'ZZZZZZZZZ']
# 特征数量
n_vars=len(var_names) # 234
# 将特征定义到 Dataframe
var=pd.DataFrame(index=var_names)
print(var.head()) # 现在var没有columns(列索引), 只有index(行索引)
# 创建数据矩阵 adata.X
X=np.arange(n_obs*n_vars).reshape(n_obs,n_vars)
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然后初始化 AnnData 对象，AnnData 对象默认采用数据类型 float32，我们为了便于后期观察打印结果，设置数据类型为 int32：
adata=ad.AnnData(X,obs=obs,var=var,dtype='int32')
# 查看数据
print(adata)
"""
AnnData object with n_obs × n_vars = 1000 × 234
obs: 'time'
"""
# 查看adata的X矩阵
print(adata.X)
"""
[[ 0 1 2 ... 231 232 233]
[ 234 235 236 ... 465 466 467]
[ 468 469 470 ... 699 700 701]
...
[233298 233299 233300 ... 233529 233530 233531]
[233532 233533 233534 ... 233763 233764 233765]
[233766 233767 233768 ... 233997 233998 233999]]
"""
1234567891011121314151617181920
一般对于adata.X，行对应观测（即，细胞），列对应特征（即，基因）；
我们每次操作 AnnData 时，并不是再新建一个 AnnData 来存储数据，而是直接找到已经在之前初始化好的 AnnData 的内存地址，通过内存地址来直接改变 AnnData 的值。这样做的好处是：
- 无需分配多余的内存；
- 可以直接修改已经初始化后的 AnnoData 对象；
比如：
# 查看 'A' 列的头三个元素
print(adata[:3, 'A'].X)
"""
[[ 0]
[234]
[468]]
"""
# 设置 'A' 列的头三个元素
adata[:3, 'A'].X = [0, 0, 0]
# 再查看 'A' 列的头五个元素发现值被修改了
print(adata[:5, 'A'].X)
"""
[[ 0]
[ 0]
[ 0]
[702]
[936]]
"""
1234567891011121314151617181920
但是，如果将 AnnData 对象中的一部分赋值到新对象，该对象会得到一块新内存用于存储实际数据，而不再是对原来adata对象的内存地址引用，比如：
adata_subset = adata[:5, ['A', 'B']]
print(adata_subset)
"""
View of AnnData object with n_obs × n_vars = 5 × 2
obs: 'time'
"""
# 为新对象 adata_subset 增加观测量 'foo'
adata_subset.obs['foo'] = range(5)
print(adata_subset)
"""
AnnData object with n_obs × n_vars = 5 × 2
obs: 'time', 'foo'
"""
1234567891011121314
2.2 h5ad：AnnData的写入和读取
我们可以将AnnData对象通过h5ad文件保存到磁盘中，保存过程如下：
# 计算对象的大小
def print_size_in_MB(x):
print('{:.3} MB'.format(x.__sizeof__()/1e6))
# 查看对象大小
print_size_in_MB(adata) # 0.187 MB
# 查看是否备份
print(adata.isbacked) # False
# 设置备份地址
adata.filename = './test.h5ad'
# 查看是否备份成功
print(adata.isbacked) # True
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当 adata.isbacked 状态为 True 后，证明对象已经被写入磁盘；
相反的，我们可以利用 scanpy 很方便地读取文件，获得 AnnData 对象：
import scanpy as sc
Myadata=sc.read('./test.h5ad')
print(Myadata)
"""
AnnData object with n_obs × n_vars = 1000 × 234
obs: 'time'
"""
12345678
3. Scanpy中一些常用api的用法介绍
首先导入Scanpy：
import scanpy as sc
1
3.1 sc.pp.filter_cells
sc.pp.filter_cells(data, min_genes=None, max_genes=None)
1
常常用于预处理中，做一些细胞筛选的工作，该函数保留至少有 min_genes 个基因的细胞，或者保留至多有 max_genes 个基因的细胞；
另外注意，参数 min_genes 和参数 max_genes 不能同时传递；
实例：
# 导入数据
adata=sc.datasets.krumsiek11() # 5类细胞, 640个细胞样本, 共测量11种基因
print(adata)
"""
AnnData object with n_obs × n_vars = 640 × 11
obs: 'cell_type'
uns: 'iroot', 'highlights'
"""
print(adata.n_obs) # 640个细胞
# 11个基因(即特征)
print(adata.var_names)
"""
Index(['Gata2', 'Gata1', 'Fog1', 'EKLF', 'Fli1', 'SCL', 'Cebpa', 'Pu.1',
'cJun', 'EgrNab', 'Gfi1'],
dtype='object')
"""
### 注意观察细胞数量变化 ###
sc.pp.filter_cells(adata,min_genes=0) # 相当于没有筛选
print(adata.n_obs) # 640
print(adata.obs)
"""
cell_type n_genes
0 progenitor 9
.. ... ...
159 Neu 8
细胞一共就5类, 每一类有不同数量个细胞, cell_type左边的index不是dataframe的真正int型index,
是字符串index, 仅表示每类细胞的index, 比如Neu范围是0到159
"""
print(set(adata.obs['cell_type'].values)) # 5类细胞{'Neu', 'progenitor', 'Ery', 'Mo', 'Mk'}
print(adata.obs['n_genes'].min()) # 4, 每个细胞至少测量了4个基因
sc.pp.filter_cells(adata,min_genes=6) # 选择测量了6个基因以上的细胞
print(adata.n_obs) # 630
print(adata.obs['n_genes'].min()) # 6
123456789101112131415161718192021222324252627282930313233343536373839
3.2 sc.pp.filter_genes
sc.pp.filter_genes(data, min_cells=None, max_cells=None)
1
该函数用于保留在至少 min_cells 个细胞中出现的基因，或者保留在至多 max_cells 个细胞中出现的基因；
参数 min_cells 和参数 max_cells 不能同时传递；
对比 sc.pp.filter_cells 可以发现，sc.pp.filter_genes 用于选择基因（筛选列），sc.pp.filter_cells 用于选择细胞（筛选行）；
3.3 sc.pp.highly_variable_genes
sc.pp.highly_variable_genes(
data,
n_top_genes=None,
min_disp=0.5,
max_disp=inf,
min_mean=0.0125,
max_mean=3)
1234567
该函数用于确定高变基因；
常用参数说明：
data：AnnData Matrix，行对应细胞列对应基因n_top_genes：要保留的高变基因的数量
高变异基因就是highly variable features（HVGs），就是在细胞与细胞间进行比较，选择表达量差别最大的基因，Seurat使用FindVariableFeatures函数鉴定高变基因，这些基因在不同细胞之间的表达量差异很大（在一些细胞中高表达，在另一些细胞中低表达）。默认情况下，会返回2,000个高变基因用于下游的分析。
利用FindVariableFeatures函数，会计算一个mean-variance结果，也就是给出表达量均值和方差的关系并且得到top variable features，这一步的目的是鉴定出细胞与细胞之间表达量相差很大的基因，用于后续鉴定细胞类型。
标记基因 (marker gene)，是一种已知功能或已知序列的基因，能够起着特异性标记的作用。
3.4 sc.pp.normalize_total
sc.pp.normalize_total(adata, target_sum=None, inplace=True)
1
函数可以对每个细胞进行标准化，以便每个细胞在标准化后沿着基因方向求和具有相同的总数target_sum；
实例：
adata.X
array([[ 3., 3., 3., 6., 6.],
[ 1., 1., 1., 2., 2.],
[ 1., 22., 1., 2., 2.]], dtype=float32)
# 设置 target_sum=1 标准化后
X_norm
array([[0.14, 0.14, 0.14, 0.29, 0.29],
[0.14, 0.14, 0.14, 0.29, 0.29],
[0.04, 0.79, 0.04, 0.07, 0.07]], dtype=float32)
123456789
ta.X
array([[ 3., 3., 3., 6., 6.],
[ 1., 1., 1., 2., 2.],
[ 1., 22., 1., 2., 2.]], dtype=float32)
设置 target_sum=1 标准化后
X_norm
array([[0.14, 0.14, 0.14, 0.29, 0.29],
[0.14, 0.14, 0.14, 0.29, 0.29],
[0.04, 0.79, 0.04, 0.07, 0.07]], dtype=float32)
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