开启X11Forward,飞速打开fastqc的html质控文件
注:本文章图片显示异常,在微信公众号平台可以看到有图片的完整版:
https://mp.weixin.qq.com/s/RhrGaap22lr2XYA4waV7nA
写在前面:
零基础自学生信,小白经验分享,意在为有同样需要的小伙伴们少踩几个坑儿,更快到达彼岸~
前期的工作也有文字记录,后面有时间了再整理发出来(先发这篇文章的原因是我觉得troubleshooting的过程比单纯按教程一步一步顺利走下来的过程更有趣更值得反复玩味)
自学生信起步阶段,有诸多不成熟之处,还望这篇小小的分享若有幸被有经验的大神看到,但求不吝赐教~_
前情提要
前期工作
- 下载了sra数据,转化为fastq文件
- 现对fastq文件进行fastqc质控,质控完毕后生成html文件
当前步骤
- 打开html文件查看质控结果
操作目的
- 打开html文件查看质控结果的方法有很多,直接调用firefox打开html文件我认为是相比于其他方法,较快的一种(as far as I know)。所以我想使用这种方法来打开html文件,以节省以后多次打开质控结果html文件的时间,但是在我的服务器上直接调用firefox无法打开,显示报错(报错代码如下↓)。所以此分享详细记录并且简化总结了设置firefox打开质控文件html的过程,本人在这个过程中走了一些弯路,查了不少资料,现放出这个经验分享,以使大家少采坑。
报错代码
$ firefox
Error: GDK_BACKEND does not match available displays
背景知识
- 打开html文件的方法
- 将html文件从服务器下载到本地电脑再在浏览器打开
- windows用户:有些shell可视化软件可以将html文件直接打开
- 使用firefox命令直接在服务器打开html文件(macos用户需搭配xquartz软件一起使用)
- firefox打开html文件属于图形界面应用,需开启X11 forward设置才能实现服务器的远端可视化。因此设置firefox打开html的过程本质上是设置X11 forward的过程
- 这当中涉及到的一些linux系统基本操作的知识,就不介绍了,用到了可以现查。
总结经验
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新手上路遇到的很多操作上的bug,多数是权限问题
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权限意识很重要,就像《鸟哥的Linux私房菜》中所说,权限意识要贯穿始终!
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有些过程看似弯路,但其实只要能走下来,就收获了很多直路收获不到的经验与知识。
参考指路
https://zhuanlan.zhihu.com/p/265207166
以下是操作步骤~分为两个版本
“一步到位版”为去除了各种试错步骤、总结后的版本
“打怪过程版”为与bug斗智斗勇的详细打怪过程~ 有兴趣的小伙伴可以看看~
一步到位版
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在终端(没有登录ssh服务器),修改ssh设置文件
$ cd /etc/ssh/</