（有参考基因组）植物转录组分析之一数据处理

最新推荐文章于 2024-08-13 11:38:14 发布

biolxy

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分类专栏：生物信息学文章标签：生物信息转录组 linux

本文链接：https://blog.csdn.net/lixiangyong123/article/details/51816747

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本文介绍了植物转录组分析的数据处理流程，从获取fastq.gz格式的测序结果开始，通过FastQC进行测序质量评估，然后针对评估中发现的问题进行reads清理，包括去除含有N碱基、低质量碱基和接头序列的reads。使用FastX工具处理接头序列，并对reads进行trimming，确保后续分析的可靠性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1，拿到测序结果，是fastq.gz格式的压缩文件，（批量）解压得到（可以不用解压）

Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastq   Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R2.fastq

注：该文件是双向测序所得的结果，所以有1,2之分

2，拿到原始文件后我们需要对测序质量进行一个评估，使用软件为FastQC

nohup perl /home/lixiangyong/software/FastQC/fastqc -o qc --noextract -f fastq  Sample_1R_20160612_GTCCGC_L001_R1.fastq Sample_1R_20160612_GTCCGC_L001_R2.fastq

-o 选择一个输出的文件夹（我选的是qc，注意，该程序不会自己创建文件夹）

--noextract 输出的结果是.zip文件，默认自动解压缩，命令里加上--noextract则不解压缩

简便点可以这样(fastqc 可以处理gz压缩文件)