1、对数据进行整理。将Cq值按照下列格式,在excel中整理好,并将其另存为Cq.csv。
注:NA,表示没有Cq值。
2、计算基因的Cq的平均值及SD
setwd("D:/R/data") ##设定数据所在的路径。
Gene.cq <- read.csv("Cq.csv") ##读取数据到内存。
library(plyr) ##调用程序
Gene.mcq <- ddply(Gene.cq ,c("Target","Sample"),summarise,Wm=mean(Cq),sd=sd(Cq),n=length(Cq))
Gene.mcq
得到这样的结果后,我一般是用excel来计算deltaCq。