bulk RNA-Seq（9）富集分析

最新推荐文章于 2023-11-05 00:31:46 发布

Bioinfor 生信云

最新推荐文章于 2023-11-05 00:31:46 发布

阅读量276

点赞数

分类专栏：转录组测序分析文章标签：数据挖掘科技开源

本文链接：https://blog.csdn.net/yuanguoxin_/article/details/128897189

版权

欢迎关注bioinfor 生信云！有一起想做公众号的朋友欢迎联系我！

这一期我们来讲讲富集分析。

构建OrgDB

OrgDB是bioconductor中存储不同数据库基因ID之间的对应关系，以及基因与GO等注释的对应关系的R软件包。共有19个物种，可以在这里下载

Bioconductor - BiocViews

没有OrgDB的物种可以通过AnnotationForge自己构建

使用eggnog-mapper的注释结果构建OrgDB（私聊我获取构建OrgDB脚本）

#安装自己构建的OrgDB
dir.create('R_lib', recursive = T)
install.packages('org.My.eg.db_1.0.tar.gz',
                 repos = NULL,
                 lib = 'R_lib')
library(org.My.eg.db, lib = 'R_lib')

GO富集（自建OrgDB的物种）

gene <- filter(de_result, 
               abs(log2FoldChange) > 1 & padj < 0.05) %>%
  pull(id) 

geneList <- de_result$log2FoldChange
names(geneList) <- de_resu