本文探讨如何从IDAT文件中提取Detect P value，该值用于评估DNA甲基化芯片上CpG位点的可信度。通过比较CpG位点与Control Probe的Intensity，确定测序质量。讲解了Type-II和Type-I芯片的不同计算方式，并强调了在数据分析前检查Detect P value的重要性。
继续研究IDAT文件的读取问题，目前遇到的问题的是如何提取detectP value. Detect P value是测序过后，每一个芯片上的数据的可信度，也就是说，芯片上有那么多CpG，有时候可能会因为人为的失误，导致有些数据出现错误，在那种时候，我们就需要先评测一下每一个CpG的可信度有多高，如果可信度太低，也就是说，这个位点很有可能出错了，我们就把这个位点直接删除，以免它影响了我们的分析。
具体来说，应该如何判断一个CpG是不是“测序质量差”呢？在illumina的DNA Methylation芯片中，有一系列的Control Probe，就是说对照位点，那些对照位点的作用就是让你用它们来比较，测出来的CpG位点是不是正确的。
比如说，以450K的Annotation为例，在Annotation中，包含了850个Probe，这些Probe的作用各异，不过主要的作用，就是让人们与之做出比较。
比如上边的截图，第一列是各种不同功能的对照，有的是用来看Extension的，有的是用来看Bisulfile Conversion的，很多我也不知道是做什么的，太复杂了&#x
最低0.47元/天 解锁文章
251
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
