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微生物组分析与处理
本专栏主要发表原创的微生物组学数据处理统计方法以及优秀的案例
zlabxyz
这个作者很懒,什么都没留下…
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fastq转fasta代码-基于perl
#! /usr/bin/perluse strict;use warnings;use List::Util qw(sum min max);use Getopt::Long;use File::Basename;# Parameter variablesmy $file;my $helpAsked;my $outFile = "";GetOptions( "i=s" => \$file, "h|help" => \$helpAsked, "o|out原创 2020-10-12 08:24:40 · 555 阅读 · 0 评论 -
16s扩增子分析基于qiime1的标准流程-powered by zlab
###—qiime-zlab------#zj@zlab.ac.cn#版权所有,仅供学习参考#中国科学院Generate BIOM table summary commandbiom summarize-table -i otus/otu_table_mc2_w_tax_no_pynast_failures.biom -o cdout//biom_table_summary.txt Filter low sequence count samples from table (minimum se原创 2020-10-10 14:43:22 · 874 阅读 · 0 评论 -
基于Docker进行qiime2扩增子分析流程
get datawget -O "sample-metadata.tsv" \ "https://data.qiime2.org/2020.2/tutorials/atacama-soils/sample_metadata.tsv"mkdir emp-paired-end-sequenceswget -O "emp-paired-end-sequences/forward.fastq.gz" \ "https://data.qiime2.org/2020.2/tutorials/ata原创 2020-09-19 03:28:02 · 1221 阅读 · 0 评论 -
基于shell和qiime2一键分析扩增子多样性
#!/bin/bashusage(){ echo "帮助信息: -i [abs_input_file_path.txt |原始数据所在的绝对路径(必须)] -o [abs_output_dir |输出文件的绝对路径(必须)] -m [abs_sample_metadata.tsv |metadata的文件绝对路径(必须)] -n [threads |允许使用的线程数 默认defalut: 4] -d [dada2/deblur | 使用的数据降噪方法,可选dada2或d原创 2020-08-31 10:02:08 · 702 阅读 · 0 评论 -
基于qiime1进行HUMAnN2分析通路(亲测可行)
HUMAnN2是由Huttenhower组发布的,基于全基因组测序数据用于计算基因丰度的软件。该工具也可以用于PICRUSt数据将KEGG genes重建为KEGG pathways。在我们处理我们的16S数据之前,我们首先需要安装HUMAnN2和HUMAnN(之前的版本)。Step1:通过pip安装HUMAnN2conda activate qiime1#我的qiime1环境pip install humann2Step2:下载HUMAnA的安装包并解压。你只需要从文件中获取一个文件:huma原创 2020-08-30 16:37:26 · 578 阅读 · 0 评论 -
Picrust2安装与测试2019.10版本
#软件官方仓库https://github.com/picrust/picrust2/wikihttps://github.com/picrust/picrust2/wiki/PICRUSt2-Tutorial-(v2.3.b-beta)PICRUSt2 (Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States)是一款基于标记基因序列来预测功能丰度的软件。工具原理先根据已测微生物基因组的16原创 2020-08-30 16:32:27 · 1764 阅读 · 0 评论 -
最新Picrust2功能预测详细流程
#Picrust2功能预测流程#zj@zlab.ac.cn#2020年8月#完整输出COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM结果picrust2_pipeline.py -s OTUs.fasta -i Otu_table_even.biom -o \picrust2_out_pipeline -p 12 -r default_files/prokaryotic/pro_ref/pro_ref \--in_traits COG,EC,KO,PFAM,TIGRFAM#用默认输出EC,KO原创 2020-08-30 16:25:59 · 4234 阅读 · 0 评论 -
快速安装miniconda3并配置国内源
#软件管理器miniconda3wget -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.shbash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装时许可协议可打yes,默认目录为~/miniconda3,默认不运行conda直接回车conda init #c初始化conda命令conda -V # 查看版本号 4.6.14python原创 2020-08-30 16:10:01 · 5215 阅读 · 0 评论 -
从单端测序数据clean data出发进行PICRUST宏基因功能预测极速教程
#zj@zlab.ac.cn#2020-07#单端测序结果产出Greengenes结果#合并所有fna文件cat *.fna > seq.fna#conda安装独立安装qiime1和picrust1conda create -n picrust1 -c bioconda -c conda-forge picrustconda activate picrust1conda create -n qiime1 python=2.7conda install qiime#qiime1环原创 2020-08-30 16:03:28 · 481 阅读 · 0 评论 -
一篇SCIENCE文章的相关分析基于最新ggcor绘制方法与示例数据
顶楼膜拜houyunhuang大佬,基于ggcor最新包#zlab#zhoujian-2020#linux转biom到TXT#biom convert -i otu_table.biom -o otu.txt --to-tsv#准备好环境因子表格#devtools安装ggcor,建议通过原生R安装,R-studio安装会报错。if(!require(devtools)) install.packages("devtools")if(!require(ggcor)) devtool.原创 2020-07-15 12:47:27 · 6514 阅读 · 4 评论 -
HUMAnN数据库国内备份下载源(转自刘永鑫博士github)
百度云链接R语言常用包合集Windows 10版4.0.x:链接:https://pan.baidu.com/s/1JFwLP2SonK1howD5MNgNYg 提取码:l08kWindows 10版3.6.x:链接:https://pan.baidu.com/s/1h-qR2lmlaMgR4M7VbgtAFg 提取码:s5fi下载后解压至当前目录,可获得3.6/4.0目录,剪切并替换文档 - R - win-library - 3.6/4.0 目录即可扩增子数据库宏基因组数据库HUM.原创 2020-07-09 13:49:22 · 2107 阅读 · 4 评论 -
利用perl一键生成符合LEFse差异分析的Table表
利用perl一键生成符合在线LEFse差异分析的Table表LEfSe分析的在线+本地运行的详细教程参考刘尧博客基于Picrust2进行宏基因预测后,我们往往需要对数据进行可视化话,其中LEFse就是非常不错的选择,这里通过perl实现对表的格式化。LEFse --Galaxy平台:http://huttenhower.sph.harvard.edu/galaxyuse strict;use warnings;my $mapFile=$ARGV[0];my $tableFile=$ARG原创 2020-07-08 15:58:03 · 929 阅读 · 0 评论