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刘永鑫Adam
刘永鑫,中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播,在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文40余篇,被引9000余次。主编《微生物组实验手册》专著,由300多位同行参与,共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号,14万+同行关注,分享原创文章3千余篇,累计阅读量超3千万,打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台,免费发布您团队的成果、方法、经验、招生招聘,欢迎投稿。
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GraPhlAn教程中文版——超炫物种树进化树绘制
文章目录GraPhlAn教程中文版概述Overview介绍Introduction安装Installation方法1. Bioconda快速安装方法2. Mercurial下载方法3. 直接下载压缩包脚本Scripts分步示例Step-by-step example0绘图 Default plot (step 0)1全局选项 Global options (step 1)2节点选项 Node op...原创 2020-02-27 23:47:58 · 22480 阅读 · 0 评论 -
宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门
文章目录MEGAN-宏基因组功能和物种分类MEGAN功能简介原理简要示意图MEGAN特有文件格式:RMAMEGAN下载MEGAN使用MEGAN(linux版本安装)MEGAN使用指南(Linux)提取注释内容(物种和功能):提取物种注释数据:提取功能:Win版安装和使用MEGAN安装Win版使用指南MEGAN主界面介绍MEGAN输入介绍MEGAN分析进阶双样本比对MEGAN界面可视化-两样本(.r...原创 2020-02-18 20:11:37 · 17209 阅读 · 4 评论 -
重现2篇Nature中GraPhlAn绘制的超高颜值物种树Cladogram
GraphLan绘制教程我们经常在文章中看到这样的图Yang Bai, Daniel B. Müller, Girish Srinivas, Ruben Garrido-Oter, Eva Potthoff, Matthias Rott, Nina Dombrowski, Philipp C. Münch, Stijn Spaepen, Mitja Remus-Emsermann, Bru...原创 2019-11-28 19:12:17 · 8586 阅读 · 0 评论 -
MITRE:利用微生物组时间序列数据推断与宿主状态变化相关的特征
文章目录MITRE:利用微生物组时间序列数据推断与宿主状态变化相关的特征热心肠日报写在前面主要结果图1. MITRE通过对时间序列的微生物群落的系统发育信息进行学习,同宿主的状态改变联系起来,并构建人类可解释的模型MITRE软件的主要原理架构基于半真实的数据和真实数据测试模型图2. MITRE和其他分类器对半合成和真实数据的交叉验证和预测表现模型的解释性能和探索性分析图3. MITRE支持交互式的...原创 2019-11-09 21:26:10 · 1597 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 17序列双端合并read-joining(2018.11)
文章目录前情提要序列双端合并的另一种方法`read-joining`数据下载序列合并查看合并序列的数据质量和摘要序列质控Deblur查看Deblur特征表导入双端合并的序列导入序列查看导入数据的质量Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装Install2插件工作流程概述Workflows3老司机上路指南Expe...原创 2019-01-29 09:31:19 · 4261 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组分析实战Moving Pictures(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2用户文档. 4人体各部位微生物组启动QIIME2运行环境样本元数据下载和导入数据拆分样品序列质控和生成特征表方法1. DADA2方法2. Deblur特征表和特征序列汇总构建进化树用于多样性分析Alpha和beta多样性分析Alpha稀释取线物种组成分析使用ANCOM差异丰度分析译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交...原创 2018-12-25 21:05:57 · 8403 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2用户文档. 2插件工作流程概述(2018.11)
文章目录前情提要QIIME 2 插件工作流程概述零基础上手开始前重要的知识点样本拆分 Demultiplexing去噪和聚类去噪聚类特征表物种分类和分类学分析序列分类注释后多序列比对和进化树构建多样性分析玩转特征表译者简介Reference猜你喜欢写在后面前情提要文章导读:QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装QIIME 2 插件工作流程概述Overvie...原创 2018-12-20 20:40:15 · 2766 阅读 · 0 评论 -
Canoco5绘制漂亮的DCA或CCA图
文章目录利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图准备物种和环境数据根据前向选择的结果重分析根据Effects重分析参考文献猜你喜欢写在后面利用Canoco5软件绘制漂亮的DCA/CCA图作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬Canoco是一套在生态学及几个相关领域内使用ordination methods来进行多变量统计分析的最常用程序包。Canoco常用的版本1998和...原创 2018-12-13 21:43:22 · 80220 阅读 · 106 评论 -
Nature Method:DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率
文章目录基于多宏基因组样本的细菌生物动态定量和比较摘要正文图1.DEMIC的计算流程图2.基于三个物种测序数据集的效果评估图3.基于5个属45个相关物种的模拟数据评估DEMIC热心肠总结Reference猜你喜欢写在后面基于多宏基因组样本的细菌生物动态定量和比较Quantifying and comparing bacterial growth dynamics in multiple me...原创 2018-12-08 11:28:24 · 1844 阅读 · 0 评论 -
BIOM:生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式
文章目录简介biom工具安装文件格式小提示和常见问题快速使用Quick Start文件格式转换biom文件添加样本分组和物种注释BIOM表统计Reference附录1. Python中交互操作biom的函数函数猜你喜欢写在后面简介http://biom-format.org/BIOM格式是微生物组领域最常用的结果保存格式,优点是可将OTU或Feature表、样本属性、物种信息等多个表保存于...原创 2018-12-01 21:10:01 · 18390 阅读 · 1 评论 -
NAR:人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病
文章目录人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病导读摘要主要结果图1. 人类虚拟代谢(VMH)数据库概览图2. VMH的主要功能预览表1. VMH链接的数据库列表和简介猜你喜欢写在后面人类虚拟代谢数据库——整理人类和肠道菌群与营养和疾病The Virtual Metabolic Human database: integrating human and gut microbiom...原创 2018-11-04 18:14:07 · 7527 阅读 · 0 评论 -
Nature Method :Rob Knight发布Striped UniFrac算法轻松分析微生物组大数据
文章目录Striped UniFrac微生物组大尺度分析算法简介导读正文图1. 算法描述和性能评估结果如何使用猜你喜欢写在后面Striped UniFrac微生物组大尺度分析算法Striped UniFrac: enabling microbiome analysis at unprecedented scaleNature Methods, [IF 26.919], correspon...原创 2018-11-04 18:04:11 · 1753 阅读 · 0 评论 -
Nature Method:HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析
文章目录HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析简介热心肠日报导读摘要主要图表图1. HUMAnN2分层式搜索在同类软件中准确率最高图2. 人类核心微生物组的贡献多样性图3. 海洋浮游生物界温跃层相关微生物的酶图4. HUMAnN2实现宏转录组定量和多组学整合总结Reference猜你喜欢写在后面HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析Species-level ...原创 2018-11-02 15:28:02 · 3841 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:宏基因组分箱流程MetaWRAP安装和数据库布置
文章目录简介工作原理优势功能模块软件安装数据库配置**CheckM数据库****KRAKEN数据库****NCBI_nt****NCBI物种信息****人类基因组bmt索引**设置数据库位置参数简介Reference猜你喜欢写在后面简介MetaWRAP这是一套强大的宏基因组分析流程,专注于宏基因组Binning。文章于2018年9月15日发表于《Microbiome》。文章简介见参考文献链接。...原创 2018-10-13 19:49:03 · 13505 阅读 · 1 评论 -
QIIME 2用户文档. 14机器学习预测样品元数据分类和回归q2-sample-classifier(2018.11)
文章目录前情提要预测样本元数据`q2-sample-classifier`预测样本分类预测样本连续型元数据嵌套交叉验证为所有样本提供预测最佳实践:不应该使用`q2-sample-classifier`做的事情Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装Install2插件工作流程概述Workflows3老司机上路指...原创 2019-01-24 18:27:19 · 1145 阅读 · 0 评论 -
SCI-HUB客户端(文献神器V4.0)——下载文献如此简单
如何简洁而优雅的下载文献?Sci-hub是大家常用文献下载神器。其数据库包括了8160万篇免费文献,能满足99%的论文需求;其用户分布在全球各个国家,中国用户数量最多。如果有一天,你收藏的Sci-hub网址无法访问了怎么办?sci-hub确实好用,但是由于版权问题被迫经常更换网址。为了解决随时能在sci-hub下载文献,一款Sci-hub客户端—文献神器被研发出来为什么叫文献神器?这...原创 2019-01-15 19:51:04 · 29845 阅读 · 0 评论 -
MEGAHIT:多快好省的宏基因组装工具
文章目录MEGAHIT:通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案热心肠日报摘要主要结果图1. MEGAHIT工作流程表1. MEGAHIT和SPAdes在大肠杆菌数据集上的表现表2. MEGAHIT与Howe et al.和Minia组装结果比较表3. MEGAHIT与Howe et al.和Minia组装结果比对评估完整性4. 结论扩展阅读猜你喜欢写在后面...原创 2019-09-04 16:54:58 · 4072 阅读 · 0 评论 -
Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件
文章目录Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类热心肠日报摘要主要结果图1. Kraken序列分类算法图2. 基于三个模拟宏基因组的分类程序准确性和速度比较图3. 基于三个模拟宏基因组数据对Kraken变体的分类精度和速度比较图4. 由Kraken分类的唾液微生物组读数的分类学分布。图5. Kraken的数据库结构猜你喜欢写在后面Kraken:使用精确比对的超快速宏基因组序列分类K...原创 2019-09-04 16:50:07 · 7610 阅读 · 0 评论 -
Microbiome:NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler
文章目录NG-meta-profiler:使用NGLess(一种领域专用语言)快速处理宏基因组Peer Bork的介绍和相关文章日报摘要背景结果结论主要结果图1. NG-meta-profiler工作流程表1. NG-meta-profiler内置的参考基因集表2. NGLess内置的功能模块图2. NGLess与其它工具用时比较表3. 模拟数据结果质量图3. 用NGLess语言编写的人类微生物组...原创 2019-08-15 00:24:01 · 846 阅读 · 0 评论 -
PICRUSt2:OTU或ASV等16S随便预测宏基因组且数据库增加10倍
文章目录简介工作流程引用安装一条命令完成分析核心输出结果:额外输出文件:参数详解猜你喜欢写在后面PICRUSt推出了近6年,引用2500余次。现推出PICRUSt2 https://github.com/picrust/picrust2具有以下三大优势:任何OTU/ASV直接预测功能;数据库扩大10倍;一条命令完成全部分析。简介https://github.com/picrus...原创 2019-04-14 21:55:14 · 8510 阅读 · 2 评论 -
玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南
文章目录FastStone Capture屏幕截图软件主要功能安装方法程序主界面介绍常见功能菜单图片编辑常用截图类型滚动截长图屏幕录制Reference猜你喜欢写在后面其实Win7/10系统中其实自带了一款软件叫“截图工具”,一般截图就够用了。但我们今天给大家带来一个全能型截图工具,助力你工作、生活和撰写笔记。FastStone Capture屏幕截图软件FastStone Captur...原创 2019-04-03 21:46:38 · 8084 阅读 · 1 评论 -
Nature子刊:微生物来源分析包SourceTracker——结果解读和使用教程
文章目录SourceTracker有什么用?软件简介软件结果解读原文解读文章实战解读软件安装输入文件准备实验设计OTU表代码中文解读Reference猜你喜欢写在后面前一阵我们翻译Rob Knight的综述,1.8万字,让你熟读2遍轻松握掌微生物组领域分析框架、把握未来分析趋势。目前在宏基因组平台累计1.9万人次,热心肠平台首发阅读8500+,科学网加精置顶阅读8700+,CSDN阅读1200+...原创 2019-03-03 20:25:19 · 10741 阅读 · 10 评论 -
如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图
文章目录如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图写在前面美颜攻略扩展阅读Reference猜你喜欢写在后面如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图作者:赵维 中国科学院天津工业生物技术研究所审稿:刘永鑫 中国科学院遗传与发育生物学研究所写在前面关于LEfSe分析,相信大家早已耳熟能详。网上也有很多指导如何做LEfSe分析流程的文章。可是在实际应用中,仍然会遇到...原创 2019-02-09 19:01:00 · 13450 阅读 · 1 评论 -
cap3拼接sanger序列:在线+本地分析方法实战
猜你喜欢10000+: 菌群分析宝宝与猫狗 提DNA发Nature 实验分析谁对结果影响大 Cell微生物专刊 肠道指挥大脑系列教程:微生物组入门 Biostar 微生物组 宏基因组专业技能:生信宝典 学术图表 高分文章 不可或缺的人一文读懂:宏基因组 寄生虫益处 进化树必备技能:提问 搜索 Endnote文献阅读 热心肠 SemanticScholar Geenmedica...原创 2019-02-04 08:59:28 · 8967 阅读 · 0 评论 -
QIIME 2用户文档. 16鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch(2018.11)
文章目录前情提要鉴定和过滤嵌合体序列`q2-vsearch`数据下载无参嵌合体鉴定可视化统计结果过滤特征表和序列过滤嵌合体和可疑序列过滤嵌合但保留可疑序列Reference译者简介猜你喜欢写在后面前情提要QIIME 2可重复、交互和扩展的微生物组数据分析流程1简介和安装Install2插件工作流程概述Workflows3老司机上路指南Experienced4人体各部位微生物组分析Mo...原创 2019-01-28 14:19:42 · 1804 阅读 · 0 评论 -
NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因
文章目录Science哈扎人CAZYome分析实例实例解读分析方法探索(顺藤摸瓜)dbCAN2——碳水化合物在线分析服务器dbCAN2简介在线分析本地软件和数据库下载Reference猜你喜欢写在后面宏基因组数据分析中,经常会使用多种多样的数据库,如综述型的有NCBI非冗余核酸或蛋白序列库(NR)、KEGG、COG、eggNOG、RFAM等。专业型的数据库有CAZy(碳水化合物酶)、ARBD(抗...原创 2018-10-01 09:09:57 · 5962 阅读 · 0 评论 -
利用Gephi软件绘制网络图
文章目录利用Gephi软件绘制网络图1. 生成物种相关性矩阵2. Gephi生成点、边文件3. 点、边文件注释4. 网络点、边美化5. 网络属性、预览和标签参考文献猜你喜欢写在后面作者:中国科学院天津工业生物技术研究所 王敬敬 博士利用Gephi软件绘制网络图1. 生成物种相关性矩阵此步骤需要在R语言环境下运行,依赖psych包,输入文件为典型的OTU表或属水平丰度矩阵,示例如下。输入...原创 2018-09-18 10:50:37 · 61570 阅读 · 18 评论 -
16S预测细菌组表型-bugbase:革兰氏阴阳、生物膜、致病力、移动元件、氧气消耗等
基于16S OTU表预测细菌表型数据库,同时可进行组间差异分析BugBase Predicts Organism Level Microbiome Phenotypes Tonya Ward, Jake Larson, Jeremy Meulemans, Ben Hillmann, Joshua Lynch, Dimitri Sidiropoulos, John Spear, Greg Capor原创 2017-12-14 20:43:35 · 12597 阅读 · 0 评论 -
扩增子分析还聚OTU就真OUT了,试试unoise3
宏基因组领域是当今热门领域,也正是方法快速发展和变革的时代。之前还把 97%聚类OTU作为扩增子行业的金标准。转眼间各位大佬纷纷向OTU聚类方法拍砖,都不建议再使用。Feature代替OTU是趋势之前我翻译整理的QIIME2官方帮助文档——宏基因组扩增子最新分析流程QIIME2-了解分析趋势,读过的朋友会发现,里面的每个分析流程中都不再使用聚类方法生成OTU,而是调用DADA2 [1]对原始数据进行原创 2017-10-10 13:08:47 · 8395 阅读 · 0 评论 -
扩增子分析神器USEARCH简介
本文中引用统计采用Google学术,统计日期截止2017年10月9日。Usearch简介主页:http://www.drive5.com/usearch/ 1. Usearch是什么? 它是超快的序列分析软件,在序列比对、聚类、操作等多领域广泛应用。在扩增子分析领域的OTU聚类最受欢迎,单人发文至Nature Method,而且目前已经集成了全部扩增子分析流程。截止2017年10月9日,Goog原创 2017-10-09 21:20:47 · 7199 阅读 · 0 评论 -
微生物多样性组间差异分析神器-STAMP
微生物多样性组间差异分析神器-STAMP转载 2017-09-18 09:06:04 · 11431 阅读 · 0 评论 -
RepeatMasker安装和使用——基因组重复序列注释
RepeatMasker是一款专门用于基因组重复序列识别注释,并分类统计的软件,几乎用于所有物种。是研究基因组、非编码RNA、转座子和着丝粒领等相关领域的必备软件。很多small RNA, lncRNA与Repeat区有密切关系。之前我在2013在PLOB发布过《RepeatMasker安装方法与使用 》,阅读近7000次。相关百度云中Repbase也被下载几千次。但目前软件和数据库均更新很多次,原创 2017-06-12 23:29:43 · 28739 阅读 · 5 评论 -
psRobot:植物小RNA分析系统
psRobot:植物小RNA分析系统简介官网:http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/PsRobot是中科院遗传发育所王秀杰组的作品,主要实现小RNA的mapping,miRNAs前体和成熟体的预测、降解组分析等功能。发布不到5年,截止17年7月25日,Google scholar统计引用91次(不乏Nature, Sicence文章),psRobot网站统计访原创 2017-08-13 19:18:07 · 5417 阅读 · 1 评论 -
SILVAngs:免费在线宏基因组扩增子分析系统
SILVAngs - rDNA-based microbial community analysis using next-generation sequencing (NGS) data简介SILVAngs是著名rDNA数据库SILVA刚上线的一个功能插件,可以实现基于rDNA(包括16S/18S/ITS/23S/28S)扩增子高通量数据的在线自动化分析。目的本系统是对高通量rDNA扩增子测序数原创 2017-08-04 17:32:54 · 2359 阅读 · 0 评论 -
扩增子分析流程QIIME. 1 使用Docker配置QIIME
本教程环境为Ubuntu16.04 x64安装Docker# 安装Dockersudo apt-get install docker.io# 启动Docker服务service docker start # select 1, using passwd# 关闭Docker服务service docker stop# 配置权限,添加用户至docker组即可user=test # 设置用户名原创 2017-06-26 16:33:32 · 2943 阅读 · 0 评论 -
微生物相关网络构建教程中文Microbial association network construction tutorial
原文为自Microbial association network construction tutorial http://psbweb05.psb.ugent.be/conet/microbialnetworks/index.php简介Introduction本文提供MENA, LSA, SparCC和 CoNet四种网络构建方法,作者为CoNet作者。 2017-05-22由中科院遗传发育翻译 2017-06-12 23:31:29 · 16100 阅读 · 2 评论 -
生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R模板和语法高亮
https://www.editplus.com/前言“工欲善其事必先利其器”,生信工程师每天写代码、搭流程,而且要使用至少三门编程语言,没有个好集成开发环境(IDE,Integrated Development Environment)那怎么行?本人使用过vim, editplus, ultraedit, notepad++, sublime。感觉在多语言支持、直接远程编辑脚本、启动速度等方面还是原创 2017-06-24 17:07:43 · 4496 阅读 · 0 评论 -
Win8 x64 + Office Word 2013 x64 无法自动加载 Endnote X6 的解决方案
问题描述系统环境如下:win8 x64英文原版+office2013 x64 简体中文版+Endnote x6,无法自动加载 Endnote X6,即Word中找不到插件也无法手动加载网上探索方法网上有很多文章,关于64位Office Word 2013加载EndnoteX6的解决方案,但基本都是来自同一篇文章,内容极其相似,而且在我的系统环境下完全无效。但是思路是可取的,我经过反复尝试得到了解决方原创 2017-06-24 15:30:22 · 2846 阅读 · 0 评论 -
微生物培养的福音:一个直接用16S rDNA序列来预测其培养基配方的网站
【本文转载自“微生物生态”公众号,作者卢瑟菌,己获授权,本平台编辑对内容进行测试和更新。】今天卢瑟菌给大家隆重推出一个超级好的网站,网站名字叫KOMODO(Known Media Database),没错,网站作者就是严(tiao)肃(pi)地把科莫多巨蜥的照片放在了网站主页,见下图1左上角。言归正传,这个网站的神奇之处就在于可以根据细菌或古菌16S rDNA的序列来预测培养该菌的培养基配方!...转载 2018-03-04 22:12:33 · 3793 阅读 · 0 评论 -
Docker的基本使用-Ubuntu18.04
Docker简介与安装Docker简介Docker安装启动和关闭Docker服务Dokcer使用Docker基本命令ASaiM微生物组分析框架Reference猜你喜欢写在后面Docker简介与安装Docker简介Docker是一种轻松级虚拟机,在生物信息数据分析中,布置分析流程、解决软件依赖关系中应用广泛。本文以最新的Ubuntu ...原创 2018-06-06 22:12:37 · 13261 阅读 · 1 评论