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育种数据分析之放飞自我
个人公众号:育种数据分析之放飞自我
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2022-12版本的Rstudio它来了,它喊我升级了
从更新的方向上来看,它是想对待R语言一样对待Python,比如识别版本,比如运行shiny,这也是非常适合R语言用户的地方,有时候我们不得不写python脚本,这时候Rstudio就有用了……功能介绍:https://www.rstudio.com/products/rstudio/release-notes/最近每一次打开Rstudio,总是推送给我最新版的Rstudio:……描述内容一大堆,看完了,什么也没看懂。运行python脚本时,会自动升级。试一下下面的python代码:。整体而言,体验不错。原创 2022-12-26 19:35:57 · 3296 阅读 · 1 评论 -
统计学习心法:万物皆可回归,有时可以分类
在一个更大的框架下学习,就像是提升了一个维度,好比你之前在二维世界中,只有前后左右,你不断的探索,不断的画平面圈,有充分的经验去描述脸大脸小,还是无法理解高鼻梁是什么意思!《三体》小说中,三体人制造了水滴这个高科技武器,打败了人类的舰队,但是人类打败水滴,是因为进入了一段四维空间,四维空间可以看到水滴的内部,可以进入操作水滴的内部,就把水滴破坏了。所以,学习一个大的框架,直接决定了视野的宽广与否。如果一直沉浸于方差分析和回归分析中不可自拔,有一种仰之弥高,钻之弥坚的绝望,不妨换一个框架去理解和学习。你会原创 2022-05-09 18:51:00 · 585 阅读 · 0 评论 -
VScode设置R语言的快捷键Ctrl + Shift + M
详细的设置和配置,参考:https://www.jianshu.com/p/a2e34dfcf5e1这里,做一下补充:1,如何查找快捷方式2,如何调出keybindings.json文件3,设置R语言的快捷键<- 这个键,我是不用的,我直接用=代替了我只想设置Ctrl + Shift +M用于管道符的编写。把下面代码copy到keybindings.json即可:注意,代码是在[]里面,【】不能省略!// begin of R language shortcuts[{原创 2021-02-24 20:24:52 · 1541 阅读 · 0 评论 -
没有经验如何获得一个数据分析的工作?
1. 找工作悖论为何工作经验或者项目经验很重要?加入说你是计算机科学、数学专业,统计学专业毕业的学生,你想从事数据分析或者数据挖掘方向的工作,你会在简历里面罗列出你的学习成绩,你会的技能,你取得的成就,极力向用人单位证明你有相关的知识能力,你有学习新事物的能力。但是,现实工作中,用人单位除了需要知道你的技能,还需要了解更多,尤其是你的工作方式,你的项目经验等。如果你不是一个科班出身的人(比如农学,化工,生物等),你想进入相关的行业,唯一证明你自己的就是项目经验了。这就出现了一个悖论,你想进入互联网公原创 2020-11-25 22:10:22 · 1185 阅读 · 0 评论 -
笔记02 | 机器学习A-Z 数据预处理(python)
数据预处理工具1. 载入库这里,载入的是numpy,matplotlib中的pyplot,还有pandas这三个库。import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimport pandas as pd2. 载入数据这里的数据为Data.csv,格式是csv格式,使用的是pandas的函数读取。这里读取成功后,打印前4行预览一下。dataset = pd.read_csv('Data.csv')dataset.head()原创 2020-11-22 16:22:49 · 461 阅读 · 0 评论 -
笔记01 | 机器学习A-Z 学习笔记序
1. 背景这门课是Udemy上的课程,这里我记录一下学习笔记。我的知识背景:农学专业,生物信息方向,偏数据分析岗位。编程语言熟悉Perl,Python,R,数据分析知识熟悉生物统计,一直想学习机器学习,但是没有很多进展。这里,根据视频课程,课程代码,学习相关知识,并上机操作记录笔记。里面加上自己的一些学习心得体会。这是一个系列,我计划2020年底学习更新完成,对相关课程感兴趣的朋友,关注我,一起学习交流吧。2. 课程介绍对机器学习领域感兴趣吗?那么这道菜是给你的!本课程帮助您以简单的方式学原创 2020-11-21 16:00:36 · 413 阅读 · 0 评论 -
jupyter python函数帮助文档的查看
1. function后面加问号方法:键入一个函数,然后函数后面加?号执行:import numpy as npnp.random.rand?2. 快捷键:shift+tab键入函数,然后点击快捷键:shift+tab3. 两种方法比较第二种出的帮助文档比较简洁,第一种比较详细编写代码时,经常按快捷键查看帮助文档详细查看帮助文档采用第一种方法...原创 2020-06-29 20:10:26 · 3530 阅读 · 0 评论 -
RStudio能够运行python了,改名为“怕死秃头工作站???”
故事背景一个同学,告诉我,我之前写的程序,运行不出来了……我一头雾水,什么情况,我写的有bug?链接:https://mp.weixin.qq.com/s/3ozjccg3t5ri7UTbyP9xUQ是我去年介绍Rstudio运行Python的文章,我赶快运行一遍。老司机翻车记由于我之前Rstudio有草稿脚本,我把代码copy进去,执行测试:什么情况?我仔细看了一下,原来Rstudio新建的脚本,默认的是R脚本,如果想要运行Python,需要新建Python脚本。又有反馈!我看原创 2020-06-29 20:08:00 · 2042 阅读 · 2 评论 -
python pandas读取数据报错:Traceback (most recent call last):anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pandas/i
具体报错信息:Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module> File "/home/dengfei/anaconda3/lib/python3.7/site-packages/pandas/io/parsers.py", line 676, in parser_f ...原创 2020-05-18 08:15:33 · 9782 阅读 · 1 评论 -
pandas 数据框 将一列数据切割变为两列
1. 原始数据想把Sex一列,根据下划线且分为两列数据In [193]: user_info Out[193]: age city sex birthname ...原创 2019-11-13 19:52:37 · 1305 阅读 · 0 评论 -
numpy将数据转化为缺失值
介绍numpy如何将某个条件的数据,转化为缺失值。import numpy as npdd = np.random.randn(3,5)dd将dd中小于0的数字,转化为缺失值:# 将dd小于0的赋值为缺失值dd[dd<0] = Nonedd...原创 2019-11-12 08:27:58 · 1808 阅读 · 0 评论 -
python list 转化为矩阵报错:AttributeError: 'list' object has no attribute 'reshape'
报错类型>>> b['1', '0.1', '1', '0.1']>>> b.reshape(2,2)Traceback (most recent call last): File "<stdin>", line 1, in <module>AttributeError: 'list' object has no attri...原创 2019-11-07 21:55:38 · 31331 阅读 · 1 评论 -
Python中输出井号#
代码中的#是包含在字符串中的,字符串直到遇到下一个"为止,字符串里的#只是当做一个字母而不是注释处理。代码:print("hello # world")结果:原创 2019-11-07 08:19:11 · 3497 阅读 · 0 评论 -
进步青年自我麻痹三大件:健身,编程,学英语
1. 书籍推荐推荐一本书:《An Introduction to Statistics with Python》2. 这本书是干嘛的?这本书是通过Python学习生物统计的,这是一箭双雕的事情:学习python学习生物统计3. 学习python从入门到出家python学习,从print("hello world")开始,到print("bye bye world")结束,或者学...原创 2019-10-21 21:40:51 · 806 阅读 · 0 评论 -
vscode 远程连接服务器:remote-ssh使用配置
###1. 安装插件Remote-ssh安装成功:2. 配置ctrl + shift + p, 键入remote-ssh:open, 打开设置选择setting:找到自己的ssh路径,在文件夹下新建一个config,内容如下:config文件中,包括三行:服务器名称IP地址用户名3. 打开远程服务器输入密码,即可进入。4. 通过本地编辑服务器内容,实时同步...原创 2019-10-17 07:50:14 · 4560 阅读 · 0 评论 -
python中的列合并(数组和数据框)类似R中的cbind函数
太长不看:pd.concat([p1,p2],axis=1)使用pands的concat命令pd.concat使用axis=1,axis=1注意两个数据框在中括号内[p1,p2]数据框1In [94]: p1Out[94]: V1 V2 V3 V4 V5 V60 1 1 0 0 1 01 1 2 0 0 2 0...原创 2019-10-16 08:00:00 · 2262 阅读 · 0 评论 -
vscode 中ctrl enter python执行当前行 并自动跳转到下一行
1. 安装插件:macros2. 设置setting.json添加如下代码: "macros": { // update: requires macros extension by publisher:"geddski" "pythonExecSelectionAndCursorDown": [ "python.execSelectionI...原创 2019-08-12 22:07:50 · 5952 阅读 · 7 评论 -
R语言与python对数据框的操作
这篇主要比较R语言的data.talbe和python的pandas操作数据框的形式, 学习两者的异同点, 加深理解两者的使用方法。1. data.table VS pandas这里使用R语言的data.tablet包和python的pandas进行对比.主要分为三部分:新建数据库行列选择行列筛选2. data.table操作数据框data.table介...原创 2019-07-03 07:35:15 · 609 阅读 · 0 评论 -
R语言 paste功能在python中实现
R语言中的示例> paste0("A",1:10) [1] "A1" "A2" "A3" "A4" "A5" "A6" "A7" "A8" "A9" "A10"Python中实现方法1In [26]: ['A'+str(i) for i in range(1,11)] ...原创 2019-06-09 23:09:42 · 1166 阅读 · 0 评论 -
如何在RStudio进行python编程(新版本来袭)
RStudio是最好用的IDE, 没有之一.我最喜欢RStudio的几点:补全功能强大, 无论是前字母, 中间字母, 最后字母, 统统支持有没有方便开发R包, 将自己写的函数, 打成包, 很方便有没有rmarkdown, 支持markdown, 而且普通的代码也可以生成html, 方便分享来源, RStudio v1.2.1335 – April 8th, 2019新版本亮点...原创 2019-05-09 18:22:18 · 11374 阅读 · 2 评论 -
python 方差分析
pwd ‘d:\\python\\exerise-df\\df-data-analysis’from scipy import statsimport pandas as pdimport numpy as npfrom statsmodels.formula.api import olsfrom statsmodels.stats.anova import anova_lmfro原创 2017-09-27 15:22:56 · 13164 阅读 · 2 评论 -
python T检验
pwd ‘d:\\python\\exerise-df\\df-data-analysis’from scipy import statsimport pandas as pdimport numpy as npfrom statsmodels.formula.api import olsfrom statsmodels.stats.anova import anova_lmfro原创 2017-09-27 15:30:12 · 4453 阅读 · 0 评论 -
安装JuliaPro 并配置VS code(How to)
学习Julia,建议下载JuliaPro,这个安装包邮700Mb左右,里面包含了常用的包,不用自己下载了。JuliaPro下载https://juliacomputing.com/products参考资料:https://github.com/JuliaEditorSupport/julia-vscode我的默认安装路径,在C盘设置JuliaPro的库默认路...原创 2018-08-05 20:37:48 · 6469 阅读 · 0 评论 -
python 字符串输出时 使用空格隔开
使用python 中的join函数, 即可实现exampleIn [77]: test = "12344345345"In [78]: testOut[78]: '12344345345'In [79]: result = " ".join(test)In [80]: resultOut[80]: '1 2 3 4 4 3 4 5 3 4 5'...原创 2018-09-05 11:47:28 · 20629 阅读 · 1 评论 -
Python生物统计---前言及Flag---学习笔记1
划重点英文版的书名是: An Introduction to Statistics wiht PythonPython生命科学的统计重实践介绍, 不是面面俱到我的感想很早听过一句话, 如果你对某件事情不了解, 那就研究一下, 就此内容写一本书吧!!! 现在想起这句话, 我联想到我数次学习Python时都半途而废, 真真的从开始到放弃, 从入门到出家, 主要原因就在于我没有就此写一...原创 2018-10-13 18:18:21 · 937 阅读 · 0 评论 -
rpy2 安装失败 Microsoft Visual C++ 14.0 is required
安装代码pip install rpy2安装报错显示C++ 14.0 requiredcopying .\rpy\ipython\tests\__init__.py -&amp;gt; build\lib.win-amd64-3.6\rpy2\ipython\tests running build_clib building 'r_utils' library error...原创 2019-02-23 21:26:37 · 566 阅读 · 0 评论 -
R语言和Julia以及Python使用Feather包共享数据
1, Feather包介绍Feather是一种数据存储格式, 介绍博客.这里介绍, 使用R语言生成的Feather格式的文件, 使用python和julia进行读取.这样, 在使用三个软件时, 更快捷, 更无缝对接.2, Feather安装方法2.1 R中Feather安装R# install.packages("devtools")devtools::install_github...原创 2018-10-09 21:16:27 · 2646 阅读 · 0 评论 -
使用vscode学习django---配置
pycharm到vscode参考:http://www.cnblogs.com/Dy1an/p/10130518.htmlpycharm感觉不太友好, 之前用过vscode感觉很好用, 还是用vscode吧.1, 下载VScode, 配置中文点击左下角, 找到chinese插件, 安装, 然后重启即可.2, 在终端中安装python, 安装django, 新建一个testapp...原创 2019-02-22 19:27:18 · 2697 阅读 · 0 评论 -
Django 报错__init__() missing 1 required positional argument: 'on_delete'
报错类型 author = models.ForeignKey(User, related_name="blog_posts")TypeError: __init__() missing 1 required positional argument: 'on_delete'错误的代码:from django.db import modelsfrom django.utils im...原创 2019-02-22 19:25:37 · 442 阅读 · 0 评论 -
snakemake 学习笔记1
1, snakemake介绍Snakemake是用Python3写的一个流程化工具, 非常方便. 官网上的例子有点难度, 这里用最简单的案例解释一下snakemake的应用方法.2, 原始的命令思路:1, 生成一个1.txt文件2, 生成一个2.txt文件3, 使用cat命令, 将两者合并为hebing.txt echo &amp;amp;quot;hello number1&amp;amp;quot; &amp;amp;a原创 2019-02-27 14:39:38 · 3210 阅读 · 0 评论 -
snakemake-学习笔记2
参考资料一个稍微复杂的案例这是另一个snakemake的案例, 之前介绍过通过简单的方法, 使用snakemake, 这里我们用另一个案例, 看看snakemake的用法.过程介绍1, 安装snakemake2, 新建文件3, 新建一个简单的Snakemake参数文件4, 扩展, 去关联输出文件5, 使用全局变量, 关联文件6, 批量运行1, 安装snakemake这里需...原创 2019-03-12 13:30:36 · 1670 阅读 · 0 评论 -
Centos 局域网访问服务器 jupyter notebook 的设置方法
1, 安装jupyter notebook这里推荐安装Anacondawget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.shbash Anaconda3-2018.12-Linux-x86_64.sh安装好之后运行jupyter notebook, 不报错, 说明安装成功jupyter noteb...原创 2019-03-06 20:18:45 · 864 阅读 · 0 评论 -
snakemake 学习笔记3
目标这次, 我要实现这个路程图.目标介绍第一: 生成1.txt , 2.txt, 3.txt第二: 向每个文件中加入"add a"字符, 命名为:1_add_a.txt, 2_add_a.txt, 3_add_a.txt第三: 向文件中增加"add b", 命名为:1_add_a_add_b.txt, 2_add_a_add_b.txt, 3_add_a_add_b.txt第四: ...原创 2019-04-02 21:25:40 · 1754 阅读 · 0 评论 -
snakemake 学习笔记4
snakemake如何连接不同的rule我在stackoverflow中问了一个问题, 获得了答案, 对snakemake的理解也加深了一成.经验所得每一个snakemake的rule都要有input,output, 里面的内容交叉的地方, 是确定不同rule的依赖, 比如rule1的输出文件(output)b.bed, b.bim, b.fam, 如果作为rule2的输入文件(input...原创 2019-04-09 19:03:49 · 1268 阅读 · 0 评论 -
python 回归分析
pwd ‘d:\\python\\exerise-df\\df-data-analysis’from scipy import statsimport pandas as pdimport numpy as npfrom statsmodels.formula.api import olsimport statsmodels.api as smfrom statsmodels.st原创 2017-09-27 15:16:08 · 1491 阅读 · 0 评论