Rosetta Comparative Modeling同源模建中文教程

最新推荐文章于 2023-08-17 21:12:07 发布
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文章标签： rosetta
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本文链接：https://blog.csdn.net/yuyuyu1014/article/details/121968053
版权
该教程结合作者的课题，详细介绍了如何根据https://www.rosettacommons.org上的资源，定义并处理蛋白质结构中的二硫键，特别是针对1U19蛋白的案例。教程包括关键步骤和操作，适合生物信息学和结构生物学领域的研究者参考。
摘要由CSDN通过智能技术生成

根据https://www.rosettacommons.org/demos/latest/tutorials/rosetta_cm/rosetta_cm_tutorial#a-define-disulfide-bond-1u19-disulfide
翻译，以及结合自己的课题写的中文教程，仅供参考勿喷嘿嘿。

资料在网盘里，欢迎下载。

链接：https://pan.baidu.com/s/1v7fFxQCigSRHeFj_ds3nsQ
提取码：ilhw

葎葎
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分析方法 | Rosetta使用教学 ——Protein-protein dock模块（刚性对接）
2302_76987110的博客
04-28 1486
需要提供两个蛋白结构的输入文件COL_D.pdb和IMM_D.pdb文件，以及1v74.pdb（预对接文件）文件在input_files文件夹下（如果只进行刚性对接可以只准备预对接文件）蛋白-蛋白对接一直是分子模拟中非常重要同时非常难解决的问题，相较于小分子与蛋白之间的对接，蛋白-蛋白对接如今较不成熟，在蛋白-蛋白对接之前，最好能够搜集更多的文献进行支持，让模拟的结果不空洞，才能保证对接的准确性。在进行对接前应对对接的位置有预先的了解并将要对接的蛋白放在预计的对接位置，手动生成预对接的结构文件。
Rosetta(附使用教程)
03-12
Rosetta软件+中文简易使用说明书+官方原版英文说明书,对于初学者和开发者都有一定的参考价值.
Rosetta中文教程（一）
qq_41858644的博客
11-02 6716
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档 文章目录前言一、教程1. Minimizer1.介绍2.目标3. How-To: Minimize分析输入结构设置flags文件运行minimization命令分析输出4. How-To: Minimization with Constraints设置flags文件和约束文件运行minimization命令分析输出5. How-To: Minimization with a MoveMapThe MoveMap关于FoldTree的说明mo
Rosetta Tutorials 1-5 翻译 | 基础概念为主
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Rosetta Tutorial 5/7/9 翻译 | 主要为 Scoring & Packer Tutorial 部分
CocoCream的博客
07-03 350
该文档翻译自Rosetta官网的教程性文档 Rosetta Tutorials, Demos, and Protocol Captures，原文链接：[https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home](https://www.rosettacommons.org/demos/latest/Home) 。“”内的内容为译者添加。
Rosetta Tutorial 13 ~ 14 翻译 | 主要为 Output Analyzing 及 FoldTree 部分
CocoCream的博客
07-07 272
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同源建模服务器与程序总结
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09-09 794
同源建模服务器与程序总结
rosetta:Rosetta 脚手架模板
05-08
Rosetta 模板 安装 fis3 npm install fis3 -g 初始化 mkdir demo cd demo fis3 init rosetta 运行 & 预览 使用 FIS3 提供 server 预览 环境要求：php-cgi > 5.2, java > 1.6 （安装后莫忘设置环境变量） fis3 ...
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本教程由西南交通大学经管学院刘盾博士编写，旨在提供中文版的简易指导，帮助用户掌握其核心功能。以下是教程的主要知识点概览： 1. **数据读入与选择**： - ROSETTA允许用户从数据库中直接导入数据，支持多种数据...
Rosetta软件中文教程：从入门到精通
"这是一份关于Rosetta软件的简易教程，由西南交通大学经管学院的刘盾博士编撰。教程涵盖了从数据的读入、数据处理到规则生成等多个关键步骤，适合初学者参考学习。" 在Rosetta软件的使用过程中，理解和掌握以下几个...
Rosetta中文教程：数据处理与规则生成
"Rosetta中文指导教程是一本旨在教授用户如何使用Rosetta软件的基本操作的教程，由西南交通大学经管学院的刘盾博士编写。教程内容涵盖了数据的读入、数据处理、离散化、约简、上下近似集计算以及规则生成等多个方面...
【蛋白-蛋白】Rosetta InterfaceAnalyzer 学习笔记
最新发布
LRJ的博客
08-17 1227
这里以(PDB:3R2X)为例，介绍如何利用Rosetta中InterfaceAnalyzer来快速分析蛋白-蛋白相互作用，并提取有价值的信息。注意: InterfaceAnalyzer不可用于蛋白质-小分子相互作用界面分析。使用Rosetta score_jd2 app对输入的PDB文件进行打分可以快速修复结构的方法，确保输入文件能够正确地被Rosetta读取。（提示: 3r2x中存在残基插入码，如A链的264A Gly，因此需要对整个PDB结构进行重编号，否则packsat计算异常。-out:pdb。
Rosetta基础3：ligand docking
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(base) [user@localhost ligand-docking]$ /usr/local/python-2.7.16/bin/python2 $ROSETTA/tools/protein_tools/scripts/clean_pdb.py 3pbl.pdb A Found existing PDB file at 3pbl.pdb 3pbl A 432 --- --- MOD --- OK >3pbl_A YALSYCALILAIVFGNGLVCMAVLKERALQTTTNYLVVS
同源建模总结（二） 具体命令详解
rogerzhanglijie的专栏
01-17 1793
一：automodel函数 automodel(env, alnfile, knowns, sequence, deviation=None, library_schedule=None, csrfile=None, inifile=None, assess_methods=None)  1>alnfile 用于指定模板序列和未知序列的PIR格式的文件。  2> deviation用于指定通
clustalw序列比对_RosettaCM—蛋白高精度比对建模
weixin_39983563的博客
12-20 808
作者：顾金杰 中国科学院上海高等研究院（与上海科技大学联合培养）博士研究生审稿: 阿坤 参考1: https://www.rosettacommons.org/docs/latest/application_documentation/structure_prediction/RosettaCM 参考2: High-resolution comparative modeling with Rose...
回顾: 在Rosetta中计算氨基酸突变影响的方法
2302_76987110的博客
04-18 923
计算蛋白突变体的能量是Rosetta最常见的功能之一，本文将回顾在过去十年中Rosetta设计的概念以及近期常用方法流。
蛋白质同源建模的十个技巧
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在rosettaCM中，一些操作所需要的linux命令
weixin_34221036的博客
07-24 463
>>> ps -ef | grep filename 查看关于filename文件的所有进程状态 >>> find dirpath -name filename 在dirpath目录(绝对路径)下查找关于filename的所有文件 >>> fg %jobsnumber 将后台命令调用到前台运行 >>> ...
RosettaCM使用笔记 Ubuntu 20.04
DL53SX的博客
08-27 407
安装Rosetta 用到的命令包括 安装必要依赖和工具：apt-get install libboost-dev zlib1g-dev -y apt-get install build-essential mpich -y 下载rosetta并上传至root目录，使用如下命令解压：tar -zxvf rosetta_src_xxxxxxxxx_bundle.tgz 添加环境变量：vi ~/.bashrc 输入#Rosetta export ROSETTA=/root/rosetta_src_xxxx.
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