CADD-同源模建-2-方法学（1）

同源模建大致流程

1． 同源蛋白的搜索

2．序列比对

3．构建蛋白保守区

4．构建蛋白可变区

5．补全氨基酸残基

6．蛋白结构的评价

1.同源蛋白的搜索

寻找：

• 目标蛋白序列：目标蛋白的一级结构，蛋白质多肽链中氨基酸残基的排列顺序。
• 模板蛋白序列：与目标蛋白序列同源且已知晶体结构的模板蛋白结构。（使用SYBYL中的FUGUE程序）

2.序列比对

序列比对为了确定同源性，安装一定规律排列（对应的可以用 短竖线，错位是突变，而空位是插入、缺失）

序列比对的统计学检验是评价序列相似性的关键。序列比对实际上是根据特定数学模型找出序列之间最大匹配残基数。（对这些数学模型感兴趣的可以看一下山东大学的生物信息学里蛋白质的一章，有详细原理、公式）

序列比对的结果并不能作为两者之间一定存在同源关系的依据，评判是主观的

序列比较时蛋白质性质：

序列比较时的蛋白质性质

• 一致性：两个蛋白质有一定数量的氨基酸在对比的位点上是相同的
• 相似性：通常在某些位点上有一些氨基酸被另外一些化学物理特性相近的氨基酸所代替，这种突变可称为保守突变。将保守突变的因素考虑在内，就可以定义各种打分方案（scoring schemes）
• 同源性：只有当两个蛋白质在进化关系上具有共同的祖先时，才可称它们为同源的。