【空间转录组|SpatialDE2】AttributeError: module ‘SpatialDE‘ has no attribute ‘test‘问题解决

1.问题描述

在尝试运行SpatialDE2示例代码时遇到了如下错误：

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AttributeError                            
Traceback (most recent call last)
Cell In[5], line 1
----> 1 svg_full, _ = SpatialDE.test(data, omnibus=True)
      2 svg_full["total_counts"] = np.asarray(data.X.sum(axis=0)).squeeze()
      3 svg_full.to_pickle("ST8059048_svg_full.pkl")

AttributeError: module 'SpatialDE' has no attribute 'test'

2.原因分析及问题解决

原因在于包SpatialDE是直接pip装的，PyPI上作者并未更新最新版本，解决方法为安装github上的版本：

pip uninstall SpatialDE
pip install git+https://github.com/PMBio/SpatialDE.git

随后即可正常运行：