bulk RNA-Seq（8）差异表达分析可视化

最新推荐文章于 2024-07-11 09:10:12 发布

Bioinfor 生信云

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分类专栏：转录组测序分析文章标签：数据挖掘开源科技

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上一期我们讲了样本相关性分析的一些可视化，这一期我们来做差异分析的热图和火山图。

火山图

火山图（Volcano Plot）RNA-seq等分析时常用的一种图，它能够清晰地展示显著上调和下调的基因，因作出来的图形如火山喷发，故而得名。
例如图中，X轴一般表示log2的倍数变化，Y轴一般表示-log10(p-value)，不同颜色的点表示满足不同条件的基因，红色表示上调基因（P<0.05, Fold change >=2），蓝色表示下调基因，灰色表示不显著的基因（即要么Fold change不满足阈值，要么Pvalue不满足阈值，要么Fold change和Pvalue都不满足阈值），两条垂直虚线表示Fold change（这里默认2倍，即log2(2)=1），一条水平线表示Pvalue阈值（默认0.05）

DE <- read.delim("Rworkspace/de_result") #导入差异分析结果
library(ggrepel)
my_palette <- c('#4DBBD5FF', '#999999','#E64B35FF' )
library(ggplot2)
  ggplot(data = DE, aes(x = log2FoldChange, y = -log10(padj))) + 
  geom_point(aes(color = direction, size = abs