Design the Rac/Raf interface小菜鸟中文教程

关键词：设计界面

本文是根据 /*（rosetta路径）/demos/public/design_raf_rac_interface 教程写的自己实际运行遇到的问题和解决办法。作为笔记~

用途

导师让我用这个小程序设计蛋白蛋白相互作用界面，以增强它们的亲和力。

步骤

1.准备好docking完以后待改进亲和力的复合物pdb文件，如prepacked_0998.pdb 。有A链和B链，其中B链是我想突变的链。
2.准备好design_script.xml文件，在/*（rosetta路径）/demos/public/design_raf_rac_interface/rosetta_inputs 文件夹中。

可能需要修改的地方：

在xml文件最后加入一句OUT PUT scorefxn=“talaris2014”/ ,如图，记得加<> 。

还有一个地方，可以先不用管，但是如果突变完发现突变错链了，再修改就行。

第一行：等号后边的数字，”0”代表no , “1”代表yes。不用设计链2，设计链1。需要重装链2，需要重装链1。（repack怎么翻译?）

第二行：链1需要设计和重装表面残基，并且链2只需要重装。

我针对自己的改成了这样：repack_chain1=“0” repack_chain2=“1” design_chain1=“0” design_chain2=“1”
Designs and repacks interface residues of chain 2 and repacks interface residues of chain 1

3.输入命令：rosetta_scripts.static.linuxgccrelease -s prepacked_0998.pdb -parser:protocol design_script.xml -in:file:native prepacked_0998.pdb -ex1 -ex2 -ignore_unrecognized_res -restore_talaris_behavior -nstruct 1 -overwrite

README里面是没有-restore_talaris_behavior这个命令的，但是我运行的时候报错了！加上能解决。
-nstruct 的值先设置为1.运行成功以后再设置为1000。

运行完也许会得不到结构，出现报错。如图。

这里是因为sasa的值（661.375）小于了脚本里面设置的800。可以多试几次，实在不行就换个结构突变吧。也是可能因为这个原因，设置输出1000个，有时候得不到1000个。

4.上面步骤得到了1000个突变结构，根据score找到排名靠前的结构进行分析康康。
使用小插件SequenceProfile.py 具体位置
/*/tools/protein_tools/scripts

1. :首先它不能处理复合链只能处理单练，根据README里的命令把突变的B链分出来。
   grep " B " prepacked_0998.pdb > chainBin.pdb
   grep " B " prepacked_0998_555.pdb > chainBin_555.pdb (需要对比的突变结构，这里是根据score排名最好的结构)
2. ls chainBin_555.pdb > list.txt
   把要分析的结构存在 list.txt文件中
3. 运行命令
   python2 /*/tools/protein_tools/scripts -l list.txt -t chainBin.pdb

就能看到是哪些残基突变了！

还可以继续用analyzing_interface_quality 来分析界面，教程知乎上面有，rosetta研习社的。