在Linux(CentOS/Ununtu)中安装Circos

本文介绍了在Linux(CentOS和Ubuntu)系统中安装Circos的方法,包括源码安装步骤和使用cpanm安装Perl模块以解决依赖问题。对于没有服务器权限的情况,给出了修改安装路径的建议,并提到了conda安装方式,特别指出conda安装需匹配Perl版本5.26.2。此外,解决GD模块安装失败的问题可能需要安装libgd库。
摘要由CSDN通过智能技术生成

源码安装

在 Linux中安装,首先要去网站下载源码包,按照说明进行如下操作:

wget http://circos.ca/distribution/circos-0.69-6.tgz
tar xvfz circos-0.69-6.tgz
cd circos-0.69-6.tgz

然后还要安装下面这些Perl模块,以Config::General为例,安装方法是:

sudo perl -MCPAN -e shell
cpan> install Config::General
Carp
Config::General
Cwd
Data::Dumper
Digest::MD5
File::Basename
File::Spec::Functions
File::Temp
FindBin
Font::TTF::Font
GD
GD::Image
GD::Polyline
Getopt::Long
IO::File
List::MoreUtils
List::Util
Math::Bezier
Math::BigFloat
Math::Round
Math::VecStat
Memoize
Params::Validate
Pod::Usage
POSIX
Readonly
Regexp::Common
Set::IntSpan
Storable
Sys::Hostname
Text::Format
Time::HiRes

安装这些模块过程中,


                
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