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转录组测序分析
Bioinfor 生信云
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bulk RNA-Seq(9)富集分析
这一期我们来讲讲富集分析。原创 2023-02-06 10:13:28 · 282 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq(8)差异表达分析可视化
上一期我们讲了样本相关性分析的一些可视化,这一期我们来做差异分析的热图和火山图。原创 2023-02-06 10:12:05 · 635 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq(7)样本相关性、聚类、PCA分析
bulk RNA-Seq(7)样本相关性、聚类、PCA分析原创 2023-02-06 10:00:56 · 823 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq (6)数据挖掘的准备
我们做完了上游的基础分析之后,接下来就是数据挖掘了。我们先准备数据挖掘的三张表。原创 2023-02-05 16:30:36 · 367 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq (5)差异分析
差异表达分析用于比较两个样本中同一个基因的的表达量是否存在差异。用到的统计方法是假设检验,所以样本需要重复。常用的软件包括DESeq2、edgeR,这里推荐使用trinity软件包的一个程序run_DE_analysis.pl,安装方法:conda install trinity原创 2023-02-05 16:29:23 · 669 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq (4)合并表达矩阵
上一步定量,我们是对每一个样本进行的,现在需要将它合并到一个矩阵。这里通过一个脚本merge_to_matrix.pl 来合并。原创 2023-02-05 16:27:46 · 672 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq (3)表达定量
上一篇推文讲了bulk RNA-Seq 的比对到参考基因组部分,接下来就是基因表达定量了。计算表达定量可以用StringTie、Htseq-cout、featureCounts,这里推荐使用featureCounts。featureCounts 是Rsubread 软件包里的一个命令,所以安装R版本Rsubread的即可。这里使用了一个脚本,在运行featureCounts 的同时,计算FPKM、TPM。原创 2023-02-05 16:26:18 · 567 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq (2)比对到参考基因组
上一篇推文讲了bulk RNA-Seq 的数据清洗部分,接下来就是将清洗后的数据比对到参考基因组上(有参)。如果没有参考基因组,那么就需要我们自己去组装基因组了。原创 2023-02-05 16:24:39 · 537 阅读 · 0 评论 -
bulk RNA-Seq (1) 数据清洗
RNA-Seq是技术相对更成熟,应用最广泛,最适合生物信息学人门的方向。bulkRNA-Seq是最普遍的转录组测序方法,所谓bulk就是我们测的是所有细胞的总RNA(mRNA)取平均值代表每个基因的表达量。原创 2023-02-05 16:22:16 · 1469 阅读 · 0 评论