主客体的分子对接（DOCK 6.9）

1. 前言

本教程讲述如何使用殷赋云平台的【小分子-小分子对接（DOCK 6.9）】方案和相关小工具，实现主客体的分子对接计算。

• 对于环糊精这类分子，用户可从Crystallography Open Database (COD)数据库（https://nanocrystallography.org/)或(http://crystallography-online.com)找到它（或类似物）的晶体结构，再自行准备三维结构或联系客服处理；
• 对于聚酰胺膜这类较大较复杂的分子，用户应自行准备，本平台暂无相应工具。

2. 流程图

3. 结构信息

主体分子：β-环糊精（COD 编号：7214714[1]）

客体分子：有机小分子guest

4. 平台操作步骤

4.1 准备主客体三维结构

1. 打开殷赋云平台（殷赋云 - 科研计算快易准) 【准备化合物结构】小工具；

    

   

2. 绘制化学结构或上传分子文件；

3. 勾选【质子化/去质子化】，点击【准备】，下载文件。

   • 用于分子对接时，一般要勾选【质子化/去质子化】；

   • 建议更改文件名为有意义的名称；

   • 环糊精获得三维结构后再上传到小工具处理。

   

    

   

4.2 对接计算

1. 打开殷赋云平台【小分子-小分子对接（DOCK 6.9）】大方案，创建任务，进入提交任务页面；

    

   

2. 上传受体和配体结构文件；

    

   

3. 定义口袋，选择“以受体为位点”，点击【显示盒子】；

   • 稍等片刻，即返回盒子中心、盒子大小数据和图形。
   • 若盒子大小不合适，可调整盒子边缘，再次点击【显示盒子】。

   

4. 设置计算模式，【提交】任务。

   除非你知道为何选择其他模式，否则一律采用柔性配体对接模式。

   

4.3 结果分析

1. 待任务完成，点击【查看】，进入分析页面；

   

2. 查看对接打分，下载scores.csv文件；

   Grid Score：对接打分，Grid Score = Grid_vdw + Grid_es，数值越小，结合力越强，因
   此，Pose 1总是最强的；
   Grid_vdw：范德华力贡献，一般表现为疏水作用、π-π堆积等非极性作用；
   Grid_es：静电力贡献，一般表现为氢键、盐桥（离子键）、π-阳离子相互作用等极性作用；
   Internal Energy：内部排斥能，数值越大，排斥力越大，表明该构象越不“舒服”，但远小于
   Grid Score时可以忽略。该指标主要用于警示异常结果，一般不用于结合模式分析；若不确
   定数值是否合理，可咨询客服；
   Cluster Size：当前结果代表的簇的规模（包含多少个相似构象），无太大用途。

   

3. 查看相互作用，调整视图，点击【截图】下载图片；

   • 一般选取符合预期（比如与某些关键氨基酸有作用）的或者含有极性作用（氢键、盐
     桥）较多的结果；更多详细分析，请参考《文献重现》的第7点；
   • 右侧可调整视图样式，右下角可切换化合物和构象。

   

4. 若有需要，提取对接构象，合成复合物结构。

   

   

5 参考文献

[1] Granero-García, Rubén; Lahoz, Fernando J.; Paulmann, Carsten; Saouane, Sofiane;Fabbiani, Francesca P. A. A novel hydrate of α-cyclodextrin crystallised under high-pressure conditions CrystEngComm 14(24) (2012) 8664.