扩增子
刘永鑫Adam
刘永鑫,中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播,在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文40余篇,被引9000余次。主编《微生物组实验手册》专著,由300多位同行参与,共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号,14万+同行关注,分享原创文章3千余篇,累计阅读量超3千万,打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台,免费发布您团队的成果、方法、经验、招生招聘,欢迎投稿。
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Microbiome:环境样品中绝对定量菌群丰度的新方法
文章目录环境样品中微生物群落丰度的绝对定量写在前面摘要背景结果结论背景方法P、E、F合成spikes的设计图 1 合成spike设计土壤样品的特征微生物学技术图 2 DNA提取前后添加的spikes对微生物定量的影响表 1 P、E、F合成spikes水平的影响PCR,测序及qPCRData analysis多维标度图(MDS)结果嵌合spiking可准确估算微生物的丰度合成的spikes可以测量原...原创 2020-03-16 16:15:58 · 9750 阅读 · 0 评论 -
Science Bulletin:上海植生所王二涛组发表基于绝对丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型
文章目录Science Bulletin: 基于绝对丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型背景介绍研究方法结果与讨论作者简介王二涛于楠张学斌王孝林Reference相关文章猜你喜欢写在后面Science Bulletin: 基于绝对丰度的植物根际微生物群落“扩增-选择”组装模型2020年3月7日,Science Bulletin在线发表中科院分子植物科学卓越创新中心/植物生理与生态研究...原创 2020-03-10 16:23:39 · 2425 阅读 · 0 评论 -
国内网络环境优化qiime2安装过程-QIIME 2安装慢或无法下载的解决方案
文章目录Fast install qiime2 in China regionNote:安装q2-studio猜你喜欢写在后面原文:为qiime2国内社区贡献点力量:国内网络环境优化qiime2安装过程脚本下载目录链接 https://github.com/demonlj/my-qiime2Fast install qiime2 in China regionQiime2 更新还算频繁...原创 2020-02-29 10:50:45 · 5709 阅读 · 3 评论 -
PlantCom:基于内参的宿主相关丰度定量分析揭示植物根系微生物组的微生物总量变化
文章目录基于内参的宿主相关丰度定量分析揭示植物根系微生物组的微生物总量变化摘要背景介绍图1.植物根部微生物组定量丰度分析的优势和实验步骤结果spike-in内参质粒和HA-QAP方法的原理内参质粒(spike-in)适用于定量分析微生物组谱图2. 在细菌模拟实验中HA-QAP比传统的基于相对丰度的分析更准确在人工混菌实验中检测微生物总量以评估方法的设计和合理性HA-QAP在模拟实验中检测根微生物组...原创 2020-02-23 21:18:03 · 2655 阅读 · 0 评论 -
NBT:扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)
文章目录扩增子测序的最小信息标准和测序规范摘要正文图1:为MIxS 标准的三大子标准及其相关的环境包的详细信息。扩增子最小信息标准和环境包的发展表1 MIMARKS清单的核心项目,以及类型,描述和需求状态群落主导的调查结果对已发表发表的数据的总结MIMARKS信息列表MIxS 环境包符合MIMARKS的数据示例展示主要数据库和信息资源的使用MIxS标准的维护结论和呼吁采取行动背景知识猜你喜欢写在后...原创 2020-02-12 19:35:04 · 1797 阅读 · 0 评论 -
16S扩增子分析专题研讨论会——背景介绍
整理一下我近期报告的PPT、文稿和视频,分享给大家,希望对同行有所帮助。本节课程视频共分3部分。https://v.qq.com/x/page/t3015tp7d5u.htmlPart 1. 21扩增子分析背景介绍p1-23,23minhttps://v.qq.com/x/page/j3015gkf92g.htmlPart 2. 21扩增子分析背景介绍p24-39,32minhttps...原创 2019-11-27 22:28:57 · 2026 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组
文章目录植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物群落变化日报摘要背景方法结果结论背景结果根系分泌物及根际中的碳细菌群落对植物发育和氮肥的响应表1. 根据冗余分析(RDA),不同碳库解释的细菌和真菌群落差异表2. 细菌和真菌群落与根际和根中有机酸和碳库的相关性真菌群落对植物生长发育与施N肥的响应细菌和真菌的关系表3. 根际和根样品中细菌和真菌属的相关性讨论 Discussion结论 Conclusi...原创 2019-11-19 20:23:39 · 4578 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制
文章目录40年施肥处理后固氮菌及氮固定的抑制新闻稿摘要背景结果结论背景结果长期施肥条件下氮素的固定与固氮微生物在长期施肥情况下将固氮微生物与N素的固定率连接起来讨论 Discussion结论 Conclusions方法实验设计和样品采集土壤理化分析测定固氮率高通量测序和生物信息学分析共现网络分析统计分析系统发育分析结构方程建模分析随机森林模型分析猜你喜欢写在后面40年施肥处理后固氮菌及氮固定的...原创 2019-11-07 21:17:21 · 2028 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:微生物在植物世代之间的旅程
文章目录微生物在植物世代之间的旅程摘要背景方法结果结论日报背景方法 Methods生物材料 Biological material实验条件 Experimental conditionsDNA提取与扩增 DNA extraction and amplification测序和数据整理 Sequencing and data trimming数据分析 Statistical analyses遗传力计算...原创 2019-11-06 19:44:03 · 2101 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 8数据导入Importing data(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 8数据导入导入带质量值的FASTQ测序数据EMP标准混样单端数据EMP混样双端数据Casava1.8单端混样数据Casava 1.8双端拆分后数据**Fastq样品文件清单格式**fasta格式序列代表性序列对齐的fasta格式文件导入特征表BIOM v1.0.0BIOM v2.1.0系统发育树其它数据类型Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提...原创 2019-01-02 10:45:53 · 6226 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2用户文档. 12训练特征分类器Training feature classifiers(2018.11)
文章目录前情提要训练特征分类器下载并导入参考序列提取参考序列训练分类集测试分类集分类真菌ITS序列Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装Install2插件工作流程概述Workflows3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving Pictures5粪菌移植分析练习FMT6...原创 2019-01-06 10:53:18 · 2789 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 13数据评估和质控Evaluating and controlling(2018.11)
文章目录前情提要数据评估和质控`q2-quality-control`下载数据基于比对过滤序列质量评估已知组成的样品评估序列质量Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装Install2插件工作流程概述Workflows3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Moving Pictures...原创 2019-01-07 00:16:10 · 1220 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 7差异丰度分析gneiss(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 7差异丰度分析gneiss创建`balances`选项1:相关性聚类选项2:梯度聚类用平衡建立线性模型Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插件工作流程概述3老司机上路指南4人体各部位微生物组分析5粪菌移植分析练习5粪菌移植分析练习6沙漠土壤分析A...原创 2019-01-01 09:22:17 · 2956 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 11数据筛选Filtering data(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 11数据筛选下载实验相关数据过滤特征表按数据量过滤偶然因素的过滤基于索引的过滤基于元数据的筛选基于物种过滤表和序列过滤序列过滤距离矩阵Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装Install2插件工作流程概述Workflows3老司机上路指南Experienced4人体...原创 2019-01-05 14:18:17 · 1509 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1. DADA2方法2. Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析Alpha和beta多样性分析Alpha稀释取线物种组成分析使用ANCOM差异丰度分析译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交...原创 2018-12-25 21:05:57 · 8402 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2用户文档. 10元数据Metadata(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 9元数据元数据格式要求元数据验证前导和尾随空格字符注释和空行标识符列标识符的建议元数据列列类型数字格式化高级文件格式详细信息TSV方言和语法分析器编码和行尾尾随的空单元格和交错数据使用元数据使用QIIME2对象元数据合并原数据探索特征元数据Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流...原创 2019-01-04 21:21:08 · 2306 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT) study
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 5粪菌移植分析练习启动QIIME2运行环境实验数据下载序列质控评估生成特征表和代表性序列查看去噪过程统计合并不同批的代表序列和特征表表1. OTU表总结表2. 样品数据量分布表3. 特征表频率统计多样性分析Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插件工作流程概...原创 2018-12-26 11:19:26 · 1412 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 6沙漠土壤分析Atacama soil(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 6阿塔卡马沙漠微生物组分析启动QIIME2运行环境实验数据下载双端数据分析方法去噪并生成特征表和代表序列接下来分析要回答的科学问题Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插件工作流程概述3老司机上路指南4人体各部位微生物组分析5粪菌移植分析练习QII...原创 2018-12-29 21:18:35 · 1454 阅读 · 0 评论 -
NAR:rrnDB-16S拷贝数校正数据库
陕西省微生物研究所 常帆主要研究方向为土壤微生态,同时负责服务器维护和相关流程搭建。写在前面看到一篇文献:Microbial functional trait of rRNA operon copy numbers increases with organic levels in anaerobicdigesters(ISME:厌氧消化器中rRNA操纵子拷贝数的微生物功能特性)(DOI ...原创 2018-11-24 13:20:47 · 5889 阅读 · 0 评论 -
SBB:长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程
文章目录长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程导读研究对象实验结果施肥对土壤固氮菌群多样性和群落结构的影响土壤固氮菌群落装配过程讨论总结启发猜你喜欢写在后面长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程文章链接https://doi.org/10.1016/j.soilbio.2018.08.021本文由“笨拙的小贼”编译,宏基因组公众号排版校稿。导读氮(N)是自然和人工生态系统中的重要元素。由气...原创 2018-11-27 12:57:03 · 5636 阅读 · 0 评论 -
东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较
文章目录东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较摘 要背景1材料与方法1.1土壤样品采集1.2土壤总DNA提取和Illumina MiSeq测序1.3分子生态网络构建1.4数据分析2结果与分析2.1土壤真菌群落组成差异分析2.2土壤真菌总体网络结构分析2.3土壤真菌网络主要物种差异分析2.4土壤真菌网络的关键物种2.5影响土壤真菌网络结构的环境因子3讨论参考文献作者简介引文杂志简介猜你喜...原创 2018-11-28 16:09:48 · 6341 阅读 · 0 评论 -
亦正亦邪,骨骼惊奇的LGG
文章目录亦正亦邪,骨骼惊奇的LGG对急性肠胃炎没啥用帮助生骨未来可期作者简介猜你喜欢写在后面亦正亦邪,骨骼惊奇的LGGLGG,这既不是你家雪地靴UGG的山寨品牌,也不是“老公公”的简称,今天我们来聊的是一款颇负盛名的益生菌——鼠李糖乳杆菌GG(Lactobacillus rhamnosus GG),简称为LGG。Lactobacillus rhamnosus GG 图片来源:https:/...原创 2018-12-14 19:19:09 · 967 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2 插件工作流程概述零基础上手开始前重要的知识点样本拆分 Demultiplexing去噪和聚类去噪聚类特征表物种分类和分类学分析序列分类注释后多序列比对和进化树构建多样性分析玩转特征表译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装QIIME 2 插件工作流程概述Overvie...原创 2018-12-20 20:40:15 · 2765 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 3老司机上路指南(2018.11)
文章目录前情提要老司机上路指南为什么要改用QIIME 2?老司机上路前的几点建议数据处理步骤数据导入样本拆分双端合并去除非生物序列相似序列分组去噪OTU聚类物种分类分析特征表获得新发现数据导出新的插件附录1. 可导入的重要数据格式附录2. 可导入的重要数据类型译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插...原创 2018-12-22 00:11:45 · 5193 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 1简介和安装(2018.11)
文章目录写在前面QIIME 2优势入门指南什么是QIIME 2?核心概念安装原生安装QIIME 2虚拟机安装使用VirtualBox方式安装亚马逊云安装使用Docker方式安装QIIME 2 2018.11版本核心插件附1. 核心概念数据文件: QIIME 2文件数据文件:可视化语义类型插件方法和可视化下一步附录2. 名词解释Glossary附录3. 常用的语义类型semantic types为什...原创 2018-12-17 13:01:01 · 4545 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2:可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程
文章目录QIIME2:可重复、可交互、适用范围广和可扩展的微生物组数据科学摘要正文图1. 交互式可视化工具图2. 迭代记录数据来源确保分析可重复代码可用在线方法提取QIIME2的存档内容附图附图1. QIIME2原理图附图2. QIIME2界面各类附图3. QIIME2文档类型和结构作者列表单位列表Reference猜你喜欢写在后面2010年发表于Nature Methods的QIIME[发音同...原创 2018-12-17 13:08:44 · 2535 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 9数据导出Exporting data(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 9数据导出导出特征表导出进化树导出与提取Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装2插件工作流程概述3老司机上路指南4人体各部位微生物组分析5粪菌移植分析练习5粪菌移植分析练习6沙漠土壤分析Atacama soil7差异丰度分析gneiss8数据导入...原创 2019-01-03 12:29:21 · 2624 阅读 · 0 评论 -
宏基因组QIIME2专题讨论群
写在前面宏基因组公众号负责QIIME 2 官方中文文档的更新。目前已经有更新了14章,近8万字(详见下方文章列表链接)。鉴于QIIME 2的整体架构和使用方法与QIIME存在较大不同、QIIME 2仍存在一些不足,同时用户也积累了较多共性问题。现成立QIIME 2中文微信讨论群,方便真正使用者间的经验交流。扫描以下二维码。备注:姓名-单位-研究方向-职务-QIIME2,带你入QIIME 2...原创 2019-01-26 12:45:06 · 744 阅读 · 0 评论 -
NC:你觉得你吃的是草,其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)
文章目录食叶昆虫微生物群落来源于土壤而不是取食植物日报摘要前言 Introduction结果 result1 土壤、植物和昆虫肠道的微生物群落组成图1 毛虫,叶,根部和土壤中细菌和真菌的多样性和群落组成2 土壤、叶片和毛虫共享的微生物图2 毛虫肠道、土壤、植物共享的OTU3 不同植物类型对微生物群落的遗留影响图3 不同植物类型对微生物群落的遗留影响4 植物和毛虫生物量和土壤性质图4:毛虫表型、植物...原创 2019-09-24 08:59:20 · 1647 阅读 · 0 评论 -
Genome Biology:人体各部位微生物组时间序列分析
文章目录人体各部位微生物组初探摘要背景结果结论点评主要结果图1. 基于无权重UniFrac距离的PCoA图2. 时间上的核心微生物组图3. 群落中的成员关联猜你喜欢写在后面人体各部位微生物组初探Moving pictures of the human microbiomeGenome Biology, [14.028]2011-05-30 ArticlesDOI: https://d...原创 2019-09-01 14:52:40 · 1377 阅读 · 0 评论 -
mSystems:干旱对土壤微生物组的影响
文章目录干旱对土壤微生物组的影响摘要重要性主要结果图1. 采样地图图2. 平均土壤相对湿度与alpha多样性图3. 未加权的UniFrac PCoA图表1. 最佳环境因子组合图4. 阿塔卡马微生物群落的网络拓扑图图5. 个体门的相对丰度与土壤平均相对湿度密切相关Reference猜你喜欢写在后面干旱对土壤微生物组的影响增加干旱对干旱土壤微生物组的显著影响Significant Impact...原创 2019-08-30 10:01:10 · 2328 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:粪菌移植改善自闭症
文章目录粪菌移植改善自闭症热心肠日报摘要背景结果结论结果图1. 研究设计时间表图2. 18例ASD患儿的GI和ASD相关症状图3. 粪便微生物群随粪便微生物群移植而变化图4. 粪便病毒组改变与粪菌移植Reference猜你喜欢写在后面[外链图片转存失败(img-wXGZbMHj-1567041759810)(http://210.75.224.110/Note/LiuYongXin/170123...原创 2019-08-29 09:23:03 · 2825 阅读 · 0 评论 -
Nature Biotechnology:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析平台
文章目录可重复、可交互、适用范围广和可扩展的微生物组数据科学——QIIME 2作者名单作者单位热心肠导读正文附图1. QIIME 2系统的示意图图1. QIIME 2提供多种交互式可视化工具图2. 迭代记录数据来源确保分析可重复附图2. QIIME2的各种使用界面数据可用代码可用额外信息附图3. QIIME2文档类型qza/qzv和结构在线方法提取QIIME2的存档内容Reference猜你喜欢写...原创 2019-07-25 17:07:24 · 2087 阅读 · 0 评论 -
USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程
USEARCH —— 最简单易学的扩增子分析流程USEARCH中文帮助文档(USEARCH Chinese manual)USEARCH官方英文主页:http://www.drive5.com/usearch/本站经USEARCH作者Robert Edgar授权,由《宏基因组》公众号翻译的中文帮助文档和系列教程。USEARCH简介USEARCH是最好用的扩增子分析流程,在体积仅1 MB...原创 2019-07-29 17:07:45 · 16906 阅读 · 0 评论 -
GraPhlAn:最美进化树或层级分类树学习笔记
文章目录Graphlan可视化进化树GraPhlAn简介素颜vs美化认识软件参数分支控制,一般不做控制组合命令控制注释阴影的半径一般全局参数节点基本参数节点对应的形状节点注释枝条参数环参数进化树实战构建OTU丰度和物种文件说明准备需要展示的数据构建三列注释文件,主要是节点注释构建四列注释文件,主要是环注释总体环修饰 指标可以保存基本小修即可graphlan出图,三条命令三张图问题:分支节点未命名或...原创 2019-03-21 21:52:28 · 12771 阅读 · 6 评论 -
NAR:UNITE真菌鉴定ITS数据库——处理未分类和并行分类(数据库文章阅读模板)
上方文章标题要求:包括杂志名缩写(一个词的杂志名不缩写,两个及上用实词首字母)和吸引人且有重要信息的语句,中间用中文冒号(:)分隔注:文中灰色部分(引用格式)为写作说明文字,帮助编辑规范Markdown语言创造笔记和完成必要的内容,在正式稿件中可删除目录[TOC],用于把握全文的层级结构,方便导航;一般分为三级标题;一级为文章标题,二级为摘要、背景、结果、方法和结论等,三级为主要结果...原创 2019-03-25 06:47:43 · 9261 阅读 · 0 评论 -
PNAS-皮肤微生物群综合分析揭示人类皮肤的独特性并为其在哺乳动物的系统发育共生现象提供证据
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2019微生物组——16S扩增子分析专题培训第四期
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DADA2中文教程v1.8
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