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Linux
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育种数据分析之放飞自我
个人公众号:育种数据分析之放飞自我
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vcftools如何在Linux系统中安装
这里,记录一下vcftools的安装教程。https://vcftools.github.io/examples.html下载到本地,上传到服务器中。2. 解压缩 unzip vcftools-vcftools-v0.1.16-18-g581c231.zip cd vcftools-vcftools-581c231/3. 安装 bash autogen.sh./configure makemake install安装完成日志: /usr/bin/mkdir -p原创 2022-09-25 21:01:03 · 1314 阅读 · 1 评论 -
关于Linux的grep -f命令,我以为我发现了bug
事情是这个样子的:今天,我像往常一样提取基因组的样本,我有一堆样本的ID,需要从所有的基因型的文件中提取出来。以前我都是使用R语言,将基因型数据读进去,将所要提取的ID文件读进去,然后,我就有很多方法提取了 ,比如用match匹配位置,然后提取写出。比如用merge或者left_join提取写出。比如用%in%提取写出。我有很多方法处理它,但是我今天想用grep函数,因为我知道grep -f file1 file2可以根据file1的内容提取筛选file2.为什么我今天不用R语言处理了呢?因原创 2021-08-04 19:55:22 · 1622 阅读 · 1 评论 -
find 命令多条件匹配
寻找py的脚本find ./ -name "*py"寻找R脚本find ./ -name "*R"即寻找py脚本又寻找R脚本注意,这里用-o表示或 find . -name "*py" -o -name "*.R"原创 2021-03-05 20:45:12 · 2465 阅读 · 2 评论 -
vscode连接服务器报错: could not establish connectionto Name_sever.Connecting was canceled
报错类型解决方案:1,再打开一个vscode窗口2,快捷键:ctrl + shift + p3,键入Remote-SSH:Open打开config文件,配置文件:4,打开链接的服务器,查看hostname,ip和你的用户名配置如下:这里,我的信息:Host: nyHostName : ip地址User: 用户名不用纠结为何服务器文件不在左边显示vscode应该是升级了,点击ctrl + o选择文件夹,不香么???...原创 2020-05-21 07:57:26 · 6744 阅读 · 0 评论 -
Linux 将zsh 变为 bash默认
尝鲜一时爽,回头火葬场前几天尝试了zsh,风格很炫酷,但是目录切换以及目录提示太过温馨,让我怀念起bash的简朴,我就想回到bash。虽然我知道,bash直接就可以回到,但是我不想默认zsh了。1. 卸载zsh离别的话:和平分手!Oh My Zsh isn’t for everyone. We’ll miss you, but we want to make this an easy breakup.If you want to uninstall oh-my-zsh, just run uni原创 2020-05-18 08:15:05 · 3430 阅读 · 2 评论 -
cp mv 使用通配符时 对一些文件进行排除
问题描述现有几个文件和一个文件夹,想把这几个文件,放到文件夹中。常规操作(base) [dengfei@ny01 a]$ mv * testmv: 无法将目录"test" 移动至自身的子目录"test/test" 下结果也成功了,但是出现报错:mv: 无法将目录"test" 移动至自身的子目录"test/test" 下将test排除mv `ls|grep -v "test"` ...原创 2019-11-21 08:16:22 · 2177 阅读 · 0 评论 -
top c命令查看内存
命令top cPID, 任务的ID号,可以用于killUSER,用户名,这里dengfei是我的用户名PR :优先级NI :负值表示高优先级,正值表示低优先级。VIRT :虚拟内存RES : 真实内存SHR :共享内存S :进程状态 D=不可中断的睡眠状态; R=运行; S=睡眠 ;T=跟踪/停止; Z=僵尸进程虚拟内存,真实内存,共享内存的关系VIRT=RES+SH...原创 2019-11-12 08:28:18 · 2887 阅读 · 0 评论 -
Centos 服务器 无法启动 Failed to start Login Service Failed to start Install ABRT coredump hook
报错信息:Failed to start Install ABRT coredump hookFailed to start Login Service解决方案:使用U盘系统,进入系统文件,找到服务器的硬盘新建一个文件夹new(如果没有权限,使用sudo mkdir new),将文件挂载到new上mount /dev/mapper/centos-root new,进入new修改...原创 2019-09-16 09:12:20 · 18830 阅读 · 2 评论 -
cygwin windows系统下安装指南
1. cygwin软件下载download cygwin下载到本地:2. 软件安装2.1 双击软件:2.2 点击下一步2.3 点击下一步2.4 在D盘新建一个文件夹cygwin-download用来储存下载的文件2.5 选择镜像镜像地址:http://mirrors.163.com/cygwin/2.6 一直点击下一步,安装完成3 测试...原创 2019-08-27 17:52:53 · 334 阅读 · 0 评论 -
vscode 中ctrl enter python执行当前行 并自动跳转到下一行
1. 安装插件:macros2. 设置setting.json添加如下代码: "macros": { // update: requires macros extension by publisher:"geddski" "pythonExecSelectionAndCursorDown": [ "python.execSelectionI...原创 2019-08-12 22:07:50 · 5847 阅读 · 7 评论 -
Julia1.1学习笔记:从入门到放弃
0. 学习文档市面上很多Julia的书籍,都是旧版本的,Julia要到1.0以后语法才算稳定,所以最好的资料是官方文档,幸运的是[Julia有中文社区]:(https://docs.juliacn.com/latest/):https://docs.juliacn.com/latest/,里面有很多东西可以学习。1. hello world记得我初学习Perl语言时, 要打印Hello w...原创 2019-07-30 23:17:16 · 606 阅读 · 1 评论 -
yum 安装软件报错 version `XZ_5.1.2alpha' not found
报错类型there was a problem importing one of the Python modules required to run yum. The error leading to this problem was: /root/anaconda3/lib/liblzma.so.5: version `XZ_5.1.2alpha' not found (required b...原创 2019-07-07 07:39:54 · 6893 阅读 · 3 评论 -
shell 脚本 for循环中镶嵌nohup 后台执行 如何写
示例代码想要实现的目标:1, 有0-9, 10个文件夹2, 依次进入文件夹, 执行run.sh脚本, 因为运行时间长, 想用nohup run.sh &放到后台, 同时保存运行日志nohup.outfor i in [0-9]*; #1 do cd $i; #2 nohup run.sh &; #2 cd ../;done报错因为...原创 2019-07-07 07:39:22 · 9403 阅读 · 0 评论 -
rstudo安装包报 curl cacert.pem CApath none
问题描述curl: (77) error setting certificate verify locations: CAfile: /root/anaconda3/ssl/cacert.pem CApath: nonecurl: (77) error setting certificate verify locations: CAfile: /root/anaconda3/ssl...原创 2019-07-10 08:11:37 · 726 阅读 · 0 评论 -
Linux中xargs命令的使用方法
背景现在有6个文件夹,每个文件夹中有一些文件,想把这些文件提取到一个新的文件夹中。1. ls 与xargs1.1 ls结果(base) [dengfei@localhost f90]$ ls y[1-6]/y[1-6]_f90_blup_ggp.csvy1/y1_f90_blup_ggp.csv y4/y4_f90_blup_ggp.csvy2/y2_f90_blup_ggp.csv...原创 2019-05-08 18:33:31 · 487 阅读 · 0 评论 -
blupf90根据G矩阵和H矩阵构建PCA分析以及与Plink以及GCTA的结果对比
模拟一套数据, 5个世代, 最后三代有基因型数据, 每个世代400个个体, SNP为50K1. blupf90构建G矩阵的PCAblupf90如果想要进行GBLUP分析, 不写系谱信息即可, 示例par文件:DATAFILEdat_f90.txtTRAITS10 # This is column 10 (phenotype) from QMSim data fileF...原创 2019-04-28 17:59:35 · 2343 阅读 · 1 评论 -
Admixture使用说明文档cookbook
软件介绍基因组选择中, 有时候测量了很多家系,如果想看一下这些家系的分类情况,可以使用软件对其进行分群。一般使用的软件就是STRUCTURE,但是STREUTURE运行速度极慢,admixture凭借其运算速度,成为了主流的分析软件。下面介绍一下admixture的使用方法。官方网址Admixturehttp://software.genetics.ucla.edu/admixture/d...原创 2019-04-25 21:24:41 · 10054 阅读 · 6 评论 -
GCTA PCA分析以及软件安装教程
GCTA介绍在群体遗传中,GCTA中做PCA非常方便, 下面介绍一下GCTA的安装方法.安装命令使用conda进行安装conda install -c biobuilds gcta 安装成功测试这里, 应该键入gcta64, 而不是gcta(base) [dengfei@localhost bin]$ gcta64********************************...原创 2019-04-27 18:56:30 · 9748 阅读 · 0 评论 -
如何永久改变R中 .libPaths()?R语言修改R包路径
Windows和Linux系统,升级R语言后利用之前R包。永久性的修改。原创 2019-04-24 16:47:38 · 42308 阅读 · 0 评论 -
如何使用命令行运行R语言的rmd rmarkdwon文件
运行下面命令:R -e "rmarkdown::render('script.Rmd',output_file='output.html')"例子文件: script.Rmd### 我是谁?> dengfei### 来干嘛> 演示如何通过命令行调用rmarkdwon脚本,并生产html### 来个例子 ```{r} example(plot) ...原创 2019-06-22 16:33:03 · 11410 阅读 · 0 评论 -
windows10系统如何安装java语言(java javac)
需要安装Java在windows10系统上, 记录安装过程.主要包括:下载软件安装配置环境变量测试是否安装成功1. 下载链接Java_JDK:https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jdk12-downloads-5295953.html点击: Accept License...原创 2019-06-22 16:33:58 · 1339 阅读 · 0 评论 -
admixture 报错 Size of G: 324x13928 Segmentation fault (core dumped)
admixture 运行示例数据报错:dengfei@DESKTOP-PJ6RTVA:~/admixture_linux-1.3.0$ ./admixture hapmap3.bed 3**** ADMIXTURE Version 1.3.0 ******** Copyright 20...原创 2019-06-22 16:35:27 · 1296 阅读 · 2 评论 -
PIBLUP 测试报告1-基于系谱的动物模型
PIBLUP软件github地址PIBLUP下载安装MKLMKL是Intel的库,需要注册, 下载安装 下载软件, 解压, 进入路径:cd l_mkl_2018.3.222/然后键入下面命令进行安装./install.sh安装MPIyum install mpich动物模型(带系谱)模型 yijk=sexi+birtthMonj+birt...原创 2019-06-22 16:35:53 · 980 阅读 · 0 评论 -
windws10 安装ubuntu子系统
记录一下安装流程, 参考官方文档1. 打开powershell, 使用管理员权限运行2. 运行命令Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux然后重启电脑....原创 2019-07-03 07:52:16 · 266 阅读 · 0 评论 -
安装谷歌插件crx格式时报错:CRX-HEADER-INVALID解决方法
插件crx文件:以markhere.crx插件为例, 下载:http://blog.sciencenet.cn/blog-2577109-1137128.html报错类型:解决方法:1, 将crx后缀改为zip后缀2, 解压文件夹文件内容:3, 回到更多工具–扩展程序(E)选择加载已解压的扩展程序4, 安装成功...原创 2019-07-03 08:08:47 · 1020 阅读 · 0 评论 -
Shell中反引号与$()的用法比较
两者都可以调用系统命令,1. 单独调用两者结果完全一样。[root@izwz91rruliuj88pj4zsw0z ~]# echo `pwd`/root[root@izwz91rruliuj88pj4zsw0z ~]# echo $(pwd)/root2. 嵌套调用$()结果正确, 反引号结果不正确当前目录:root@iZhtbq9i9lb77uZ:/home/dengfe...原创 2019-04-27 18:20:29 · 1109 阅读 · 0 评论