无根树转化为有根树

离散数学中,无根树指无环连通无向图。
一棵无根树是一个二元组(v,e),其中:1.V是非空集合,称为顶点集。2.E是V中元素构成的无序二元组的集合,称为边集。
直观来说,若一个图中每条边都是无方向的,则称为无向图。无向图中的边均是顶点的无序对,无序对通常用圆括号表示。无根树它要求每个顶点之间都直接或间接相连,且图中没有环,即只有简单路径。
由于树是图的子集,这一类图具有树的特征,但不具有树状的形式,没有特定的根节点,故称为无根树。
任意选取图中某个点为根,均可将无根树转化成为有根树。

#include <iostream>
#include <vector>
#include <cstdio>

using namespace std;

vector<int> v[100];
int p[100];
void dfs(int p1, int p2)
{
    for(int i = 0; i < v[p1].size(); i++)
    {
        int h = v[p1][i];
        if(h != p2)dfs(h, p[h] = p1);
    }
}
int main()
{
    int root, n;

    cin >> root >> n;
    for(int i = 1; i < n; i++)//n个定点有n-1条边
    {
        int a, b;
        cin >> a >> b;
        v[a].push_back(b);
        v[b].push_back(a);
    }
    p[root] = -1;
    dfs(root, -1);
}
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要将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支作为外群定根,可以使用以下代码: ```R library(ape) # 定义一个函数来将基因树转化为有根树 root_gene_tree <- function(gene_tree, outgroup_branch) { # 将进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root(gene_tree, outgroup = outgroup_branch) return(rooted_gene_tree) } # 定义一个函数来批量转化基因树为有根树 batch_root_gene_trees <- function(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) { # 读取物种树 species_tree <- read.tree(species_tree_file) # 创建输出文件夹(如果不存在) dir.create(output_folder, showWarnings = FALSE) # 获取基因树文件列表 gene_tree_files <- list.files(path = gene_tree_folder, pattern = ".treefile", full.names = TRUE) for (i in seq_along(gene_tree_files)) { gene_tree_file <- gene_tree_files[i] gene_tree <- read.tree(gene_tree_file) # 将基因树转化为有根树,并以进化树中的分支DCYL作为外群定根 rooted_gene_tree <- root_gene_tree(gene_tree, "DCYL") # 构建新的文件路径 output_file <- file.path(output_folder, paste0("rooted_", basename(gene_tree_file))) # 将有根树写入新的文件 write.tree(rooted_gene_tree, file = output_file) } } # 设置基因树文件夹路径、物种树文件路径和输出文件夹路径 gene_tree_folder <- "/path/to/gene_trees" # 替换为您的基因树文件夹路径 species_tree_file <- "/path/to/species_tree.treefile" # 替换为您的物种树文件路径 output_folder <- "/path/to/output_folder" # 替换为您希望输出的新文件夹路径 # 执行批量转化为有根树并保存到新目录下 batch_root_gene_trees(gene_tree_folder, species_tree_file, output_folder) ``` 在以上代码中,`root_gene_tree`函数使用`root`函数将基因树转换为有根树,并以进化树中的分支`DCYL`作为外群进行定根。`batch_root_gene_trees`函数遍历基因树文件夹中的每个基因树文件,读取基因树并调用`root_gene_tree`函数进行转换。然后,将有根树保存到一个新的文件中,该文件名以"rooted_"前缀加上原始基因树文件名。 请将`gene_tree_folder`、`species_tree_file`和`output_folder`替换为您实际的文件夹路径。注意,输出文件夹路径应该是一个尚不存在的文件夹,代码中会尝试创建它。

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