无根树转换成为有根树

/*
以前和大家说的都是二叉树,有一种更广义的,就是树,树可以有不仅仅两个子树,
其实树和图没有多少差别,树都可以用图的表示方法来表示,就比如邻接矩阵和邻接表来表示树,都是可以的,
今天给大家介绍一个两种数据结构之间的转换技巧,就是无根树和有根树之间的转换。


无根树,顾名思义,就是一棵没有树根的树,在我这个例子中间,无根树是用邻接表来表示的,但是这棵树没有连通,也就是没有环,
所以就可以根据指定的一个顶点来建立一棵树木,这个例子里边,树木是用父亲数组的形式来表示的。


下边介绍代码:
*/
#include<iostream>
#include<algorithm>
#include<cstdio>
#include<cstdlib>
#include<cstring>
#include<vector>
using namespace std;
//树的最大节点数
const int maxn = 1000;
//邻接表
vector<int> G[maxn];
bool vis[maxn];
//父亲数组
int p[maxn];
//节点数目
int n;
//建立图
void create_tree()
{
    int i,j,u,v;
    scanf("%d",&n);
    for(i=0;i<n-1;i++)
    {
        scanf("%d %d",&u,&v);
        G[u].push_back(v);
        G[v].push_back(u);
    }
}
//先序遍历展示树
void show_tree(int root)
{
    cout<<root;
    for(int i=0;i<n;i++)
    {
if(p[i]==root)
show_tree(i);
    }
}
//dfs展示图
void show_graph(int root)
{
    int len = G[root].size();
    cout<<root;
    vis[root] = 1;
    for(int i=0;i<len;i++)
    {
        if(!vis[G[root][i]])
            show_graph(G[root][i]);
    }
}
//转换无根树成为有根树
void dfs(int root,int parent)
{
    int i,len = G[root].size();
    for(i=0;i<len;i++)
    {
int t = G[root][i];
        if(t!=parent)
        {
            p[t] = root;
            dfs(t,root);
        }
    }
}
//转换有根树成为无根树
void tograph(int root)
{
    int i;
    for(i=0;i<n;i++)
    {
        if(root==p[i])
        {
            G[root].push_back(i);
            G[i].push_back(root);
            tograph(i);
        }
    }
}
int main()
{
    int i;
    freopen("in.txt","r",stdin);
    memset(vis,0,sizeof(vis));
    memset(p,0,sizeof(p));
    p[1] = -1;
    create_tree();
    show_graph(0);
    dfs(1,-1);
putchar('\n');
    show_tree(1);
    for(i=0;i<n;i++)
    {
        G[i].resize(0);
    }
    putchar('\n');
    tograph(1);
    memset(vis,0,sizeof(vis));
    show_graph(0);
    return 0;
}
/*测试数据:
8
0 1 0 2 0 3 1 4 1 5 5 6 5 7*/
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要将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支作为外群定根,可以使用以下代码: ```R library(ape) # 定义一个函数来将基因树转化为有根树 root_gene_tree <- function(gene_tree, outgroup_branch) { # 将进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root(gene_tree, outgroup = outgroup_branch) return(rooted_gene_tree) } # 定义一个函数来批量转化基因树为有根树 batch_root_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) { # 读取物种树 species_tree <- read.tree(species_tree_file) # 创建输出文件夹(如果不存在) dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE) # 获取基因树文件列表 gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) # 将基因树转化为有根树,并以进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root_gene_tree(gene_tree, "DCYL") # 构建新的文件路径 output_file <- file.path(output_folder, paste0("rooted_", basename(gene_tree_file))) # 将有根树写入新的文件 write.tree(rooted_gene_tree, file = output_file) } } # 设置基因树文件夹路径、物种树文件路径和输出文件夹路径 gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees" # 替换为您的基因树文件夹路径 species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile" # 替换为您的物种树文件路径 output_folder <- "/path/to/output_folder" # 替换为您希望输出的新文件夹路径 # 执行批量转化为有根树并保存到新目录下 batch_root_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) ``` 在以上代码中,`root_gene_tree`函数使用`root`函数将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支`DCYL`作为外群进行定根。`batch_root_gene_trees`函数遍历基因树文件夹中的每个基因树文件,读取基因树并调用`root_gene_tree`函数进行转换。然后,将有根树保存到一个新的文件中,该文件名以"rooted_"前缀加上原始基因树文件名。 请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意,输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹,代码中会尝试创建它。

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