写这篇文章主要是因为自己下软件会遇到问题,有时候解决问题了后面就忘了,所以想记录一下一些下软件的方法
一、wget命令
- wget有很多参数,一般用的比较多的是我们需要把软件下在指定路径下面,这时可用-P指定:
wget -P 指定路径 下载链接
当然,你也可以先cd进入你要下载到的路径,然后wget
- 当下载比较大的文件时,遇到网络状况不好的情况,会中断我们的下载,所以一般下载软件时,可加-c参数,如下:
wget -c 下载链接
这样,可以实现断点下载,就不用担心网络问题啦。
- 除此之外,wget可以批量下载文件:把所有需要下载文件的地址放到 filename.txt 中,然后 wget 就会自动为你下载所有文件了
wget -i filelist.txt
wget后一般需要解压文档,解压命令如下:
- tar –xvf file.tar 解压 tar包
- tar -xzvf file.tar.gz 解压tar.gz
- tar -xjvf file.tar.bz2 解压 tar.bz2
- tar –xZvf file.tar.Z 解压tar.Z
- unrar e file.rar 解压rar
- unzip file.zip 解压zip
解压后需要给与执行权限
chmod -R 755 文件名
编译执行,以cmake为例
cd cmake-2.8.11.2/
./configure --prefix=/opt/cmake
make
make install
二、pip install 命令
pip install 包名 # 安装包最新版本
pip install 包名==1.0.4 # 安装包指定版本
pip install --upgrade 包名 #升级包
#升级指定的包,通过使用==, >=, <=, >, < 来指定一个版本号。
pip uninstall 包名 #卸载包
pip show #显示安装包信息
pip show -f 包名 #查看指定包的详细信息
pip list #列出已安装的包
pip install 包名 -r 指定路径 #安装到指定路径
但是有时候下载会很慢,所以我们可以在加上镜像,这样会极大提高我们的速度:
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清华:https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
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阿里云:https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
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中国科技大学: https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/
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华中理工大学:https://pypi.hustunique.com/
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山东理工大学:https://pypi.sdutlinux.org/
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豆瓣:https://pypi.douban.com/simple/
pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 包名
此外,当需要升级pip时,可用:
pip install -i http://e.pypi.python.org --trusted-host e.pypi.python.org --upgrade pip
如果我们的xshell上安装了好几个版本的 Python,同时都有 pip,则使用方法如下:
Python2:
python2 -m pip install XXX
Python3:
python3 -m pip install XXX
三、conda install 命令
conda install -p /path/for/biotools/
把生信软件装到特定位置,而且这个位置的python版本最好和系统的一样