生物信息学
文章平均质量分 58
biolxy
知识改变命运,编程改变世界!我的邮箱:
biolxy@aliyun.com, 有事请邮箱联系。我的github博客:https://biolxy.github.io 欢迎访问!
展开
-
生信 求旁系同源基因
perl inparanoid.pl Gma.pro Am.pro计算俩物种见的旁系同源基因原创 2016-07-04 09:01:06 · 1271 阅读 · 0 评论 -
inparanoid
/data/public/hanyapeng/Gm/Gma.collinear.groups #大豆中所有旁系同源基因/data/public/wanglei/inparanoid4.0/Soybeanparalog2.txt #大豆中所有旁系同源基因原创 2016-09-13 15:27:08 · 1240 阅读 · 0 评论 -
gflod求基因表达值 FPKM
http://www.cnblogs.com/emanlee/p/4316581.html先maker下来再说,回头看reads mapping 到基因组之后,会生成好多文件,其中包括bam格式的,如下一步我们需要知道我们测的转录组中基因的表达情况samtool view accepted_hits.bam可以在view后面加一个 -h 表示不要header然后用原创 2016-07-29 13:24:37 · 2170 阅读 · 1 评论 -
贝叶斯画树
mpirun -np 8 ./mbhttp://www.chenlianfu.com/?p=1364转载 2016-12-20 09:09:40 · 1541 阅读 · 0 评论 -
BLAST+使用方法
转载自http://www.yelinsky.com/blog/BLAST+与BLAST相比,有很多改进和提高,NCBI强烈推荐放弃BLAST,使用BLAST+, 这里说的BLAST和BLAST+,都是本地的,与之前的那个批量BLAST小程序不是一回事。BLAST下载地址:NCBI BLAST+ 。BLAST+的一般用法如下:格式化数据库makeblastd转载 2017-03-28 13:42:19 · 11799 阅读 · 0 评论 -
分子进化之一,序列的获得
序列的获得方式:a,别人文章中列出的基因ID b,由PF号隐马搜索,PF号可在网站下载http://pfam.xfam.org/隐马搜索,的命令如下nohup hmmserch --domtblout outputfile -E 1e-10 *.hmm *.prooutputfile 是输出文件-E 1e-10 是参数*.hmm 是你所使用的PF文件*.pro原创 2016-07-05 20:37:44 · 572 阅读 · 0 评论 -
R语言拓展包的三种安装方法
1options(CRAN="http://cran.r-project.org");install.packages("ggplots");2install.packages("C:\\ggplot2.zip",contriburl=NULL)3 source("http://bioconductor.org/biocLite.R")biocLite("limma")原创 2017-02-13 09:06:59 · 21497 阅读 · 0 评论 -
Mapchart 绘制基因在染色体上的分布图
编辑一个txt文本文件,如实如下group Chr01start 0Glyma.01G014700 1.427800c 47.200000Glyma.01G219800 54.913356end 56.831624group Chr02start 0Glyma.02G144300 14.884017c 38.100000end 48.577505保存为.txt文件,然原创 2018-07-12 10:35:12 · 16412 阅读 · 0 评论 -
在Linux(CentOS/Ununtu)中安装Circos
源码安装在 Linux中安装,首先要去网站下载源码包,按照说明进行如下操作:wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgztar xvfz circos-0.69-6.tgzcd circos-0.69-6.tgz然后还要安装下面这些Perl模块,以Config::General为例,安装方法是:sudo perl ...原创 2016-08-23 12:56:15 · 2851 阅读 · 1 评论 -
(有参考基因组)植物转录组分析之一数据处理
1,拿到测序结果,(批量)解压得到Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastSample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R2.fastq注:该文件是双向测序所得的结果,所以有1,2之分2,(有参考基因组)清理reads nohup perl /home/Software/NGSQCToolki原创 2016-07-03 20:30:52 · 7506 阅读 · 0 评论 -
blast 建库
makeblastdb -in Os.fa -dbtype prot -title Os_protein -parse_seqids -out Os_pro_dbOs.fa原创 2016-07-12 21:26:59 · 4846 阅读 · 0 评论 -
cutadapt
http://www.linuxidc.com/Linux/2016-07/133265.htm转载 2016-07-26 11:24:44 · 1359 阅读 · 0 评论 -
用tophat 将clear reads mapping 到植物基因组上
nohup /home/lixiangyong/software/tophat/tophat -p 16 -G /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -o tophat_output /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_genome \*_1/R_R1.fastq_filtered_trimmed \*_2/R_R2.fas转载 2016-07-07 11:47:08 · 1036 阅读 · 0 评论 -
生信 批量替换文件夹 内 某一字符
sed -i "s/zhangsan/lisi/g" `grep zhangsan -rl modules` #批量替换,讲文件夹modules中所有文件执行sed -i 注意: grep两端 的不是引号,而是Esc下面的那个点转载 2016-07-04 17:11:34 · 456 阅读 · 0 评论 -
生信 Fastq 文件讲解
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT+HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1!''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC6 第一行以@开头,原创 2016-07-04 20:33:30 · 10984 阅读 · 0 评论 -
转录组分析之 Trimming对reads进行处理
nohup perl /home/lixiangyong/software/NGSQCToolkit_v2.3.3/Trimming/TrimmingReads.pl -i Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastq_filtered -q 30 -n 50 -o Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastq_filtered_原创 2016-07-06 00:03:17 · 1864 阅读 · 0 评论 -
如何去除测序数据中的接头和低质量的reads? 软件fastx
http://blog.sciencenet.cn/blog-1509670-914439.html转载 2016-07-06 14:25:46 · 9605 阅读 · 0 评论 -
如何绘制motif结构图
基因结构图原创 2016-07-08 17:42:05 · 15848 阅读 · 0 评论 -
PyClone 安装,报错(Invalid DISPLAY variabl)及解决
1、 PyClone 安装,报错及解决1.1、 安装1.2、 报错:1.3、 解决:1、 PyClone 安装,报错及解决1.1、 安装conda install PyClone命令如下:PyClone run_analysis_pipeline --in_files SRR385938.tsv SRR385939.tsv SRR385940.tsv SRR38...原创 2018-10-10 16:53:32 · 1498 阅读 · 1 评论