在3D Slicer中使用 Monai Bundle 和 Model Zoo 标注医学影像数据-CT肺结节检测
导读
本系列涵盖从 3D Slicer 医学图像查看器的基础使用到高级自动分割扩展程序的内容(从入门到高阶!),具体包括软件安装、基础使用教程,自动分割扩展(totalsegmentator, monai label)快速标注数据。
在本系列第三部分中,我们在工作站上安装了 MONAILabel 服务端和 MONAILabel 3D Slicer 客户端。在第四部分内容中,我们从一个简单的腹部CT脾脏分割案例开始,介绍了monai label使用的一些基础用法。在第五部分中,使用radiology app进行全脊柱的分割,并且详细介绍了radiology app所有用法。在第六部分中首次使用monai bundle 和model zoo里面的分割模型在MRI图像上分割全脑133个结构。
本节重点:在这一节中,我们不再进行分割,而是使用monai bundle做检测任务。识别CT胸部图像中可能存在结节的位置,并计算结节的概率。
该系列之前的内容如下:
part1: 3D Slicer-最强大的开源医学图像分割工具简要概述
part2: 快准狠!在3D Slicer中,使用Total Segmentator可在1分钟内分割全身117个器官(学会在3D Slicer中安装插件)
part3: 在3D slicer中使用MONAI Label 辅助提升标注速度-安装教程(安装MONAI Label服务端和客户端)
part4: MONAI Label in 3D Slicer 案例1: 在腹部CT中 自动分割脾脏(第一个monai label使用案例,含最详细的使用教程)
part5: