shell
文章平均质量分 87
刘永鑫Adam
刘永鑫,中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播,在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文40余篇,被引9000余次。主编《微生物组实验手册》专著,由300多位同行参与,共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号,14万+同行关注,分享原创文章3千余篇,累计阅读量超3千万,打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台,免费发布您团队的成果、方法、经验、招生招聘,欢迎投稿。
展开
-
csvtk:命令行下表格统计分析、数据筛选、替换、整理神器
文章目录安装介绍功能使用例子猜你喜欢写在后面内容主要来自csvkt官方中文介绍 https://bioinf.shenwei.me/csvtk/chinese/。有改动,内容有增加如同生物信息领域中的FASTA/Q格式一样,CSV/TSV作为计算机、数据科学和生物信息的基本格式,应用非常广泛。常用的处理软件包括:以微软Excel为代表的电子表格软件Notepad++/SublimeTex...原创 2020-03-05 20:19:52 · 2323 阅读 · 0 评论 -
中国核酸数据库GSA数据提交指南
文章目录中国核酸数据库GSAGSA 数据模型数据触发机制说明发布策略和免责声明如何提交数据到GSA?第一步: 注册账户第二步:进入GSA数据库创建GSA1. 创建项目(BioProject)2. 创建样本(BioSample)3. 构建GSA数据集数据追踪引用格式附录计算MD5值官方推荐不同平台使用的工具压缩fq文件提交数据文件如何命名?ftp提交数据猜你喜欢写在后面中国核酸数据库GSAhtt...原创 2020-02-13 23:22:23 · 9329 阅读 · 0 评论 -
Github上传大于100M文件:LFS
文章目录Git 简介创建项目并推送文件推送大文件Git Large File Storage (LFS)Reference猜你喜欢写在后面Git 简介Git是目前世界上最先进的分布式版本控制系统。其原理如下所示:首先我们安装git。官方下载位置 https://git-scm.com/ ,下载完成后我们按照普通软件安装即可:安装完成之后我们的鼠标右键就会出现Git GUI/bash h...原创 2020-02-13 22:54:52 · 787 阅读 · 0 评论 -
重现2篇Nature中GraPhlAn绘制的超高颜值物种树Cladogram
GraphLan绘制教程我们经常在文章中看到这样的图Yang Bai, Daniel B. Müller, Girish Srinivas, Ruben Garrido-Oter, Eva Potthoff, Matthias Rott, Nina Dombrowski, Philipp C. Münch, Stijn Spaepen, Mitja Remus-Emsermann, Bru...原创 2019-11-28 19:12:17 · 8658 阅读 · 0 评论 -
COB:自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解
文章目录自然界的循环利用:厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解摘要前言 Introduction“组学”工具揭示了厌氧微生物群落的多样性厌氧群落的宏组学已发现大量碳水化合物活性酶CAZymes真菌的纤维素体表现出令人印象深刻的纤维素水解活性转录组学揭示了微生物的协同作用和酶的调节基因组级代谢模型存在于一组有限的厌氧菌中厌氧生物群落的代谢和空间相互作用可通过生物信息学进行模拟结论与展望Referen...原创 2019-11-01 21:42:17 · 2208 阅读 · 0 评论 -
查看服务器硬盘负载——判断硬盘是否为瓶颈
文章目录topiostatvmstatiotop参考文献猜你喜欢写在后面top平时我们top查看内存使用(KiB Mem),CPU负载(load average),那个显示的是硬盘呢?%Cpu(s): 0.5 us, 0.2 sy, 0.0 ni, 96.7 id, 2.6 wa, 0.0 hi, 0.0 si, 0.0 stCPU的wa(wait等待)越大代表硬盘、内存读写等待时间,一般...原创 2018-11-30 19:45:46 · 1275 阅读 · 0 评论 -
linux统计分析命令datamash
文章目录引子datamash 是什么调用格式与参数主要 operationPrimary operations:Line-Filtering operations:Per-Line operations:Group-by Numeric operations:Group-by Textual/Numeric operations:**主要参数**操作示例文本基本操作分组统计操作生信相关文本基因表达...转载 2019-06-24 21:13:46 · 2266 阅读 · 0 评论 -
Linux Shell Tips小技巧
文章目录sed指定行删除文本替换文本小技巧查找N天内修改文件Shell写R语言makefile写shellbad interpreter错误替换换行符为空格压缩并打包目录重定向标准错误sed只替换一次查看服务器信息命令合集linux_info.shLinux Shell中内部变量bad substitution错误Ubuntu 16.04中文乱码命令行的数学运算-bash: cannot crea...原创 2019-08-30 10:00:24 · 436 阅读 · 0 评论 -
Linux下取代top的进程管理工具 htop
文章目录简介htop安装Ubuntu apt安装**conda安装**官网二进制或源码安装Htop参数hotp快捷键交互式命令Reference猜你喜欢写在后面简介htop 是Linux系统中的一个可交互式的进程查看工具,纯文本模式的应用程序,无需图形界面,但效果和有图形一样棒。与Linux传统的top相比,htop更加人性化。它可让用户交互式操作,支持颜色主题,可横向或纵向滚动浏览进程列表...原创 2018-11-20 18:53:52 · 1550 阅读 · 0 评论 -
R,Git和Github(下)
作者:Wenhu 博客:http://bioinfostar.com/ 本讲第一部分,介绍git的“足够你用”命令;本讲为第二部分,介绍github的主要用途,包括版本管理、分枝管理等,以及推荐的在Rstudio中使用git的教程,部分内容改编自廖雪峰的《Git教程》。欢迎转载,但请注明出处!源代码:https://github.com/mckf111/mckf111.githu...原创 2018-06-18 12:16:18 · 2059 阅读 · 0 评论 -
Windows不用虚拟机或双系统,轻松实现linux shell环境:gitforwindows
windows缺少shell命令支持用过Linux服务器分析数据的小伙伴,一定对Linux强大Shell命令所折服,经常会感觉windows缺少这些命令而感觉不方便。还有想学习Linux Shell命令的小伙伴,一直没有一个很好的学习环境。双系统安装涉及分区改变对硬盘数据不安全,虚拟机效率太低,服务器也是不每个人都会买的。现在方便了,Github推出了一款软件 gitforwind...原创 2018-02-11 23:04:18 · 8275 阅读 · 1 评论 -
使程序在Linux下后台运行,程序运行前后台切换
转自http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/08/02/2125511.html,有修改。一、为什么要使程序在后台执行我们计算的程序都是周期很长的,通常要几个小时甚至一个星期。我们用的环境是用Xshell远程连接到Linux服务器。所以使程序在后台跑有以下两个好处:1:我们这边是否关机不影响服务器的程序运行。(不会像以前那样...转载 2018-02-08 17:54:18 · 18202 阅读 · 0 评论 -
手把手教你生信分析平台搭建
宏基因组按:此系列教程为基因学苑的王通老师原创发布。非常适合刚接受生信,又有服务器管理需求的小伙伴做为入门材料,一共20篇文章,内容涉及服务器选购、Linux系统安装、用户管理、软件安装、软件兼容环境、Galaxy/Rstudio服务器配置等多方面。助你快速入行,轻松成为兼职服务器管理员的技术达人。本文为宏基因组对本系列教程的导读和介绍,方便大家收藏和查阅自己需求的内容。文中蓝字均为链...原创 2018-03-22 23:20:14 · 17776 阅读 · 2 评论 -
使程序在Linux下后台运行,程序运行前后台切换
转自http://www.cnblogs.com/xianghang123/archive/2011/08/02/2125511.html,有修改。一、为什么要使程序在后台执行我们计算的程序都是周期很长的,通常要几个小时甚至一个星期。我们用的环境是用Xshell远程连接到Linux服务器。所以使程序在后台跑有以下两个好处:1:我们这边是否关机不影响服务器的程序运行。(不会像以前那样...原创 2018-04-01 22:50:00 · 664 阅读 · 0 评论 -
makefile经验笔记
makefile笔记字符需要转意,输入字符需要转意,输入字符需要转意,输入$替换x=a b c d 方式直接建立数组,而shell中需要加引号变量需要用()或{}包围,而shell中只能用{}cd /tmp && you-operation-cmds # 切换目录变执行命令makefile帮助文档make - GNU make utility to mai...原创 2018-04-01 22:52:40 · 797 阅读 · 0 评论 -
Linux命令screen—终端切换,工作环境保存,画面同步,防断网
Screen基础创建一个新的窗口会话分离与恢复清除dead 会话关闭或杀死窗口screen 高级应用会话共享会话锁定与解锁发送命令到screen会话屏幕分割Reference猜你喜欢写在后面Screen基础Screen是一款由GNU计划开发的用于命令行终端切换的自由软件。用户可以通过该软件同时连接多个本地或远程的命令行会话,并在其间自由切换...原创 2018-05-03 07:33:16 · 9902 阅读 · 1 评论 -
Windows10远程桌面Ubuntu16.04
比对很多图形界面的软件,想在服务器上运行,通常只用SSH方式访问的命令行方式是无法实现的。虽然配置XShell + XManager可以实现打开图形程序,但速度之慢,即使内网也无法忍受。本方法限内网使用,外网需要有3389端口访问权限。Ubuntu端软件安装需要管理员安装的软件Ubuntu16.04下 以下命令行皆是在终端中运行:安装xrdpsudo apt-ge...原创 2018-05-29 22:33:18 · 92276 阅读 · 17 评论 -
R,Git和Github(上)
作者:Wenhu 博客:http://bioinfostar.com/ 本讲为第一部分,介绍git的“足够你用”命令;第二部分,还将介绍github的主要用途以及如何在R中使用git,部分内容改编自廖雪峰的《Git教程》。源代码:https://github.com/mckf111/mckf111.github.io/tree/master/_postsGit是啥正统...原创 2018-06-17 22:00:39 · 2848 阅读 · 0 评论 -
linux shell编程时报:bad substitution错误的解决办法
:bad substitution错误应该是某个变量名字打错,找不对应的值对替换,直接报错结果; 检索全文中替换的${}变量,改正即可。示例: 我用Linux shell脚本输出一段文字生成一个R程序,报错: /mnt/bai/yongxin/bin/ternary_16s.sh: line 1: # 説我第一行就有错,由于输出多行,内部出错,无法检查错误所在行;我最终使用了逐行/段落添加的方原创 2017-06-25 22:35:17 · 16312 阅读 · 1 评论