Picrust2安装与测试2019.10版本

#软件官方仓库

https://github.com/picrust/picrust2/wiki
https://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-Tutorial-(v2.3.b-beta)

PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。

工具原理

先根据已测微生物基因组的16S rRNA基因全长序列，推断它们的共同 祖先的基因功能谱;
对Greengenes数据库中其它未测物种的基因功能谱进行推断，构建古菌和细菌域全谱系的基因功能预测谱;
最后，将测序得到的菌群组成“映射”到数据库中，对菌群代谢功能 进行预测。
安装

conda create -n picrust2 -c bioconda -c conda-forge picrust2
conda activate picrust2

测试数据
whether knocking out the protein chemerin affects gut microbial composition.

wget http://kronos.pharmacology.dal.ca/public_files/tutorial_datasets/picrust2_tutorial_files/chemeri