xshell:安装软件的一些命令。

写这篇文章主要是因为自己下软件会遇到问题，有时候解决问题了后面就忘了，所以想记录一下一些下软件的方法

一、wget命令

• wget有很多参数，一般用的比较多的是我们需要把软件下在指定路径下面，这时可用-P指定：

 wget -P 指定路径 下载链接

当然，你也可以先cd进入你要下载到的路径，然后wget

• 当下载比较大的文件时，遇到网络状况不好的情况，会中断我们的下载，所以一般下载软件时，可加-c参数，如下：

wget -c 下载链接

这样，可以实现断点下载，就不用担心网络问题啦。

• 除此之外，wget可以批量下载文件：把所有需要下载文件的地址放到 filename.txt 中，然后 wget 就会自动为你下载所有文件了

wget -i filelist.txt

wget后一般需要解压文档，解压命令如下：

• tar –xvf file.tar 解压 tar包
• tar -xzvf file.tar.gz 解压tar.gz
• tar -xjvf file.tar.bz2 解压 tar.bz2
• tar –xZvf file.tar.Z 解压tar.Z
• unrar e file.rar 解压rar
• unzip file.zip 解压zip

解压后需要给与执行权限

chmod -R 755 文件名

编译执行，以cmake为例

cd cmake-2.8.11.2/
./configure --prefix=/opt/cmake
make
make install

二、pip install 命令

pip install  包名              # 安装包最新版本
pip install 包名==1.0.4       # 安装包指定版本
pip install --upgrade 包名       #升级包
#升级指定的包，通过使用==, >=, <=, >, < 来指定一个版本号。
pip uninstall 包名                 #卸载包
pip show                     #显示安装包信息
pip show -f 包名            #查看指定包的详细信息
pip list                     #列出已安装的包
pip install  包名 -r 指定路径   #安装到指定路径

但是有时候下载会很慢，所以我们可以在加上镜像，这样会极大提高我们的速度：

• 清华：https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple

• 阿里云：https://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/

• 中国科技大学: https://pypi.mirrors.ustc.edu.cn/simple/

• 华中理工大学：https://pypi.hustunique.com/

• 山东理工大学：https://pypi.sdutlinux.org/

• 豆瓣：https://pypi.douban.com/simple/

pip install -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 包名

此外，当需要升级pip时，可用：

pip install -i http://e.pypi.python.org --trusted-host e.pypi.python.org --upgrade pip 

如果我们的xshell上安装了好几个版本的 Python，同时都有 pip，则使用方法如下：

Python2：
python2 -m pip install XXX

Python3:
python3 -m pip install XXX

三、conda install 命令

conda install -p /path/for/biotools/
把生信软件装到特定位置，而且这个位置的python版本最好和系统的一样

这是别人总结的conda相关命令