高斯混合模型（Gaussian Mixture Model，GMM）聚类算法（python实现）

最新推荐文章于 2024-06-12 10:00:23 发布

山野万里__

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分类专栏： open3d点云处理专栏文章标签：算法聚类 python

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原理：

目标：将样本集合划分为 K 个高斯分布所表示的聚类，每个聚类对应一个高斯分布。
初始化：随机选择 K 个高斯分布作为初始聚类的参数。
迭代优化：重复以下步骤，直到收敛：
- E 步骤（Expectation）：根据当前的高斯分布参数，计算每个样本属于每个高斯分布的后验概率。
- M 步骤（Maximization）：基于样本的后验概率，重新估计每个高斯分布的参数（均值和协方差）。
收敛条件：当参数不再发生变化，或者变化很小，算法收敛。

数学公式：

高斯分布表示：假设第 k 个高斯分布的参数为 𝜃𝑘=(𝜇𝑘,Σ𝑘))，其中 𝜇𝑘是均值向量，Σ𝑘是协方差矩阵。
样本属于高斯分布的后验概率：对于样本，它属于第 k 个高斯分布的后验概率为：其中：
- $\pi _{k}$ 是第 k 个高斯分布的先验概率（混合系数），满足 $\sum_{k=1}^{K}\pi _{k} = 1$ 。
- $\mathbb{N}(x^{(i)}|\mu _{k},\sum k)$ 是多元高斯分布的概率密度函数，表示样本 $x^{(i)}$ 在第 k 个高斯分布下的概率密度。
参数更新：在 M 步骤中，重新估计每个高斯分布的参数：
- 更新均值 $\mu _{k}$ ：根据样本的后验概率加权平均计算每个高斯分布的均值。
- 更新协方差 $\sum k$ ：根据样本的后验概率加权计算每个高斯分布的协方差矩阵。
- 更新混合系数 $\pi _{k}$ ：根据样本属于每个高斯分布的后验概率计算混合系数。

优化目标：

GMM 的优化目标是最大化观测数据的似然函数，即最大化观测数据在当前参数下的概率： argmax $_{\theta }\sum_{i=1}^{m}log\left ( \sum_{k=1}^{K}\pi _{k} \mathbb{N}(x^{(i)}|\mu _{k},\sum k)\right )$ 其中：

𝜃 表示模型的参数集合，包括每个高斯分布的均值、协方差矩阵和混合系数。
$\mathbb{N}(x^{(i)}|\mu _{k},\sum k)$ 是多元高斯分布的概率密度函数。
$\pi _{k}$ 是混合系数，表示第 k 个高斯分布的先验概率。

GMM 算法通过迭代优化这个似然函数，不断更新模型参数，直到收敛到局部最优解。

实现代码：

代码结合上篇Kmeans使用。

# 文件功能：实现 GMM 算法
import numpy as np
from numpy import *
import pylab
import random,math
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.patches import Ellipse
from scipy.stats import multivariate_normal
import KMeans


class GMM(object):
    def __init__(self, n_clusters, max_iter=500,tolerance = 0.00001):
        self.n_clusters_ = n_clusters
        self.tolerance_ = tolerance
        self.max_iter_ = max_iter

        # 更新W
        self.posteriori_ = None
        # 更新pi
        self.prior_ = None
        # 更新Mu
        self.mu_ = None
        # 更新Var
        self.cov_ = None
    
    def fit(self, data):
        # Step1: 通过kmeans初始化GMM的属性
        k_means = KMeans.K_Means(self.n_clusters_)
        k_means.fit(data)
        self.mu_ = np.asarray(k_means.centers_)
        print(self.n_clusters_)
        self.prior_ = np.asarray(
            [1/self.n_clusters_]*self.n_clusters_).reshape(self.n_clusters_,1)
        self.posteriori_ = np.zeros((self.n_clusters_,len(data)))
        self.cov_ = np.asarray([eye(2,2)]*self.n_clusters_)
        # Step2:迭代
        Likelihood_value_before = -inf
        for i in range(self.max_iter_):
        # Step3:E-step 生成每个点的概率密度分布并进行归一化
            print("gmm iterator:",i)
            for k in range(self.n_clusters_):
                self.posteriori_[k] = multivariate_normal.pdf(x=data,mean=self.mu_[k],cov=self.cov_[k])
            self.posteriori_ = np.dot(diag(self.prior_.ravel()),self.posteriori_)
            self.posteriori_ /= np.sum(self.posteriori_,axis=0)
        # Step4：M-step 更新E-step中每个点的生成概率密度分布参数，达到阈值时停止
            self.Nk_ = np.sum(self.posteriori_,axis=1)
            self.mu_ = np.asarray([np.dot(self.posteriori_[k],data) / self.Nk_[k] for k in range(self.n_clusters_)])
            self.cov_ = np.asarray([np.dot((data-self.mu_[k]).T,np.dot(np.diag(self.posteriori_[k].ravel()),data-self.mu_[k]))/self.Nk_[k] for k in range(self.n_clusters_)])
            self.prior_ = np.asarray([self.Nk_/self.n_clusters_]).reshape(self.n_clusters_,1)
            Likelihood_value_after = np.sum(np.log(self.posteriori_))
            print(Likelihood_value_after - Likelihood_value_before)
            if np.abs(Likelihood_value_after - Likelihood_value_before) < self.tolerance_ * self.n_clusters_:
                break
            Likelihood_value_before = np.copy(Likelihood_value_after)
        self.fitted = True
    
    def predict(self, data):
        result = []
        if not self.fitted:
            print('Unfitter. ')
            return result
        result = np.argmax(self.posteriori_, axis=0)
        return result

# 生成仿真数据
def generate_X(true_Mu, true_Var):
    # 第一簇的数据
    num1, mu1, var1 = 400, true_Mu[0], true_Var[0]
    X1 = np.random.multivariate_normal(mu1, np.diag(var1), num1)
    # 第二簇的数据
    num2, mu2, var2 = 600, true_Mu[1], true_Var[1]
    X2 = np.random.multivariate_normal(mu2, np.diag(var2), num2)
    # 第三簇的数据
    num3, mu3, var3 = 1000, true_Mu[2], true_Var[2]
    X3 = np.random.multivariate_normal(mu3, np.diag(var3), num3)
    # 合并在一起
    X = np.vstack((X1, X2, X3))
    # 显示数据
    plt.figure(figsize=(10, 8))
    plt.axis([-10, 15, -5, 15])
    plt.scatter(X1[:, 0], X1[:, 1], s=5)
    plt.scatter(X2[:, 0], X2[:, 1], s=5)
    plt.scatter(X3[:, 0], X3[:, 1], s=5)
    plt.show()
    return X

if __name__ == '__main__':
    # 生成数据
    true_Mu = [[0.5, 0.5], [5.5, 2.5], [1, 7]]
    true_Var = [[1, 3], [2, 2], [6, 2]]
    X = generate_X(true_Mu, true_Var)

    gmm = GMM(n_clusters=3)
    gmm.fit(X)
    cat = gmm.predict(X)
    print(cat)
    # 初始化
    K = 3

    # visualize:
    color = ['red', 'blue', 'green', 'cyan', 'magenta']
    labels = [f'Cluster{k:02d}' for k in range(K)]

    cluster = [[] for i in range(K)]  # 用于分类所有数据点
    for i in range(len(X)):
        if cat[i] == 0:
            cluster[0].append(X[i])
        elif cat[i] == 1:
            cluster[1].append(X[i])
        elif cat[i] == 2:
            cluster[2].append(X[i])

    clusters1 = np.asarray(cluster[0])
    clusters2 = np.asarray(cluster[1])
    clusters3 = np.asarray(cluster[2])
    plt.figure(figsize=(10, 8))
    plt.axis([-10, 15, -5, 15])
    plt.title(u"scatter after gmm")
    plt.scatter(clusters1[:, 0], clusters1[:, 1], c="r")
    plt.scatter(clusters2[:, 0], clusters2[:, 1], c="b")
    plt.scatter(clusters3[:, 0], clusters3[:, 1], c="y")
    plt.show()

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