MRI数据处理:如何打开.nii文件及其他

在matlab中:

addpath('/usr/local/matlab.etc/');

load_nii('文件名');

save_nii(nii,'文件名');

ex: SROInii.hdr=data.hdr;
      SROInii.img=SROI;
      save_nii(SROInii,'SROI.nii');


其他经常用于读取MRI数据的软件:fsl和afni(常用于DTI); workbench(用来显示3D图像)


fsl中可以用于提取brain task mapping的方法GLM(General linear model)

.nii.gz文件是一种常用的磁共振成像(MRI)数据存储格式,它包含了三维的医疗影像数据。如果需要将这个文件水平地分割成两半(比如沿某一特定层面),通常会涉及到图像处理软件的操作。以下是一个简化的过程: 1. **了解工具**: 使用专门用于医学图像处理的库,如FSL (FMRIB Software Library)、ITK (Insight Toolkit) 或者Python的nibabel和numpy等。 2. **读取数据**: 使用nibabel库加载.nii.gz文件,这将返回一个nifti格式的数据结构,你可以获取到图像的维度和矩阵数据。 ```python import nibabel as nib img = nib.load('your_file.nii.gz') data = img.get_fdata() affine = img.affine ``` 3. **选择切面**: 确定你要沿哪个层面进行分割。在MRI数据中,层面通常是通过z轴索引表示的。例如,如果你想要在第50个层面,可以创建一个切片位置。 4. **分割操作**: 利用numpy的切片功能,提取左半部分(前半个矩阵)或右半部分(后半个矩阵)。假设你是从左到右切割,可以这样做: ```python half_thickness = data.shape[2] // 2 left_half = data[:, :, :half_thickness] right_half = data[:, :, half_thickness:] ``` 5. **保存结果**: 创建新的nifti对象并保存分割后的两个部分: ```python slice_dim = img.header.get_data_shape()[2] # 获取原数据的维度 left_half_img = nib.Nifti1Image(left_half, affine, header=img.header) right_half_img = nib.Nifti1Image(right_half, affine, header=img.header) left_half_path = 'left_half.nii.gz' right_half_path = 'right_half.nii.gz' nib.save(left_half_img, left_half_path) nib.save(right_half_img, right_half_path) ```
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