生物信息
文章平均质量分 68
zd200572
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
新技能Get!宏基因组分析结果导入qiime2分析和可视化
最近读微生态公众号中宏基因组的文章,发现阿童木写的教程,宏基因组的数据可以导入qiime2分析。于是有了发现新大陆的感觉,qiime2是一个优秀的可视化工具,有它在手,分析不愁呀,可是作者并没有给出怎样导入数据的教程,我摸索了一番,基本解决了问题,欢迎交流呀!数据是使用biobakery的流程得到的metaphlan3的结果,如下图所示:如果不清楚biobakery流程可以参考BioLink-鲍志伟的这篇:https://mp.weixin.qq.com/s/ET6Jl9kld0oHKLbK2OS-原创 2021-05-18 08:33:37 · 1405 阅读 · 2 评论 -
SMURF流程之q2-sidle(四)-- 序列重建
SMURF 算法的核心是基于基于 kmer 的短区域重建到全长框架中。有两个步骤,首先是ASV在单个区域基于kmer进行比对,然后完整的序列集组装成重建的计数表。区域比对第一步是每个区域把序列比对到数据库,使用 align-regional-kmers 命令,我们前面使用--kmer-db-fp选项设置了数据库,使用 --rep-seq-fp选项传递ASV序列,最后是区域定义,来自前面你给区域起的别名,要完全一致。比对是一个开心的可并行任务,我们可以通过多多线程提升性能(--p-n-workers参原创 2021-02-06 16:34:50 · 526 阅读 · 3 评论 -
SMURF流程之q2-sidle(三)--reads准备
完成了前面的数据库准备,下面就是reads的准备,基本过程就是把reads拆成对应不同引物的几个部分,后面再重建合并在一起啦。首先声明,这个方法还在开发和完善之路,最近一次更新在这个月,可能结果会有变动,应该说还处于beta版本中,不建议在生产环境中使用。这里就有几种情况啦,一种是已经每个样本每个V区拆好的数据,另一种是每个样本几个V区混在一起的数据,或者完全没拆的数据。这里根据SMURF的示例,按第二种情况进行,应该是最常见的情况。下面是具体步骤:Reads准备尽管SMURF依赖于质控过滤,还是推荐原创 2021-02-06 16:32:19 · 706 阅读 · 3 评论 -
SMURF流程之q2-sidle(二)
前面已经完成了qiime2-slide插件的安装,测试方法就是输入qiime: sidle Plugin for kmer-based marker gene reconstruction.出现了上面的选项,应该就说明已经安装成功了。数据库准备数据库准备是一劳永逸的,前面我们已经完成了数据库过滤的步骤准备一个区域数据库这一步是提取一个区域的数据库,基于K-mer,为了提升内存效率,把简并碱基和重复kmer作为一条序列。# 首先,使用feature-classi原创 2021-01-30 17:52:20 · 439 阅读 · 2 评论 -
SMURF(5R)-Science封面文章使用的16S新流程(二)
前面介绍的SMURF流程的运行以失败告终了,不过这个是这篇文章的参考方法,至于这篇文章改进过的方法,还没有试过,这就试一下,顺便考虑是否能把6区的移植过来,搞个6R呢,可能,算法上有略微的区别,毕竟这篇Science研究的是肿瘤中的含量很少的微生物,用了严格的去污染策略,不管怎样,试试吧!1、环境准备类似上次那个流程,更加简单了些,只需要安装解压下。# 安装MCR,这次是新版本的9.7,重要的事说三遍,必须有图形界面gui,否则会安装失败#必须有图形界面gui,必须有图形界面gui# 下载地址,速原创 2021-01-30 14:22:57 · 713 阅读 · 2 评论 -
SMURF-Science封面文章使用的16S新流程
肠道微生物是近两年的研究热点,但是去年登上Science封面的是一篇研究肿瘤中的微生物的文章,另人眼前一亮,有些肿瘤即使没有与外界环境相通,也是有微生物的存在的。外行看热闹,内行要看看他是具体怎么进行研究的。首先是研究手段,并不是宏基因组,是16S,估计是由于肿瘤中的微生物含量过少,多数不能满足宏基因组的建库所需DNA的量。然后,作者是用了一种不同于常规16S的研究手段进行的,扩增并测序了5段V区(68%的长度),然后合并分析的,作者称之为SMURF的方法流程,认为这个方法是接近于三代16S全长的物种.原创 2021-01-24 17:53:39 · 679 阅读 · 5 评论 -
R语言统计分析微生物组数据(第三章3)
3.4 微生物数据组成分析早在1897年,皮尔逊就警告说,在器官测量中使用两个绝对测量值的比值,可能会形成“伪相关”。自1920s以来,地质学的研究人员已经知道,使用标准的统计方法来分析成分数据可能会使结果无法解释。Aitchison认识到关于组成成分的每一个陈述都可以用成分的比率来表述,并开发出一套基本原理、各种方法、操作和工具来进行成分数据分析。其中,对数比变换方法被地质学、生态学等领域的统计学家和研究人员广泛接受,因为通过对数比变换,可以消除组成数据的样本空间(单纯性)受约束问题,并将数据投影到多元原创 2021-01-16 17:10:18 · 8771 阅读 · 2 评论 -
如何下载老版本的blast
最近找到一个十年前的老perl脚本,想要运行一下,却发现blastall这个程序已经被抛弃多年了,好在几经搜索,找到了,文件下载地址在这:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/legacy.NOTSUPPORTED/2.2.18/记录在这里,方便大家。...原创 2020-12-17 15:44:05 · 1015 阅读 · 2 评论 -
R语言宏基因组学统计分析学习笔记(第三章-2)
3.23 过度分散和零扁平模型微生物组的物种分类数据,比如扩增子测序的微生物物种读数或者OTU数或者转录组的不同表达量的数据,是稀疏和有太多0的。在宏基因组计数数据中,特定基因的大幅变化和过度分散经常发生,影响不同丰度的基因。由于各种因素,过多的0在宏基因组数据中也经常出现,比如,基因的丰度由于生物医学的技术限制不能检测到。样本的0也可能由于细菌群落间大的多样性而发生。为了适应微生物组数据的这两个特征,我们通常使用(negative binamial and zero flated)负二项零扁平模型原创 2020-11-19 21:19:20 · 2569 阅读 · 0 评论 -
宏基因组笔记(第二章)
一直以来,看到这本书《Statistical Analysis of Microbiome Data with R》活跃在朋友圈和公众号,既然口碑这么好,当然有必要学习下啦!分享记录一下书中我所认为重要的点。下面是这本书的第二章:什么是微生物组数据2.1 测序16S或者宏基因组测序后,数据使用Qiime或Mothur,比对或者denovo聚类生成OTU表格,注释获得物种分类表,以及相对丰度。2.2 数据结构是结构化的进化树,系统发生关系和进化。样本(行)-特征(列)偶发表,特征可以是OTU、基因原创 2020-10-25 17:06:50 · 1025 阅读 · 0 评论 -
HLAscan的HLA分型探索
发现这个软件之前的官网已经打不开,但是在github上仍然在更新,https://github.com/SyntekabioTools/HLAscan或许是换了工作?最近一次更新是2019.12.4,还是比较新的。发现wegene的NGS HLA分型报告是用的这个软件的参考文献,估计还是权威些的。软件使用方法也有了一些变化,之前只是一个脚本,现在直接编译成了一个独立的可执行文件,运行效率应该也有很大的提高。也省去安装的繁琐。AMD YES的4700U也能跑得动,不错!安装和运行# 下载软件wget原创 2020-10-21 12:54:30 · 968 阅读 · 0 评论 -
如何快速查询人基因组的LD连锁不平衡信息
最近做PRS评分,需要用到连锁不平衡信息,来进行位点筛选,找了好几个工具用于计算连锁不平衡,也发现了个好用的网页工具来进行查询,在这里和大家分享一下!地址在这,阅读原文也是这个,后面的操作都在这个网页进行的。由于这个网站用到了谷歌的一些组件,可能需要科学上网才能访问。什么,你不会,我有个凑活着用的方式,要不要试试,回复"setup",给你个小工具。LDlink首页先来欣赏下首页,美国NIH的癌症研究所的工具,还是比较权威的,数据来自千人基因组计划,可以分人种进行信息查询。可以看到有好几个工具可用,我原创 2020-10-13 10:36:53 · 4950 阅读 · 10 评论 -
HLA-LA进行HLA分型
1.软件安装和数据库准备继续conda,解决软件安装难题,也不需要挑战有些门槛的docker。# 安装 conda install hla-la # 数据库下载 cd ~/miniconda3/opt/hla-la/ mkdir graphs wget http://www.well.ox.ac.uk/downloads/PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gztar -xvzf PRG_MHC_GRCh38_withIMGT.tar.gz# 数据库索引,这步要耗30原创 2020-10-13 08:44:56 · 1174 阅读 · 1 评论 -
Optitype进行HLA分型的尝试
Optitype软件安装最开始尝试使用docker,无奈悲剧的失败,发现bioconda有这个软件的,于是上conda,感觉比docker更方便呢。还有一个好处是,win10家庭版不支持docker,要想支持得修改注册表一通操作,太麻烦了。# 下面两个命令选一就可以了conda install -c bioconda optitype conda install -c bioconda/label/cf201901 optitype 运行和结果很简单的一条命令就可以了。 OptiTypeP原创 2020-10-11 16:43:29 · 1331 阅读 · 9 评论 -
下载国外大数据库不用愁
QIIME 2 2020.8 版本现已发布!感谢所有参与的辛勤工作!提醒一下,我们计划发布的 QIIME 2 计划于 2020 年 11月发布 (QIIME 2 2020.11),但请继续关注更新。查看QIIME 2 2020.8 文档 [1]有关安装最新 QIIME 2 版本的详细信息,以及教程和其他资源。如果您遇到任何问题,请与QIIME 2论坛联系!虚拟机镜像将在未来一周的某个时候更新(已更新https://docs.qiime2.org/2020.8/install/virtual/)!重大原创 2020-09-05 19:18:56 · 2680 阅读 · 4 评论 -
使用R语言获得16S物种丰度
还是获得16S物种丰度得老问题,最近在一台新机器上安装qiime1,发现有报错,对于这种停止维护的软件,也是正常现象吧,于是想别的办法解决,恰巧最近读R几本R语言的入门书,发现prop.table()这个函数是可以实现相关功能的,于是学习使用下。可能你早已会做这个啦,还是分享一下,看看有没有人需要。从qiime2的结果开始qiime2可以按级别导出物种的丰富计数,通过view.qiime2.org或者view.qiime2.cn(后者是我自己镜像的前面一个网站) 查看taxa-bar-plots.qzv原创 2020-07-19 14:17:19 · 3052 阅读 · 0 评论 -
SNP2HLA之参考数据集合并提高分型准确性
这几天随便搜索snp2hla软件的参考数据集的时候发现一个韩国科学家写了一个数据集合并脚本,在使用韩国人样本测试时准确性较分别只用两个未合并的数据集准确性有所提高,于是,就找到了论文提供的脚本合并了一下。中间还有个小插曲,应该是作者在公开脚本的时候忘记放了一个R语言脚本,于是发邮件找作者要,很快就收到了这个文件,在此感谢作者!软件主页在这里:http://software.buhmhan.com/MergeReference/下面是我的数据集合并过程:#1.下载软件wgethttp://s.原创 2020-06-20 22:27:45 · 606 阅读 · 0 评论 -
娱乐版HLA分型网页升级了
之前做了一个简单的网页,使用23andme格式+snp2hla软件获得hla分型数据,当然准确性不咋的,也就玩玩,上线后为大约100+人提供了服务,这是伯值得骄傲的事,因为第一次能为大家提供服务。代码我是放在了gitHub的,数据是脚本处理完后自动删除。看网页是不是有点眼熟,这是谷歌中国网页框架,直接搬来的。2020.6.20更新了合并后的参考数据集,据论文说准确度有一定程度提高,欢迎测试交流!放在了另一个南京的腾讯云服务器,地址:https://dna.zd200572.com/hla/ ..原创 2020-06-20 22:24:02 · 3624 阅读 · 0 评论 -
qiime2+biom+qiime1获得16S物种丰度
我们知道,不管是16S等扩增子测序,还是宏基因组,最后最重要的结果,就是物种的丰度情况了,qiime2给出的16S丰度结果是一个计数,对于许多软件来说这是可用的,那么如果我们想获得一个直接的百分比数据应该怎样做呢?当然,有许多方法可以实现,比如用shell, R, python脚本,或者再简单粗暴点,excel解决,透视表,公式,宏等。自己造轮子总是觉得不怎么踏实,出错咋办。那么,现成的软件有哪些呢,在这里,我抛砖引玉,提出一个曲线救国的方法,使用qiime2的前任qiime1解决,稍微做几步处理即可。如原创 2020-06-20 22:21:01 · 3051 阅读 · 1 评论 -
16S流程知多少?
除了引用最多的qiime流程,u/vsearch(usearch是一人一已之力单挑学术界)和mothur(用的人越来越少的感觉),最近又发现了一两个流程,一并分享给大家。一、lotus:http://psbweb05.psb.ugent.be/lotus/一个引用量刚刚突破一百的流程,难得的是还在继续更新中,同样的先进的去噪代替聚类,哪天也测试下效果。最初知道这个流程是hybyrid-denovo流程提到了它也可以使用未成功拼接的序列进行分析。以下内容基本翻译自其官网:LotuS提供完整的轻量级16原创 2020-06-06 21:41:26 · 937 阅读 · 0 评论 -
肠型在这里
内容基本上翻译自:https://enterotype.embl.de/index.html介绍肠型是一种根据人类肠道微生物群来分层的人的方法。它们来自个体肠道微生物群中不同微生物群的相对丰度(目前处于属级;请参阅维基百科关于"相对物种丰度"的文章,以了解相对丰度的概念)。肠型不是离散类型,如血型,而是在微生物群特征的更高维度空间中稠密的区域。我们假设稠密的区中,个体的很大一部分,它们之间或周围有人烟稀少的区域,但这种分布的原因尚不清楚,也没有公布足够的数据来量化,随着时间的推移,肠道类型的分类和可能开翻译 2020-05-22 14:57:11 · 2574 阅读 · 0 评论 -
生物信息学数据管理习题 Python3
这是我两三年前学习过的一本书,我觉得这本书挺好,把生物学的问题直接在python学习中解决了,推荐给大家,之前还整理了习题代码,分享一下。之前分享在了github上,收获了10颗星,惭愧,已经是我最多星的一个。还有一两个习题记得没有解答出来,如果你解答出来了,欢迎交流!代码有的肯定不是最优的,只是一种解答方法,可能有错误,也欢迎指正,谢谢!我坚信分享使我们快乐,加油!我是用python3完成的,当然二者区别也很小(目前我基本只认识到了print函数的区别),除非遇上那种多年不遇的bug。https://.原创 2020-05-10 16:08:35 · 1169 阅读 · 0 评论 -
使用纳米孔测序数据进行16S-DNA条形码研究的计算方法[综述]
摘要通过对16S核糖体RNA(16S rRNA)基因进行测序来评估细菌多样性已广泛用于环境微生物学中,特别是自从高通量测序技术问世以来。这些技术带来的另一项创新是需要开发新的策略来管理和研究生成的大量测序数据。这种情况刺激了生物信息学领域的快速扩展,发布了新的工具,主要用于使用Illumina技术生成的测序数据的下游分析和解释。近年来,已经开发出第三代测序技术,并已与前一种测序策略并行和互补地应...翻译 2020-04-11 13:20:24 · 4532 阅读 · 0 评论 -
使用nf-core的ampliseq(qiime2)流程分析16S数据
最近看到生信技能树的一篇推文在介绍nf-core这个流程管理工具,发现官方有qiime2的流程,学习一下,顺便探索一下中间的坑。关于nf-core,这篇推文已经介绍的够多了,我这里主要学习它的搭建和使用。一、环境搭建首先,先进行环境搭建工作,这是必修课和基础,没有环境,什么也做不了。理解下来,nf-core可以使用三种方式进行环境准备,本地安装,conda或者docker,一般来说,对新手最友...原创 2020-04-08 16:11:21 · 1762 阅读 · 0 评论 -
宏转录组学研讨会
这项工作已获得知识共享署名-相同方式共享4.0国际协议的许可。这意味着您可以复制,共享和修改作品,只要结果以相同的许可证分发即可。本教程由Mobolaji Adeolu(adeolum@mcmaster.ca),John Parkinson(john.parkinson@utoronto.ca)和Xuejian Xiong(xuejian@sickkids.ca)制作。注意,这个教程的软件运行...翻译 2020-03-28 15:54:22 · 969 阅读 · 0 评论 -
宏转录组学习笔记(三)
通过脚本和snakemake实现自动化到目前为止,我们已经完成了所有工作,并复制并粘贴了许多命令来完成所需的操作。这可行!但是也可能很耗时,并且更容易出错。接下来,我们将向你展示如何将所有这些命令放入Shell脚本中。一个shell脚本是一个文本文件的完整的shell命令,运行时就如同你在命令行交互方式运行它们。在这里,我们将创建一个从中获取并一次运行它们全部的命令。编写shell脚本让...翻译 2020-03-28 15:53:30 · 600 阅读 · 0 评论 -
GWAS研究和多基因评分
2.GWAS研究和多基因评分GWAS的一般思想是扫描样本中所有测量到的单核苷酸多态性(SNPs)与结果的关联,使用可能的环境混杂进行严格的控制和多重测试。除了测量到的SNPs,GWAS还使用典型的填充SNPs。对未测量的SNPs的归类使研究人员能够汇集来自各种基因分型平台的证据,这些平台具有测量的非完全重叠的SNPs集合。此外,与直接分型的SNPs相比,填充使研究人员能够提高统计能力并获得对相关...翻译 2020-03-26 14:40:31 · 5941 阅读 · 0 评论 -
qiime2 view镜像网站等你来用
没事的时候,翻github,发现了qiime view网站的源代码是公开的,可以静态布署。手上有个云服务器,前几天又获得了一个免费域名qiime2.cn,于是做了一个镜像网站view.qiime2.cn,分享给需要的人。服务器在重庆,国内延时很小,打开完全速度稍慢,应该是服务器性能的原因,如果需要用这个功能,官方网站又打开特别慢的话,可以考虑下我这个镜像。让我们来对比下网站打开延时情况,在江苏移...原创 2020-03-21 14:19:09 · 1340 阅读 · 5 评论 -
宏转录组学习笔记一
前面提到,已经有两家公司通过宏转录组(Metatranscriptomics)测序检测肠道微生物,面向消费者提供检测服务。对宏转录组充满了好奇,有这样的比方说,宏基因组可以告诉我们这个微生物群落可能有什么样的功能(潜能),宏转录组就是告诉我们群落正在做什么,相比宏基因组的眉毛胡子一把抓,宏转录组是更针对当下的结果。由于测序的目标序列少了很多,结果不是变态大,对计算机的配置要求也相对降低。苦于想学宏...翻译 2020-03-21 13:52:12 · 4028 阅读 · 0 评论 -
千人基因组计划基因分型数据下载
最近需要下载千人基因组计划中的中国人数据作为参考,于是学习了下几个下载方法。发现还是有几个小技巧值得分享的,就记录分享一下!我找到的主要方法有两三个,分别是通过网页下载,API批量下载和ftp批量下载。1.网页下载这个比较简单,也已经有很多教程,列在这里,我就不写了。千人基因组计划数据库下载某段区域SNP传说中的千人基因组计划2.ftp或者ascp批量下载1)下载所有的数据和位点如果...原创 2020-03-08 16:38:21 · 12305 阅读 · 4 评论 -
snptest学习笔记
在阅读肺癌PRS分型那篇文章时发现作者使用这个软件进行了多元逻辑回归,值得学习一下。在微信上能找到一篇教程来自陈文燕[bio生物信息]公众号的对性染色体进行关联分析(转载在了下一篇文章里),也可以学习下一些知识。For the GWAS datasets, we calculated per-allele ORs and SEs using logistic regression analys...原创 2020-03-04 16:31:20 · 1942 阅读 · 2 评论 -
肺癌新易感位点的发现及多基因遗传评分在肺癌风险预测中的应用--基于中国超大型前瞻性队列研究
这是一篇值得学习的文章,基本上全文翻译了这篇文章,觉得重要的地方进行了突出显示。我认为重要的内容1.处于高遗传风险的轻度吸烟者与处于中等遗传风险的重度吸烟者显示出相当的风险。在每个遗传风险类别中,吸烟的程度与肺癌相对风险的增加相关。2.处于低遗传风险的好处可能在很大程度上被吸烟所抵消,支持公共卫生努力不吸烟,强调每个人都有健康的无烟生活方式,即使对那些遗传风险较低的人也是如此。遗传得分在...原创 2020-03-04 12:51:24 · 5040 阅读 · 1 评论 -
久等了的QIIME 2 2020.2 更新来了
QIIME 2 2020.2 更新踩着2月的尾巴来了!疫情仍在,学习的好时光呀,加油!这次更新有一些小的命令更改,已经把需要关注的重点更新突出显示。官方提醒下一次的更新发布是QIIME 2 2020.5,请持续关注更新。有关安装最新的QIIME2发行版的详细信息,以及教程和其他资源,请查看QIIME2 2020.2文档[1]。如果您遇到任何问题,请联系QIIME 2论坛[2]!虚拟机版本将...原创 2020-03-02 08:39:00 · 941 阅读 · 0 评论 -
ubiome类似数据处理探索7
前面做的许多处理基本上自己拼凑来的,下面再看下完整解决方案。researchgate网站上有人说qiime1版本有这个双向数据配对不拼接的选项?这个没找到。主要发现了有两个方案,一个是有篇文章提出了一个流程Hybrid-denovo,还有一篇peer review的文章,几个人评议还有一个人不同意,anyway,都看下。1.Hybrid-denovo流程处理nonoverlapping 扩增子[...翻译 2020-02-06 16:30:30 · 641 阅读 · 0 评论 -
2019新冠状病毒学习笔记
最近这波疫情,重现当年初中非典时期,甚至愈演愈烈,与之前初中时的封校住宿学习不同,已经工作的今天和太多的互联网信息大爆炸让我们有些焦虑,特别是,作为学习生物的人,我们也感到无能为力。官方媒体的科普,已经让大家对这个病毒的具体情况有所了解。我注意到,NJEM也已经把许多文章翻译成了中文版,以正视听。在这个时候,我们不能听信谣言!那么作为有些生物学素养的我们,也应该以自己的知识,学习下这个病毒的信息,...原创 2020-02-02 16:26:10 · 10215 阅读 · 2 评论 -
ubiome类似数据dada2处理探索5
前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包,decipher包和qiime2进行了物种注释,基本上完成了一个最简单的分析过程。这里填下自己之前挖的坑,比较一下这个含有348条序列的样本,qiime2,dada2和的分类器哪个效果更好。界门纲目科只是简单看...原创 2020-01-26 17:12:33 · 315 阅读 · 0 评论 -
ubiome类似数据dada2处理探索4
前面我们探索了处理不能拼接的V4 PE150数据,首先双向reads根据质量情况分别切成120bp,然后使用dada2 R包进行了直接+10N拼接,生成ASV表,再分别使用dada2包和qiime2进行了物种注释,基本上完成了一个最简单的分析过程,这里,使用比较流行的phyloseq包进行下多样性分析。说实话,之前从没有使用R进行过16S数据分析,一般认为R速度慢些,而且不熟悉。这里用了一次感觉...原创 2020-01-26 16:44:41 · 521 阅读 · 0 评论 -
2019已走,总结我有
2019已经与我们擦肩而过,响应jimmy号召,把总结提前到这两天写好。一份总结,可以从多个方面入手,工作的、学习的(一般也和工作内容相关的)、生活的,主要写下学习方面的吧!R语言和Python学习方面想要入门一门编程语言真的要翻上好几本书才够,因为一本书的风格并不一定符合你的喜好和水平,可能读完了没有产生共鸣,提升不大。而且,只有把知识反复看,相当于复习才能初步掌握嘛。虽然不必要每本书都买回...原创 2020-01-03 21:11:45 · 228 阅读 · 0 评论 -
ubiome类似数据dada2处理探索3
1.导入qiime2前的准备我简单处理了下otu序列和表,使它们能导入qiime2,应该是一行shell代码解决的,shell水平不行,python来顶了。import os fout = open('otus.txt', 'w')fout_otab = open('otab.txt', 'w')with open('dada2_counts.txt') as f: i = 1 f...原创 2020-01-02 10:53:26 · 277 阅读 · 0 评论 -
ubiome类似数据dada2处理探索2
继续之前未完成的笔记,前面实现了使用qiime2-dada2插件初步探索,结果以无敌的报错失败告终,这里进入R包,更灵活地处理数据,下面是我的详细步骤。1.上次未完成的准备工作#设置R包的工作目录,不是R语言的,这只是个变量而已path <- "/Users/zd200572/Biodata/16S/process-ubiome-16S/primer-cutted"# 获得目录中的数...原创 2019-12-31 16:17:16 · 691 阅读 · 0 评论