geneHapR
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geneHapR的使用教程
syhz
这个作者很懒,什么都没留下…
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从零开始进行单倍型分析之分析工具篇
由于个人认知水平、信息获取渠道以及专业领域的限制,难以保证内容的绝对准确与全面。:基于单倍型对两组结构变异(SV)结果进行比较,能将比较区块内的 SV 拼接成单倍型序列,并建立矩阵进行结果判断。:为结构变异相关的单倍型研究提供了一个专门的工具,有助于更深入地理解基因组结构变异与单倍型之间的相互作用。:适用于专注于结构变异与单倍型关系的研究,如研究特定基因组区域的结构变异如何影响单倍型分布等。:功能主要集中在结构变异与单倍型的比较方面,对于其他方面的单倍型分析相对薄弱。(三)R语言入门篇(只讲需要的)原创 2024-09-16 00:19:11 · 507 阅读 · 0 评论 -
从零开始进行单倍型分析之理论基础篇
基因是带有遗传信息的 DNA 片段,是遗传的基本单位,控制着生物的各种性状,如眼睛的颜色、血型等。等位基因是位于同源染色体上相同位置、控制同一性状的不同形式的基因。例如,控制人类 ABO 血型的基因有 A、B、O 三种等位基因。原创 2024-09-13 15:26:49 · 850 阅读 · 0 评论 -
如何使用 geneHapR 进行单倍型分析 (以vcf文件为例)
geneHapR基因的单倍型分析原创 2023-05-23 20:50:43 · 10461 阅读 · 14 评论 -
geneHapR | 基因单倍型分析常见问题
一般地,进行单倍型分析的不同个体之间并没有直接的亲缘关系,个体A的基因型不影响B的基因型。然而,基因型填补软件多是基于群体中其他个体的基因型对缺失的基因型进行填补,所以填补出来的基因型与实际情况并不相符。如果群体类型是重组自交系,由于不同株系的基因型均来自双亲,使用填补基因型的软件是没有问题的。时提示错误,可能是某个依赖的包没有装上,可以重新安装geneHapR,尝试阅读报错信息,按照提示逐个安装缺失的R包即可。如果实在安装不上,那么将R卸载掉并删除所有本地的R包,然后再重新安装,一般都能解决。原创 2023-05-31 23:13:56 · 2058 阅读 · 0 评论 -
geneHapR 的常见问题
过去一年多时间里,很多人在学习、使用geneHapR进行单倍型分析,在使用过程中遇到了一些问题。对一些常见问题进行汇总如下,方面后来者学习。原创 2024-09-09 22:45:25 · 597 阅读 · 0 评论