报错信息: XtWX is not invertible。
1 在输入以下命令时,报错
gcta64 --mbfile geno_chrs.txt --grm-sparse sp_grm --joint-covar --fastGWA-mlm-binary --pheno phenotype.txt --qcovar pc.txt --covar fixed.txt --thread-num 10 --out geno_assoc
2 通过查看表型文件,基因型文件以及协变量文件,都为发现错误。不清楚什么问题。通过摸索发现将表型文件以及协变量文件利用awk
命令输出后就不报错了。
awk '{print $2,$3}' 文件名
我是将前两列的ID文件输出到一个文件下,协变量文件输出到另一个文件下,之后用paste
命令整合之后就可以了。
注意:case 为1,control为0。