邓飞----育种数据分析之放飞自我

chatGPT是由OpenAI开发的一个人工智能聊天机器人程序，于2022年11月推出。该程序使用基于GPT-3.5架构的大型语言模型并通过强化学习进行训练。ChatGPT目前仍以文字方式交互，而除了可以通过人类自然对话方式进行交互，还可以用于相对复杂的语言工作，包括自动文本生成、自动问答、自动摘要等在内的多种任务。如：在自动文本生成方面，ChatGPT可以根据输入的文本自动生成类似的文本（剧本、歌曲、企划等），在自动问答方面，ChatGPT可以根据输入的问题自动生成答案。

里面有些坑，写篇博客介绍一下。R包是生物信息分析汇总，基因富集分析可视化经常用到的R包，但是安装时，新手经常会遇到一些问题，这里简单总结一下。

在Rstudio中，Ctrl+Shift+D是复制代码行。更新钉钉后，发现Ctrl+Shift+D是打开钉钉的窗口，在Rstudio中按快捷键，就打开了钉钉……酸爽。下面介绍一下如何取消钉钉的快捷键：1，打开钉钉2，点击个人头像，进入设置3，翻到最后找到快捷键设置，去除就可以了。666......

这里，介绍一下阅读英文书籍，选种翻译的功能。在阅读网页版的英文资料时，可以通过安装沙拉翻译，选中英文，直接翻译：pdf在浏览器中打开，不支持选种翻译，这里使用知云，进行阅读翻译。https://www.zhiyunwenxian.cn/微信扫码登录：如果扫码没反应，就点击：其它功能–重新登录，多试几次就可以了。选种英文的段落，右边出现中文的翻译。整体中文结果不影响理解，可以大大加快阅读的速度。...

大家好，我是飞哥。前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。引文部分是原书的谷歌翻译，正文部分是我的理解。第一部分基础，分为六个章节，分别是：​今天，介绍第三章的内容，群体遗传学的内容，看一下目录：本章节包括：飞哥笔记：PCA分析、群体结构分析、HWE哈温平衡，连锁不平衡分析LD，这些概念对于理解统计遗传很重要重要飞哥笔记：这与动植物育种类似，经过选择的品种（商品种），比野生群体多样性更差，LD衰减更快飞哥笔记：PCA降维，用前两个或者前三个表示十万

在一个更大的框架下学习，就像是提升了一个维度，好比你之前在二维世界中，只有前后左右，你不断的探索，不断的画平面圈，有充分的经验去描述脸大脸小，还是无法理解高鼻梁是什么意思！《三体》小说中，三体人制造了水滴这个高科技武器，打败了人类的舰队，但是人类打败水滴，是因为进入了一段四维空间，四维空间可以看到水滴的内部，可以进入操作水滴的内部，就把水滴破坏了。所以，学习一个大的框架，直接决定了视野的宽广与否。如果一直沉浸于方差分析和回归分析中不可自拔，有一种仰之弥高，钻之弥坚的绝望，不妨换一个框架去理解和学习。你会

所谓call snp，是比对SNP的过程。我们做GWAS都有哪些步骤呢？首先，要确定样本，无论是300个自交系群体，还是300个病人的血液或者组织样本，这些自交系或者病人都称为样本（sample），提取DNA，每个样本对应一个DNA。然后，将DNA（或者将叶片或者组织）送到测序公司，进行二代测序或三代测序，得到DNA的片段数据，比如100bp，1000bp等等。然后，call snp，将这些DNA片段，比对到参考基因组上，找到变异的位点，这些位点就可以称为一个SNP。输出后的结果是vcf或者plin

前几天，我的公众号关注人数突破了10000，这么小众的公众号，还有这么多人信任我，值的记录一下。公众号2016年开通，佛系更新，大都是自己的学习笔记，还有放飞自我的段子。育种数据分析很多人问我公众号的名称：育种数据分析之放飞自我你育种数据分析，都分析什么育种数据呀？育种数据还要分析吗？你是做猪，还是做鸡，做牛还是做马？之前学习农学时，有人像我请教种地，我是一窍不通的。后来学习玉米育种，有人让我推荐玉米品种，我就说958,335。后来我发猪育种的知识，大白长白杜洛克，大家以为我是做猪的，后来我发蛋

最近，在新的电脑上安装了有道云笔记。更新成功了。但是新版本不太好用，就下载了旧版本，结果发现内容只有文件夹，没有文件。解决方法：1， 显示隐藏文件2. 进入AppData3. 删除Local中的YNote或者将下面路径，复制到文件夹地址栏，然后回车： %USERPROFILE%\AppData\Local\YNote然后重新登录，点击同步即可。...

1. markdown常用语法介绍1.1 标题使用###表示，下面是测试一级标题# 一级标题二级标题## 二级标题三级标题### 三级标题四级标题#### 四级标题1.2 加黑用两个星号包括起来这个就是加黑**这个就是加黑**1.3 引用使用>开头，后面的字会当作引用的格式小狗不能因为有大狗的存在，而失去自己的叫声> 小狗不能因为有大狗的存在，而失去自己的叫声1.4 公式sd=Var(a)n−1sd = \sqrt{\frac{Var(a)

1 下载VScode2 下载MRO3 配置VScode3.1 安装radian在终端下，键入下面代码，安装radianpip install -U radian如下图：3.2 在安装R配件3.3 安装插件R LSP3.4 设置settings.json将下面代码放进去，把对应的位置替换自己的路径。{ "r.bracketedPaste": true, "r.rterm.windows": "C:\\Users\\df\\Anaconda3\\Scripts\\r

1. radian编辑器应用场景总所周知 1 我的电脑挂了，然后就不能使用服务器上的RStudio了 2，终端的R太丑了 3，而且不方便，就试一下radian这款编辑器 4，顺便写一下使用方法 5。radian官网：https://github.com/randy3k/radian应用场景适合没有窗口界面下，编辑R语言的地方，比如不能使用RStudio，然后又想用更好的编辑器（相对于R自带的编辑器），那就试试这款21世纪的R语言编辑器--radian2. 安装radian首先，要使用ra

1. 背景如果想对某一列的内容，进行操作，把它分割为两列，应该如何处理？最近要实现一个功能，网上面搜索了很久，还是没有找到合理的答案。于是看了说明文档，半分钟就解决了，真是所有的文档，还是说明文档香2. 模拟数据代码：df = data.frame(ID = 1:2,name = c("Smith, John, Ketty", "Walker, Mike"))df结果> df ID name1 1 Smith, John, Ketty2 2

报错信息：libs"c:/rtools40/mingw64/bin/“gcc -I"C:/PROGRA1/R/R-401.3/include” -DNDEBUG -fopenmp -O2 -Wall -std=gnu99 -mfpmath=sse -msse2 -mstackrealign -c assign.c -o assign.osh: c:/rtools40/mingw64/bin/gcc: No such file or directorymake: *** [C:/

1. 载入devtools时报错：> library(devtools)载入需要的程辑包：usethis错误: package or namespace load failed for ‘devtools’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]): 不存在叫‘digest’这个名字的程辑包2. RStudio安装digest报错** libs"c:/rtools

答案：还是使用电脑版的腾讯会议，找到没有转码成功的会议，进入会议，找到1个录制文件，点击转码，就会显示转码的进度条。转码完成就可以打开视频了。转码后的效果：

远程电脑，想把第二屏幕关掉win + P不能使用，因为会打开本地电脑的设置，需要用鼠标设置，不能使用快捷方式。解决方法回到桌面，空白处，右键打开鼠标：选择显示设置然后选择仅在1上显示...

Likelihood evaluation failed with fault 333 ; trying with reduced updatesasreml软件报错：Likelihood evaluation failed with fault 333 ; trying with reduced updatesError in asreml(trait1 ~ Block/Rep, random = ~vm(ID, ainv), data = nested) :ASReml failed to b

1. 打开官网https://www.anaconda.com/2. 下载个人免费版点击Products，选择 Individual Edition。点击Download，进入下载界面下载界面，选择64位安装包，会自动下载下载中……下载好的安装包：3. 安装anaconda一路，默认安装即可。...

1. 压缩比如现在有两个文件a1.txt和a2.txta1.txt a2.txt现在将其压缩名为：re.rar的文件命令：rar a re.rar a*a，为压缩，如果是解压用xre.rar 为压缩的文件名a*,表示a1.txt 和 a2.txt结果：a1.txt a2.txt re.rar2. 解压下载有re.rar文件，re.rar将其解压命令：rar x re.rar结果：a1.txt a2.txt re.rar搞定！...