Linux(64位)下OpenBabel 2.4.1、python2.7和Ipython实战(一)

基于OpenBabel2.4.1的Python绑定开发,我自己绑定的Python版本为Python2.7.

openbabel2.4手手册和pybel和openbabel库的使用。

下面是手册中的一个例子,练手!

import openbabel, pybel

mol = openbabel.OBMol()
a = mol.NewAtom()
a.SetAtomicNum(6)   # carbon atom
a.SetVector(0.0, 1.0, 2.0) # coordinates
b = mol.NewAtom()
mol.AddBond(1, 2, 1)   # atoms indexed from 1

pybelmol = pybel.Molecule(mol)
pybelmol.write("sdf", "outputfile.sdf")


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你可以通过以下几种方式下载和安装Open Babel软件: 1. 使用pip安装: 在Windows上打开命令提示符,然后运行以下命令: ``` pip install openbabel ``` 2. 下载最新版本并自行安装: - 首先下载最新版本的Open Babel软件包,比如openbabel-3-1-0.tar.gz。 - 解压下载的文件,并进入解压后的目录。 - 在命令提示符中运行以下命令: ``` python setup.py install ``` 3. 使用CMake构建Open Babel: - 首先下载Open Babel的源代码包,比如openbabel-2.4.1.tar.gz。 - 解压下载的文件,并进入解压后的目录。 - 创建一个build文件夹,并进入该文件夹。 - 运行CMake来配置构建过程,使用以下命令: ``` cmake -DRUN_SWIG=ON -DPYTHON_BINDINGS=ON .. ``` - 编译和安装Python绑定,使用以下命令: ``` make make test make install ``` 总之,Open Babel是一个免费开源的化学文件转换程序,用于在分子建模、计算化学和其他相关领域中进行文件格式之间的相互转换。你可以根据你的需求选择合适的方式进行安装。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [Open Babel下载安装](https://blog.csdn.net/qq_39889473/article/details/125862604)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* [CentOS 7下编译安装Open Babel2.4.1和python绑定](https://blog.csdn.net/u012325865/article/details/72229085)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]

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