1,拿到测序结果,是fastq.gz格式的压缩文件,(批量)解压得到 (可以不用解压)
Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R1.fastq Sample_1R_20160524_GTCCGC_L001_R2.fastq
注:该文件是双向测序所得的结果,所以有1,2之分
2,拿到原始文件后我们需要对测序质量进行一个评估 ,使用软件为FastQC
nohup perl /home/lixiangyong/software/FastQC/fastqc -o qc --noextract -f fastq Sample_1R_20160612_GTCCGC_L001_R1.fastq Sample_1R_20160612_GTCCGC_L001_R2.fastq
-o 选择一个输出的文件夹(我选的是qc,注意,该程序不会自己创建文件夹)
--noextract 输出的结果是.zip文件,默认自动解压缩,命令里加上--noextract则不解压缩
简便点可以这样(fastqc 可以处理gz压缩文件)
fadtqc *.R1.fastq.gz *R2.fastq.gz
检测