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RSS订阅原创 一般处理程序的请求过程详解
一般处理程序(HttpHandler)： 是一个实现System.Web.IHttpHandler特殊接口的类。任何一个实现了IHttpHandler接口的类都能作为一个外部请求的目标程序。它由支持支持ASP.NET的服务器软件调用和启动运行。一个HttpHandler程序负责处理它所对应的一个或一组URL地址的访问请求，并接收客户端发出的访问请求信息和产生响应内容。咱可以通过创建一个我们自己的H
2013-02-21 09:09:44
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原创 MD5加密
一：字符串加密：public static String GetMD5(string input) { System.Security.Cryptography.MD5CryptoServiceProvider x=newSystem.Security.Cryptography.MD5CryptoServiceProvider();
2013-02-19 14:09:50
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原创 用ffmpeg进行视频转码
//创建并启动一个新进程 Process p = new Process(); //设置进程启动信息属性StartInfo，这是ProcessStartInfo类，包括了一些属性和方法： p.StartInfo.FileName =AppDomain.CurrentDomain.BaseDirectory+"/ffmpe
2013-02-19 13:54:04
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原创 ASP.NET中的配置文件
ASP.NET中有多个配置文件，如web.config和machine.config 。这里主要介绍一下web.config文件，在网站的主目录和任意的根目录中都可以添加web.config文件，此文件采取的是就近覆盖的原则。其中最全的web.config文件保存在C:\Windows\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727\CONFIG目录下面。
2013-02-19 13:13:54
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原创 注册邮箱激活
MailMessage mailMessage = new MailMessage(); mailMessage.From = new MailAddress("rog@163.com", "网易邮箱"); mailMessage.To.Add(txtEmail.Text.Trim()); mailMessa
2013-02-08 09:28:29
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转载 如何解决SqlServer2008修改表结构后无法保存的问题
装了SqlServer2008很久了，今天是第一次使用，结果在修改一张表的结构保存时，提示“您对无法重新创建的标进行了更改或者启用了“阻止保存要求重新创建表的更改”选项。”，试了几次一直是这个错误，删除表后重建，然后还是发生了这个错误。于是寻求谷歌的帮助，发现已经有很多人碰到过这个问题了（毕竟已经2010年了嘛）。 原来是当用户在在SQL Server 2008企业管理器中更改表结构时，必须
2013-02-01 09:23:21
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转载 rpm安装总结
在RedHat Linux和Mandrake等兼容RedHat的发行版中，整个发行版都是利用RPM安装的。所以安装新软件的最好方法是从网络上下载rpm包。1）用RPM安装软件包，最简单的命令如下：# rpm -ivh foo-1.0-l.i386.rpm （这里讲的软件包是foo-1.0-l.i386.rpm，以下都是）foo####################
2013-01-09 13:37:29
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原创 构建磷脂双份子层(二）
前面的内容由于空间不够了，呵呵，现在只能再换一页，接着上面的写：5：建立系统的成分：这个过程与只有膜结构的系统成分的建立过程类似。因为这个过程中我们产生了孔洞水，页面会提示你优化孔洞水分子，对于那些没有在孔洞中的水分子要删除（用蛋白软件将产生的PDB文件打开，观察体系中是否与暴露在孔洞外面的水分子，如果存在的话将那些水分子移除。6： 先建立磷脂双分子层，然后产生离子和水分子
2013-01-09 11:00:07
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原创 构建磷脂双分子层（一）
今天心情糟透了，找了很长时间关于建磷脂双分子层的资料。愣是么没到几篇，最后没办发了，研究院的网速慢的跟牛车似的。TNND，受不了了，自己找英文资料看吧。 Charmm-GUI 提供了构建膜的相对简单的方法：下面我将看的英文手册自己总结一下： Charmm-GUI中提供了一个Membrane Builder模块，用于构建膜双层结构.在构建膜蛋白的过程中与许多的方法，Charm
2013-01-08 16:24:42
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转载 膜蛋白的MD模拟
蛋白大体上分为三种类型, 组蛋白,球蛋白和膜蛋白组蛋白体积巨大但具有周期性,功能简单,以支撑保护为主. 做机理研究的意义相对不大.球蛋白可溶于水, 有一个亲水的外表面和输水内核,体积较大, 功能复杂,比如酶, 抗体等,做药物设计的好像都跟这个亲热.膜蛋白, 肯定和膜有关,或吸附在膜表面, 或嵌入膜中,或贯穿膜的两侧. 其中最后这种可以形成跨膜通道,用以传
2013-01-08 12:01:44
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原创 Amber 中Lipid11 PDB文件的格式
LIPID11中每个磷脂分子由3个残基组成。当在LEAP程序中加在磷脂的PDB文件时，LEAP程序就可以将分子的头部和尾部连接在一起。为了使LEAP能够正确的识别磷脂分子，PDB中残基的定义方式应当按照下面的定义方法： PDB中的每一个磷脂分子的定义：
2013-01-08 10:08:26
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原创 Redhat 5.6中 Amber12的安装
今天下午弄了将近5个小时，终于把AMBER12给装上了. 一开始用GNU编译了好几次，总是出现错误，原因可能是ifortran的错误，但始终没有解决，最终不得不选择用intel编译的方法。 最终总算把问题解决了。 现将安装的过程总结如下：1. 安装intel编译器（intel官网下载）。我装的版本是l_ccompxe_intel64_2011.9.293，l_fcompxe
2013-01-06 19:59:14
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转载 pymol 知道多少？pymol技巧汇总
基本命令（也可使用鼠标操作，但不如命令来得简单）pwd # show current directorydir # list file in the current directorycd directory #change directory load xxx #注意要打上扩展名，例如1LMK.pdb，否则会e
2013-01-06 14:36:35
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转载 分子力场简介 来自wiki百科
分子力场根据量子力学的波恩-奥本海默近似，一个分子的能量可以近似看作构成分子的各个原子的空间坐标的函数，简单地讲就是分子的能量随分子构型的变化而变化，而描述这种分子能量和分子结构之间关系的就是分子力场函数。分子力场函数为来自实验结果的经验公式，可以讲对分子能量的模拟比较粗糙，但是相比于精确的量子力学从头计算方法，分子力场方法的计算量要小数十倍，而且在适当的范围内，分子力场方法的计算精度与量子化学计
2013-01-06 14:24:51
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转载 PDB文件详解
PDB格式文件对大部分做模拟和计算的人来说都很熟悉，但其中各个参数的意义很多人并不是很了解。从网上搜集了一些文章，结合自己的知识来对PDB文件中各个参数的意义做个解释：REMARK 该记录用来记述结构优化的方法和相关统计数据。如用Refmac进行结构优化,该记录将自动插入输出的PDB。CRYST1 (NMR除外)该记录用来记述晶胞结构参数 (a, b, c, α, β, γ, 空间
2013-01-06 14:22:33
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转载 Schrodinger 功能模块简介
Schrödinger（薛定谔）是药物发现的完整软件包，包括：基于受体和配体结构的诱导契合和柔性对接模式；基于受体结构及配体极性的对接模式；基于受体结构及溶液环境性质的对接模式；组合化学库设计及基于组合库的对接模式；基于配体结构的药物设计，药效团和3D-QSAR；生物分子结构模拟，蛋白、糖、核酸、小肽等；基于靶点的药物设计；ADME性质预测。Schrodinger是药物发现的完整解决方案：
2013-01-06 14:10:11
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转载 SSH and SCP
ssh scp 用法对于没有开通FTP服务器的机器，scp结合ssh对于我们远程工作非常方便。ssh远程登录：ssh root@192.168.1.101如果想支持图形界面，命令则为： ssh -X root@192.168.1.101 输入用户名密码后，再新开一个shell脚本用于查看远程机器的目录以及文件然后scp拷贝文件：scp root@192.168
2013-01-06 14:08:07
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转载 结合自由能的计算
一：自由能计算简介 基于结构的药物设计方法有多种多样，包括分子对接、数据库搜索以及从头设计等等，但是它们最终往往都面临一个同样的问题就是药物分子活性的评价。许多药物和其它生物分子的活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的，所以受体和配体之间结合自由能(binding afinity)评价是基于结构的计算机辅助药物分子设计的核心问题。精确的自由能预测方法能够大大提高药物设计的效率。在过
2013-01-06 13:50:07
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转载 PDB FORMAT FAQ
FROM www.pdb.orgSEQUENCE, COORDINATE, AND SEQUENCE DATABASE ISSUESQ: What sequence is reported in PDB SEQRES records?A: All residues in the crystal or in solution, including residues not pr
2013-01-06 10:50:43
1686
转载 Homology modeling zz
From Wikipedia, the free encyclopediaJump to: navigation,searchHomology modeling, also known ascomparative modeling of protein refers to constructing an atomic-resolution model of the "tar
2013-01-06 10:47:52
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转载 monomer, dimer or tetramer?
Dimer and tetramer are often found in crystal structures and this sometimes confuses many people owing to the crystal symmetry in which the smallest subunit of a protein displays.Different struc
2013-01-06 10:43:16
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转载 homology modelling of GPCR with modeller
Recent work on GPCR homology modelling found that the modelling of GPCR is different from these cytoplasm protein owing to the low sequence identity with its homology patenters.Model building by
2013-01-06 10:39:51
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转载 Membrane Protein Simulation with Desmond
Desmond supports algorithms typically used to perform fast and accurate molecular dynamics. Long-range electrostatic energy and forces can be calculated using particle-mesh-based Ewald techniques.Cons
2013-01-06 10:27:18
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转载 compile gromacs GPU version from source code
1. download source code:git clone git://git.gromacs.org/gromacs.git2. install openMM and CUDA library into /soft/gromacs-gpu/openmm (download from https://simtk.org/project/xml/downloads.x
2013-01-06 10:19:36
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转载 Dedicated stategies for GPCR MD simulation
As the most important membrane protein, GPCR MD simulation is a quite hot topic nowadays. However, how to assemble protein/membrane system and which forcefield to assign for the whole system are two
2013-01-06 10:15:21
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转载 Error while loading shared libraries: libimsl.so: cannot open shared object file
此问题纠结近30个小时后终于得到解决，期间用过很多方法，一一列举如下： 1：搜索资源得到这个http://ait.web.psi.ch/services/linux/hpc/hpc_user_cookbook/libraries/imsl/ Problem:./lin_sol_svd_ex2./lin_sol_svd_ex2: error while loading sha
2012-12-31 11:10:27
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原创 利用CHARMM-GUI来建立膜双层结构的具体步骤
建膜的简单步骤如下： step1：读入蛋白的坐标 蛋白的坐标文件既可以从蛋白库中直接下载，也可以从本地读入。OPM选项可以从网站中下载已经对蛋白相对于膜结构重定向的坐标文件。当你在本地已经对蛋白进行了重定向的时候也可以使用本地的蛋白坐标文件。 step2：确定蛋白的方位 如果蛋白是从PDB库中直接读入的，需要对蛋白相对于膜结构进行位
2012-12-27 16:53:03
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转载 Amber12发布了
著名的分子动力学模拟软件Amber最近发布了新版本Amber12。同时，AmberTools也发布了新版AmberTools12。新版本的主要改进有：*Force fields:Amber has a new fixed-charge protein force field, ff12SB, enchanced support for polarizable poten
2012-12-26 09:50:44
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转载 主元分析（PCA）原理
因为经常做一些图像和信号处理的工作，要用到主元分析（Principal Components Analysis）作为工具。写出来供自己和朋友参考。 PCA是一种统计技术，经常应用于人面部识别和图像压缩以及信号去噪等领域，是在高维数据中提取模式的一种常用技术。要了解PCA首先要了解一些相关的数学知识，这里主要介绍协方差矩阵、特征值与特征矢量的概念。1、 协方差矩阵 协方差总
2012-12-03 13:34:43
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转载 Matlab做PCA分析(需要matlab2010b )
PCA简单的说，它是一种通用的降维工具。在我们处理高维数据的时候，了能降低后续计算的复杂度，在“预处理”阶段通常要先对原始数据进行降维，而PCA就是干这个事的本质上讲，PCA就是将高维的数据通过线性变换投影到低维空间上去，但这个投影可不是随便投投，遵循一个指导思想，那就是：找出最能够代表原始数据的投影方法。这里怎么理解这个思想呢？“最表原始数据”希望降维后的数据不能失真，也就是说，
2012-12-03 13:26:31
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转载 SQL Server 2005 Express远程连接设置
最近这段时间在尝试用Inventory建立化合物的库存管理系统，由于Inventory使用的是SQL Server 2005 Express，在使用过程中需要用到SQL Server 2005 Express的远程连接功能，而安装时默认远程连接功能是没有打开的。在网上东拼西凑找了不少资料，终于成功的将SQL Server 2005 Express的远程连接功能打开了。以下是SQL Server 2
2012-11-27 17:51:00
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转载 量子化学中常用的基组
基组是分子中分子轨道的数学描述，可解释为把电子限制到特定的空间区域里。从头算方法中的基函数，应具备如下条件：(1) 它是一个完备集合，可由它们线性组合得到任意的分子轨道；(2) 与被描述的分子或原子体系有正确的近似关系，这样可用较少的基函数来较精确地描述分子轨道；(3) 由这组基函数系定义的分子积分，特别是多中心电子积分容易计算，随后进行的自洽迭代收敛比较快。 量子化学中的基组是在量子
2012-11-27 17:48:59
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转载 药物分子设计简介
传统药物设计从总体上来讲，缺乏成熟完善的发现途径，具有很大的盲目性，一般平均要筛选10000种化合物以上才能得到一种新药，因此开发效率很低，很难迅速得到合适的新药来治疗越来越多的疑难杂症。 随着计算机技术及计算化学、分子生物学和药物化学的发展，药物设计进入了理性阶段，其中药物分子设计是目前新药发现的主要方向。它是依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果，针对这些基础研究中
2012-11-27 17:43:02
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原创 利用利用MMPBSA计算多聚体的结合自由能
最近这几天一直在进行自由能的计算，期间遇到了各种错误，整了一周的时间，这周二终于在无意中找到了解决问题的方法。 因为MMPBSA一般是用已经跑出来的轨迹进行自由能的计算，因此在计算过程中一定要注意对输入文件的处理，否则输入文件的一个小小的差错就有可能导致运行过程中出现各种错误，我计算的过程中基本上遇到了各种错误。现在列举如下，希望看到这篇文章的人在处理多聚体的时候能够少走一些
2012-11-07 09:51:06
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转载 Amber中利用nmode模块进行熵计算
最近在对一个系统进行MD计算模拟，在对生成的轨道做能量分析时，突然遇到点问题，也就是对系统熵的计算。主要原因也就是自己系统太大，没法进行熵计算。因此，就需要将系统中关键部位的残基拿出来构建一个小系统。我看目前许多发表的文章也是按照这个思路在做。如何定义关键部位呢，通常选取小分子周围8-12A范围的残基作为关键残基，并与小分子一起拿出来共同构建一个小系统。 我具体的做法如下：
2012-11-06 10:55:43
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转载 一个女生写的，现实
某女生编的C语言Dear all: result love(boy, girl) {- if ( boy.有房() and boy.有车() ) {- boy.set(nothing); return girl.嫁给(boy); } if ( girl.愿意等() ) {- while( ! (boy.赚钱 ＞
2012-10-31 19:23:33
800
转载 分子自由度(转载)
分子自由度 （1）单原子分子：如氦He、氖Ne、氩Ar等分子只有一个原子，可看成自由质点，所以有3个平动自由度 i = t = 3。（图1）。 （2）刚性双原子分子如氢 、氧、氮、一氧化碳CO等分子，两个原子间联线距离保持不变。就像两个质点之间由一根质量不计的刚性细杆相连着（如同哑铃）（图2），确定其质心O’的空间位置，需3个独立坐标（x，y，z）；确定质点联线的空间方
2012-10-31 19:18:25
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转载 30岁前成功的12条黄金法则
第一章：一个目标一艘没有航行目标的船，任何方向的风都是逆风1、你为什么是穷人，第一点就是你没有立下成为富人的目标2、你的人生核心目标是什么？杰出人士与平庸之辈的根本差别并不是天赋、机遇，而在于有无目标。3、起跑领先一步，人生领先一大步：成功从选定目标开始4、贾金斯式的人永远不会成功为什么大多数人没有成功？真正能完成自己计划的人只有5%，大多数人不是将自己的目标舍弃，就是
2012-10-31 19:14:08
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转载 SCI投稿信件的一些套话【已整理】
一、投稿信1. Dear Dr. Defendi ML:I am sending a manuscript entitled “” by – which I should like to submit for possible publication in the journal of - .Yours sincerely2. Dear Dr. A:Enclosed is
2012-10-31 19:06:40
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转载 结合自由能的计算
一：自由能计算简介 基于结构的药物设计方法有多种多样，包括分子对接、数据库搜索以及从头设计等等，但是它们最终往往都面临一个同样的问题就是药物分子活性的评价。许多药物和其它生物分子的活性都是通过与受体大分子之间的相互作用表现出来的，所以受体和配体之间结合自由能(binding afinity)评价是基于结构的计算机辅助药物分子设计的核心问题。精确的自由能预测方法能够大大提高药物设计的效率。在过
2012-10-31 18:57:35
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