怎么把dicom数据转成nifty数据

1. 问题描述
dicom数据是医学上CT/MRI等模态的数据存储的通用格式，Digital Imaging and Communications in Medicine，包含除了体素值以外的其他数据，包括患者信息，扫描参数等，但这样的数据每一层都是一个.dcm文件，很麻烦，转成.nii的数据更方便些。

 

2. 实现方法
python下直接调用函数就行（感谢造轮子大佬）

import dicom2nifti

dicom2nifti.convert_directory(dicom_directory, output_folder, compression=True, reorient=True)

• 其中dicom_directory是包含dicom文件的路径，比如下面这个，20200722下面三个文件夹下都包含dicom数据（这可能是因为医院扫描序列不同或者扫描部位不同，然后存在不同文件夹下），路径写到.../20200722/就可以了，这个函数会读出三个文件夹下的数据，按照扫描序列一一转换

• output_folder就是你想存输出的.nii文件的文件夹路径

更多内容可以看这个包地官网https://dicom2nifti.readthedocs.io/en/latest/readme.html

 

 

3. 其他说明

1.  每个扫描序列下的slice数量需要大于3，否则会报错'TOO_FEW_SLICES/LOCALIZER'，可以在dicom2nifti.common中看到：

   def validate_slicecount(dicoms):
       """
       Validate that volume is big enough to create a meaningfull volume
       This will also skip localizers and alike
   
       :param dicoms: list of dicoms
       """
       if len(dicoms) <= 3:
           logger.warning('At least 4 slices are needed for correct conversion')
           logger.warning('---------------------------------------------------------')
           raise ConversionValidationError('TOO_FEW_SLICES/LOCALIZER')

   如果你确实有这种数据而且不会被后面用到，可以加一个判断语句避免这种情况
   

 

2.  文件夹遍历os.walk（）真是好用

    for root, _, files in os.walk(dicom_directory):
        for dicom_file in files:
            file_path = os.path.join(root, dicom_file)

那种文件夹套文件夹地情况，以前还要傻傻地自己遍历。。。os.walk会一直对文件夹下地文件夹遍历，直到没有文件夹

 

3. 获取扫描序列：

dicom_headers.SeriesInstanceUID