CADD-同源模建-2-方法学（2）

同源模建大致流程

1． 同源蛋白的搜索

2．序列比对

3．构建蛋白保守区

4．构建蛋白可变区

5．补全氨基酸残基

6．蛋白结构的评价

3-5.构建蛋白质保守区、构建蛋白可变区、补全氨基酸残基

1.基础概念

蛋白质结构保守区（SCRs）：在生物进化或蛋白家族中具有不变或相同的结构域，具备重要功能不能改变。

同一家族中一个蛋白为另一个蛋白分配原子坐标的基础，这部分称为结构保守区。

蛋白结构Loop区：蛋白质肽链中除去螺旋和β折叠的第三种二级结构，通常具有较大的柔性。

氨基酸侧链：与主链连接着的一些氨基酸，有较大柔性。

2.建模方法

• 刚体装配法：利用SCRs序列相似度最高片段。
• 加权平均法：利用同源结构族的平均结构。
• 基于知识的蛋白质的建模方法：1.空间限制满足法（satisfaction of spatial restrains）以各种途径衍生出限制条件，包括同源蛋白，分子力学场，实验数据等。2.基于片段装配法（fragment-based assembly）主要应用于loop及氨基酸侧链的建模，搜寻已知结构蛋白中与目标蛋白相似的那部分。

6.蛋白质结构评价

立体化学、RMSD、PROSA程序评价、Verify3D、碳骨架二面角

• 立体化学：

  Procheck：对于模型中残基与残基之间的立体化学性质做出评价常以Ramachandran图（拉式图）表示；

       Erract：评价原子间非键相互作用的整体性质。

• RMSD：均方根误差是一种常用的测量数值之间差异的量度，其数值常为模型预测的量或是被观察到的估计量。（不同模型之间的特定的数值）
• PEOSA：模型能量方面的评价，用于评价每个残基之间的相互作用是否在一个合理范围内。

• Verify3D：通过3D轮廓测量，建立原子蛋白质模型与其自身氨基酸序列的相容性。Verify3D过程通过根据每个残基位置的位置和环境分配结构类，并将结果与良好结构进行比较。残基的环境对应于三个参数，局部二级结构、掩埋的残基面积、极性原子覆盖的侧链区域的分数。

• 碳骨架二面角——α-碳原子的二面角。