geneHapR 的常见问题

geneHapR常见使用问题

过去一年多时间里，很多人在学习、使用geneHapR进行单倍型分析，在使用过程中遇到了一些问题。对一些常见问题进行汇总如下，方面后来者学习。
如果本文无法找到您的问题，请在评论区进行留言，评论点赞数量越多，也可能被优先回答。

1. 交流沟通问题

1） 很多同学反映QQ群添加不上/搜索不到。
由于不明原因导致QQ群很多人搜索不到，目前QQ已停止使用，转为使用微信群。有意向加入geneHapR交流群的老师和同学请通过用户名搜索“suiyuanhongzhu”添加群主微信，拉你进群。

2） 更多沟通方式
可以使用邮件联系，作者邮箱为：zhang_renliang@163.com。
发现bug，除上述联系方式外，还可以在geneHapR项目主页创建issue ( gitee, github)，以督促作者尽快解决。

2. 常见报错

2.1 vcf2hap()结果只有4行

数据中基因型确实或者杂合子太多了，将hetero_remove、na_drop两个参数设置成FALSE即可。

2.2 hap_summary()替换数据里有5行，但数据有4…

这里需要检查你的hapResult是否正常，如果hapResult只有4行，请参照2.1解决。
问题原因：一般的hapResult至少有四行，即Chr|POS|ALLELE|INFO；如果只有这四行，后续测操作会有类似的报错；需要检查你的vcf内容是不是有缺失，另外参考help文档把去除杂合子和缺失基因型的两个参数改为FLASE或者去掉某几个杂合子比较多的位点。
如果这个原因导致，请联系作者。

2.3 样品数据不对

在分析一个基因单倍型的时候，共650份品种最后几种单倍型总和只有400多份。但是分析其他基因单倍型的时候，是正常的，就是650份品种最后几种单倍型的加和也是650。
一般是由于该基因/区间内存在基因型缺失或杂合基因型，解决方法参照2.1。

2.4 displayVarOnGeneModel()

报错信息：*** in hapSummary/hapResult was not found in gff
通常是由于染色体名称不对导致的，检查你的基因型文件中包含的染色体名称和gff注释文件中的染色体名称是否一致。

报错信息：There was no overlap between hapResult: ***-*** and gff ***-***.

通常是由于gff注释信息在给定区间内没有发现外显子或任何类型的注释。需要通过调整start或end扩大、移动给定区间大小；或者重新调整gff注释。

2.5 displayVarOnGeneModel()视窗的位置或大小不能是无限的

这个问题一般不会出现，如果遇到了这个问题请按照下面步骤操作。
1）把RStudio最大化
2）把绘图区尽量调大
3）使用R里面的设备（dev）tiff()、pdf()、jpeg()、png()等，将绘制结果直接输出到文件中
如果至此还解决不了，请更换电脑。
（重装能解决90%以上的问题，但换好的装备可以解决100%的问题）

3. geneHapR的安装问题

3.1 windows下的安装问题

经测试，在Win7、Win8、Win10、Win11下均可使用geneHapR进行单倍型分析。
如果你的电脑在安装时出现问题，请百度之。
如果实在解决不了，把R、RStudio卸载掉，重新安装。
如果还是解决不了，重装系统后，再尝试安装。
重启解决90%的电脑问题，重装系统可以解决**99.9%**的电脑问题。

3.2 linux和mac下的安装问题

Linux中安装geneHapR的依赖包需要安装很多依赖的库，相信使用Linux和mac的都不是小白，请根据报错信息百度之。

3.3 实在安装不上咋整

如果实在解决不了安装问题，这边勉为其难的为您提供有偿单倍型分析服务，周期为1~3个工作日。

4. 数据问题

4.1 示例数据哪里来

示例数据有几种来源途径：
1）geneHapR文章的附件；
2）geneHapR软件附带的数据；
3）OsGHD7基因的文章及其附件。

互联网是免费的，但时间是宝贵的。如果你实在找不到或者不想浪费时间去找免费数据，这边也可以有偿提供。
1）在线下载（5元/份）。
2）付费领取，凭付款截图领取（将付款截图发送至1205654509@qq.com）。
收款码在文章末尾。

4.2 做单倍型分析数据从哪里来

1. 公开数据库
2. 联系发表含有对应数据文章的PI索要数据
3. 自己测序
4. 自己调查性状

5. 文章引用问题

如果大家在自己的研究中使用了geneHapR，请引用原作者的文章。论文链接如下：
Zhang, R., Jia, G. & Diao, X. geneHapR: an R package for gene haplotypic statistics and visualization. BMC Bioinformatics 24, 199 (2023). https://doi.org/10.1186/s12859-023-05318-9

geneHapR已经被很多老师和同学们（科学家和未来的科学家）应用于他们的科学研究中，有些研究已经见刊（截至2024年9月1日被引24次），相信还有更多的研究正在进行/撰写/投稿中。预祝更多的研究文章早日见刊！

由于篇幅有限，仅列出部分引用geneHapR的文章：

期刊	JCR分区/影响因子	文章
Nucleic Acids Research	Q1/16.6	Wang T, He W, Li X, et al. A rice variation map derived from 10 548 rice accessions reveals the importance of rare variants. Nucleic Acids Res. 2023 Nov 10;51(20):10924-10933. doi: 10.1093/nar/gkad840. PMID: 37843097; PMCID: PMC10639064.
Frontiers in Plant Science	Q1/4.6	Joshi B, Singh S, Tiwari GJ, et al. Genome-wide association study of fiber yield-related traits uncovers the novel genomic regions and candidate genes in Indian upland cotton (Gossypium hirsutum L.). Front Plant Sci. 2023 Oct 23;14:1252746
cell reports	Q1/8.8	Zuo Y, Liu H, Li B, et al. The Idesia polycarpa genome provides insights into its evolution and oil biosynthesis. Cell Rep. 2024 Mar 26;43(3):113909. doi: 10.1016/j.celrep.2024.113909. Epub 2024 Mar 6. PMID: 38451814.
Theoretical and Applied Genetics	Q1/4.4	Zhang H, Tang S, Wang H, et al. Genetic diversity of grain yield traits and identification of a grain weight gene SiTGW6 in foxtail millet. Theor Appl Genet. 2024 Mar 16;137(4):84. doi: 10.1007/s00122-024-04586-0. PMID: 38493242.

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