宏基因组分析
宏基因组分析相关专题,专攻宏基因组分析讲解
刘永鑫Adam
刘永鑫,中国农科院基因组所研究员,iMeta期刊执行主编,宏基因组公众号创始人。主要研究方向为微生物组研究方法、食品组与微生物组功能研究和科学传播,在Science、Nature Biotechnology、Nature Microbiology、Cell Host & Microbe等期刊发表论文40余篇,被引9000余次。主编《微生物组实验手册》专著,由300多位同行参与,共同打造本领域长期更新的中文百科全书。创办宏基因组公众号,14万+同行关注,分享原创文章3千余篇,累计阅读量超3千万,打造本领域最具影响、服务同行的科学传播平台,免费发布您团队的成果、方法、经验、招生招聘,欢迎投稿。
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NBT:未培养病毒基因组的最少信息标准(MIUViG)
文章目录未培养病毒基因组的最少信息标准写在前面摘要介绍图1 随着时间推移病毒基因组数据库的大小病毒富集后UViGs的回收图2 UViGs的识别未经富集后的UViGs的回收病毒序列的计算鉴定方法表1 UViGs的强制元数据清单UViGs的组装质量评估图3 UViG的分类和相关序列分析表2 每个类别所需特性概述UViGs的注释UVigs的分类计算机模拟预测寄主报告UViGs结论Reference猜你喜...原创 2020-03-29 15:40:26 · 2137 阅读 · 0 评论 -
宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门
文章目录MEGAN-宏基因组功能和物种分类MEGAN功能简介原理简要示意图MEGAN特有文件格式:RMAMEGAN下载MEGAN使用MEGAN(linux版本安装)MEGAN使用指南(Linux)提取注释内容(物种和功能):提取物种注释数据:提取功能:Win版安装和使用MEGAN安装Win版使用指南MEGAN主界面介绍MEGAN输入介绍MEGAN分析进阶双样本比对MEGAN界面可视化-两样本(.r...原创 2020-02-18 20:11:37 · 16583 阅读 · 4 评论 -
HUMAnN2:人类微生物组统一代谢网络分析2
关于宏基因组常用的有参分析流程,主要是快速获得物种组成和功能组成,之前分享了MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成今天再介绍来自同一作者的另一个软件,可以一步完成功能和代谢组成。HUMAnN2: The HMP Unified Metabolic Analysis Network 2,它在宏基因组研究中非常有用,通过这个分析,不仅能获得微生物的物种丰度信息,还能准确有效地...原创 2018-05-17 13:00:32 · 12905 阅读 · 1 评论 -
微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程
软件简介Microbiome Helper开源软件,方便大家分析微生物组数据。不仅提供了多套扩增子、宏基因组的分析流程方案,同时提供了几十个软件间衔接的脚本,可大大提高使用者分析的效率。文章于2017年发表于mSystems。Github项目主页:https://github.com/LangilleLab/microbiome_helpermicrobiome help结合不同组...原创 2018-05-20 22:58:26 · 4030 阅读 · 0 评论 -
宏基因组教程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)
分析流程下载测试数据了解输入文件软件安装和环境变量序列质控和去宿主质控后结果统计合并双端计算功能和代谢通路多样品物种和功能组成合并为矩阵/表STAMP软件统计绘图整理humann2功能结果软件安装流程相关脚本质控和去宿主kneadDatahumann2安装猜你喜欢写在后面之前我们介绍了microbiome_helper提供众多宏基因组学相关的实...原创 2018-05-22 23:02:45 · 12511 阅读 · 1 评论 -
宏基因组分析教程-Analysis of Metagenomic Data
加拿大生信网加拿大安大略研究所建立的生物信息网(https://bioinformatics.ca/),每年组织多场生物信息学线下培训,并线上共享培训资料。宏基因组数据分析培训2016年6月22-24日,在温哥华举办了宏基因组数据分析专题培训,我们可以点击主页中宏基因组专题栏目的 “Access Content” 访问这次培训的材料。 课题内容简介本次课题一共分为7节,简要介绍了背景、扩增子、宏基原创 2017-10-10 22:06:24 · 9910 阅读 · 1 评论 -
宏基因组分析实战教程1. 背景知识
上次我写的学习经验和推荐的教程——《微生物组入门必读+宏基因组实操课程=新老司机赶快上车》,小伙伴们当天阅读破2700+人次,3.5天破3000+,达到了宏基因组快车满三千人发车的要求。我也按约定继续分享宏基因组分析实战教程。喜欢本教程的小伙伴,请务帮助拉到文末点个赞,鼓励我继续写作的方式,你懂的。本系统教程以2017年9月26-30日在 UC Davis举办的宏基因组Workshop的学习笔记为主原创 2017-10-23 20:33:18 · 4844 阅读 · 0 评论 -
宏基因组分析实战教程2. 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC
本文英文原版见下方github链接,由中科院朱微金博士翻译、测试、并进行中文注释和补充,全网首发“宏基因组”公众号。https://2017-cicese-metagenomics.readthedocs.io/en/latest/toc.html前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1.转载 2017-10-26 11:48:07 · 13321 阅读 · 1 评论 -
宏基因组实战3. MEGAHIT组装拼接及quast评估
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer测试数据刘博士帮助把测试数据建立了一个百度云同步共享文件夹,有非常多的好处,请读完下文再决定是否下载: 1. 下载被墙的数转载 2017-10-30 17:47:58 · 19770 阅读 · 4 评论 -
宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash测试数据刘博士帮原创 2017-11-08 21:07:12 · 10588 阅读 · 0 评论 -
宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比原创 2017-11-13 18:04:16 · 14685 阅读 · 0 评论 -
宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比原创 2017-11-21 09:21:05 · 12439 阅读 · 0 评论 -
宏基因组实战9. 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比原创 2017-11-21 09:22:15 · 7480 阅读 · 0 评论 -
宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用
前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系列前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比原创 2017-11-22 23:34:45 · 7028 阅读 · 0 评论 -
微生物组:3分和30分文章差距在哪里?
好的分析和可视化,可以提供大量的信息,同时兼顾简洁优雅。今天我们抛开实验设计、方法和工作量等因素,仅从文章最吸引人的图片来讨论3分和30分(顶级)文章差距在哪里?以2017年8月25日发表在Sciences杂志上的封面文章为例,简介顶级文章的图版设计、组合、展示方式,再顺便回想一下您读过的其它文章,尤其是3分级别文章,那差异不言而喻。此篇Science正文仅有3幅图,但却准确传达了原创 2018-01-14 20:48:12 · 3179 阅读 · 0 评论 -
有声专栏-宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组
宏基因组专业词汇讲解——001宏基因组有声专栏-宏基因组专业词汇讲解开播了,点击上方播放本词条的有声版。也可在喜马拉雅FM中搜索《宏基因组》持续收听本专辑更新。对于刚接触宏基因组的同学,想必有很多概念不明白,那么接下来就让我带领大家走进宏基因组。今天先让我们系统的认识一下宏基因组。宏基因组基本概念自然界中存在数量巨大、种类繁多的微生物,人类目前仅分离培养了其中很小的一部分。如何...原创 2018-03-26 11:30:25 · 6379 阅读 · 0 评论 -
MetaPhlAn2-增强版宏基因组分类谱工具
简介MetaPhlAn2是分析微生物群落(细菌、古菌、真核生物和病毒)组成的工具,它在宏基因组研究中非常有用,只需一条完命令即可获得微生物的物种丰度信息(扩增子物种组成需要质控、拼接、拆样本、切除引物、比对等步骤,此软件居然分析宏基因组这么方便)。同时配合自带的脚本可进一步统计和可视化。主页:http://segatalab.cibio.unitn.it/tools/metaphlan2/...原创 2018-04-21 17:25:19 · 18072 阅读 · 0 评论 -
微生物组——宏基因组分析专题培训开课啦!!!
在广大粉丝的期待下,《生信宝典》联合《宏基因组》在2018年7月北京鼓楼推出《宏基因组分析专题培训》,大家提供一条走进生信大门的捷径、为同行提供一个扩增子实战分析学习和交流的机会、助力学员真正理解分析原理和完成实战分析,独创线下集中授课2天+自行练习5天+再集中讲解答疑2天三段式教学,真正实现独立分析大数据。关于学习生物信息学分析的重要性,请阅读《生物信息9天速成班—成为团队中不可或缺的人》。...原创 2018-04-23 23:23:43 · 2003 阅读 · 0 评论