怎么把.stl文件转成.nii文件

1. 问题描述
我的stl文件存的是CT数据的标注结果，不转的话一些常用的可视化软件（比如ITKSnap）不支持，而且后面想做深度学习写数据接口的话会比较麻烦。而且我的数据有些多，一百多个，排除用软件一个个另存为的方式（这种方式可以用Mimics）

2. 解决办法：
用3D Sclier的Python interactor编程界面循环转换：下载安装3D Sclier之后，再输入下面的代码

import os
import slicer
stl_path = r"path\annotations"
image_path = r"path\images"
out_path = r"path\annotations_nii"
patients = os.listdir(stl_path)
for patient in patients:
    patient_path = os.path.join(stl_path, patient)
    stl_files = os.listdir(patient_path)
    output_file_path = os.path.join(out_path, patient)
    os.makedirs(output_file_path, exist_ok=True)
    reference_volume_path = os.path.join(image_path, patient+".nii.gz")
    referenceVolumeNode = slicer.util.loadVolume(reference_volume_path)
    for stl_file in stl_files:
        stl_file_name = os.path.join(patient_path, stl_file)
        output_file_name = os.path.join(output_file_path, stl_file[0:-4] + ".nii.gz")
        segmentationNode = slicer.util.loadSegmentation(stl_file_name)
        outputLabelmapVolumeNode = slicer.mrmlScene.AddNewNodeByClass('vtkMRMLLabelMapVolumeNode')
        slicer.modules.segmentations.logic().ExportVisibleSegmentsToLabelmapNode(segmentationNode, outputLabelmapVolumeNode,
                                                                                 referenceVolumeNode)
        slicer.util.saveNode(outputLabelmapVolumeNode, output_file_name)
        slicer.mrmlScene.Clear(0)

每转成功一个就会输出一个True

3. 其他说明
（1）最后一行的代码是清除导入到3D Slicer的数据的，不加这一行多次循环后会out of memory，因为你重新加载分割结果的时候上一次加载的不会在3D Slicer显示窗口被清除覆盖

slicer.mrmlScene.Clear(0)

（2）主要参考资料： 

• 如何将sti转nii: Converting .stl files to binary label maps in .nii format using Python - Support - 3D Slicer Community
• 如何解决out of memory: "Close Scene" in python - Support - 3D Slicer Community