chip_seq数据分析专题

最新推荐文章于 2024-06-19 18:13:56 发布
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文章标签： 可视化 数据分析 大数据 人工智能 数据挖掘
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本文详述CHIP-seq技术及其在基因调控和表观修饰研究中的应用，涵盖从实验质控、峰值检测到注释、motif分析及数据库资源的全过程。包括MACS2、SICER、HOMER等peak calling工具，以及ENCODE、ChIP-Atlas等公共数据库。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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chip-seq技术依托于高通量测序技术和生信分析的发展，可以在全基因组范围内分析DNA与蛋白质的相互作用，目前常用于研究转录因子，各种组蛋白修饰在基因组上的结合位点，和依托芯片的Chip-chip技术相比，chip-seq实验周期更短，更加高效，覆盖的基因组范围也更加广泛，是研究基因调控，表观修饰的利器之一。

本文整理了chip_seq分析相关的资料，首先是chip_seq的基本概念以及常用的质控指标

对于chip_seq而言，测序深度的可视化也是非常重要的一环

其核心分析内容，当然是peak calling了

得到peak之后，就是对peak区域进行注释

根据peak区域的序列，还可以进行motif分析，识别特定蛋白结合区域的序列

chip_seq发展了这么多年，已经积累了大量的实验数据和分析结果，公共数据库很多

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一键分析ChIP-seq数据
最新发布
公众号/简说基因，知乎/简宝玉
06-19 804
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ChIP-seq 分析：教程简介（1）
冷冻工厂
02-05 964
简介 本课程[1]介绍 Bioconductor 中的 ChIPseq 分析。该课程由 4 个部分组成。这将引导您完成正常 ChIPseq 分析工作流程的每个步骤。它涵盖比对、QC、peak calling、基因组富集测试、基序富集和差异 ChIP 分析。 课程材料和练习可在 https://rockefelleruniversity.github.io/Intro_To_R_1Day/ 上以呈现的 HTML 形式查看。 环境准备 IGV IGV 可以从 BROAD 网站安装。 》 https://www.
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bio_meimei的博客
11-10 7527
文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转bam为bam文件建立索引载入IGV查看用MACS call peak安装MACS结果注释与可视化 CHIP-Seq数据分析流程 相关软件安装 所需要的软件有sratoolkit, fastqc,bowtie2,samtools,macs2,htseq-count,bedtools和前面RNA-seq数据分析
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