用amber计算dPCA（Dihedral angle principal component analysis）

之前老师叫我给师姐的文章补个dPCA分析，我也不会，网上好像也没有具体咋分析的教程…瞎分析了一通，也不知道对不对，希望大家能一起学习指出错误~

一.运行脚本

在Amber16手册中搜索Dihedral covariance matrix calculation and projection for backbone phi/psi 可以看到输入的命令。

cpptraj
parm …/comsol.prmtop
trajin 06_gamd.mdcrd
multidihedral BB phi psi resrange 6-11 out phipsi_6-11.dat #6-11是残基数，这一步就是选择要分析的残基范围
run
matrix dihcovar dihedrals BB[*] out dihcovar.dat name DIH
diagmatrix DIH vecs 4 out modes.dihcovar.dat name DIHMODES
run

readdata phipsi_6-11.dat name BB # Read in previously generated dihedral data
dataset mode torsion BB # Make sure cpptraj knows its dihedral data
readdata modes.dihcovar.dat name MyModes # Read in previously generated eigenvectors
projection evecs modes MyModes out dih.project.dat beg 1 end 4 dihedrals BB # Project along eigenvectors
run

运行完后得到4个.dat文件，我们需要用的数据在dih.project.dat 文件中。

二.处理数据

复制帧数Frame、主成分1、主成分2到excel中。
根据公式:

计算出能量值。

excel处理数据

大概像图中的表这样，最后一栏PMF就是要算出的能量值。

origin作图

选取PC1列、PC2列以及PMF的值，做等高线图。

大概这样子：不贴了。参考文献1和2里面有。

最后

还可以从轨迹中提取PMF=0时那一帧的构象看看。

参考文献：
[1] Altis A , Nguyen P H , Hegger R , et al. Dihedral angle principal component analysis of molecular dynamics simulations[J]. Journal of Chemical Physics, 2007, 126(24):45-342.
[2]单升升, 闫超, 徐亮. 二面角动力学分析结合Zn2+的淀粉样蛋白Aβ40和Aβ42的多态性特征[J]. 物理化学学报, 2013, 29(12):2630-2638.