2017年07月_刘永鑫Adam

原创 Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区

微生物组研究中优化方法和规避误区2017年五月发表在Microbiome上的综述，对于老司机会有很多共鸣，对于新人更要必读，少走弯路。摘要人类微生物组的研究发现其大量疾病和健康相关，但仍存在比较多的假阳性结果。本文旨在传达关于优化微生物组相关的实验设计、规避已知误区的建议；综述实验设计中最好的研究方法，介绍动物研究中常见的年龄、膳食、抗生素使用、宠物饲养、纵向(时间上)不稳定性和共住期间微生物

2017-07-30 18:27:07 2317

原创 Microbiome：宏蛋白质组揭示健康人肠道菌群的功能，离真相更近了一步

众所周知，目前研究宏基因组最常用方法的是扩增子、和全基因组测序。虽然方法简单高效，但缺点也是显示易见的。比如只针对DNA为研究对象，这样无法判断研究对像是否还活着，连上百万年的化石都会有DNA保存下来可以测序。近年来宏转录组的应用，让我们离真相近了一步，因为RNA半衰期短，更能反应当前菌群的活性和功能。在模式生物研究中，转录组和蛋白组有较多的数据积累，有Sciences文章大规模分析表明：蛋白水平与

2017-07-29 16:13:02 3923

翻译 Cell：大肠癌耐化疗药，细菌是帮凶

本文是2017年6月27日，美国密西根大学邹伟平主导(Lead Contact)，上海交通大学附属仁济医院房静远、陈萦晅、洪洁和陈豪燕共同通讯，发表在Cell杂志上的重量级研究成果，这是2017年迄今为止中国团队参与和组织的最高水平肠道菌群相关研究。标题：核粒梭菌通过调节自噬来促进对大肠癌的药物抗性中文摘要：亮点化疗后的结肠癌复发与特异的肠道微生物相关核粒梭菌通过Toll样受体、microRNA

2017-07-28 23:32:38 1982

原创微生物组文献1采用FimH拮抗物选择性抑制尿路致病性大肠杆菌

采用FimH拮抗物选择性抑制尿路致病性大肠杆菌本是Jeffery I. Gordon组2017年6月22日上线的新作品。Jeffery Gordon组来自于美国圣路易斯的华盛顿大学医学院。要説它有多牛，那一定是准诺奖级别的人物。要説他的研究有多前沿，他们团队一年可以把CNS发个遍。这么牛的人，如果是本领域的必须知道，自己多看看Gordon的实验室主页吧：https://gordonlab.wustl

2017-07-27 09:42:38 1809 2

原创 QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.11)

声明：本文为QIIME2官方帮助文档的中文版，由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效，文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁，如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新，新阅读英文原版 https://docs.qi

2017-07-26 14:51:07 8700

原创科研经验3：公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口

背景近年来微信公众号的出现，给大家带来了很大的便利，非常多优秀的公众号，每天推送的文章也质量极高，我们可以用自己生活中的零散时间学习很多感兴趣的知识。微信公众号每天超20亿次的阅读量，已经明显绑架了国人的阅读习惯，足以看出它在我们生活中的重要性。因此，科研团队建立一个公众号也是非常有必要的。承担着对内通知、培训、知识体系积累；对外招生、宣传、科普和知识传播等重要作用。实验室公众号的作用相信在实验

2017-07-21 23:17:10 1838

原创科研经验2：云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台

为什么使用云协作每个实验都需要有个协作和资源共享的平台，如管理日常的工作记录和工作总结的定期提交、文章推荐和阅读、共享文献阅读笔记、技术和方法共享及版本管理等。如何方便的组织起这些工作呢，我推荐小规模实验室(20人以下)，可以直接使用免费版的有道云协作。下图为我们课题组的云协作平台，主要实现工作总结、实验方法和文献笔记共享三块功能。云协作优势手机、电脑、网页随时使用；实时在线保存，不会因断电

2017-07-21 22:43:51 3213

原创扩增子文献笔记2拟南芥根微生物组的结构和组成

拟南芥根微生物组的结构和组成课题组介绍这篇文章来自德国马普 Paul Schulze-Lefert 教授研究组2012年发表的Nature。虽然文章己发表了5年，但作为植物微生物组的开山之作，截止17年7月21日Google Scholar统计被引496次，推荐精读。 Paul是植物免疫和微生物组方面的大牛，每年都有CNS产出。详见其主页介绍。现在Paul组的很多成员都成了教授，比如遗传发育所的

2017-07-21 18:39:52 2945

原创 antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测2017年4月28日，核酸研究(Nucleic Acids Research)杂志上，在线公布了一个可搜索微生物次生代谢物合成基因组簇的综合性数据库antiSMASH数据库 4.0版，前3版年均引用250次，累计引物1600+；可实现基因组与基因组之间的相关天然产物合成基因簇的查询和预测。核酸研究杂志上，在线公布了一个可搜索微生物次生代

2017-07-20 20:21:46 14147

原创 Review：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

进入微生物组领域也快一年了，每天阅读的文献，总会碰到microbiota, metagenome, microbiome这三个关键字，那它们的具体意思是指什么呢。首先从Wiki学习，这里还是非常专业的。Microbiota 微生物群微生物群是指研究动植物体上共生或病理的微生物生态群体。微生物群包括细菌、古菌、原生动物、真菌和病毒。研究表明其在宿主的免疫、代谢和激素等方面非常重要。近义词Microbi

2017-07-20 20:12:18 6905

原创网络打印机安装教程：HP LaserJet Pro MFP M226dw，Windows解决外网无法使用打印机问题

网络打印机安装教程：HP LaserJet Pro MFP M226dw，Windows解决外网无法使用打印机问题本实验室打印机型号为 HP LaserJet Pro MFP M226dw 目前设置的打印机公网IP地址：159.226.116.226 为例请根据自己的操作系统，访问HP官网，查找相应的机型和对应操作系统的驱动。本例中的驱动见如下网址，下载相应的驱动程序。https://suppor

2017-07-19 17:40:49 48989 3

原创宏基因组公众号14天受邀原创-诚邀同行共享研究经验

庆祝“宏基因组”成为原创公众号“宏基因组”公众号于2017年7月3日发布第一篇技术文章，至17日受腾讯邀请，成为原创公众号。 14天14篇笔记，累积阅读近1.5万次，访问人数3000+(下图为公众号后台统计截图)。感谢每一位阅读和关注的小伙伴，祝大家在此领域快速成长、共铸辉煌。诚邀同行共享经验本人虽然入生物信息学领域近十年，但宏基因组相关项目经验也并不多，而此领域研究的对象又极广泛，不可能面面

2017-07-17 14:44:32 659

原创科研经验1：云笔记积累个人知识体系

笔记的记录方式笔记是个人能力提高和知识体系积累的关键性习惯！常见的笔记记录方式有三种，其实也是我个人笔记记录方式成长的三个阶段。1. 传统的纸记录方法。2008年我大学本科毕业前的记录方式，也可能是绝大多数人的习惯，最近问了6个使用程序语言工作的新手，居然有3人还使用纸记录的方式记录编程经验笔记，实在令我很吃惊，首先不用説代码的体量，就是以后想重用查找和输入就是极耗时的，绝不可取。2. Word

2017-07-17 07:57:03 3096

原创 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2020.11)

本文主要内容翻译自QIIME2官方教程 https://docs.qiime2.org/2017.6/tutorials/moving-pictures/ ，根据自己的服务器环境Ubuntu 16.04，添加或修改部分代码，并添加自己的理解。启动QIIME2对于上文扩增子分析QIIME2. 1简介和安装提到了两种常用安装方法，我们每次在分析数据前，需要打开工作环境，根据情况选择对应的打开方式。# 创

2017-07-16 15:09:04 23818 3

原创 QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.11)

QIIME2 https://qiime2.org/简介QIIME2是微生物组分析软件QIIME(截止17.7.13被引7771次)的全新版(不是升级版)，全部python3全新编写，并于明年全面接替QIIME，是代表末来的分析方法标准(大牛们制定方法标准，我们跟着用就好了)。优点更易于安装：QIIME1的安装让无数生信人竞折腰，现在官方发布了docker，下载即可运行；使用方法多样：支持命令

2017-07-14 12:43:16 84723 87

原创扩增子分析QIIME. 3以管理员安装QIIME1.9.1至Ubuntu16.04

Install QIIME 1.9.1 on Ubuntu 16.04 Desktop LTS x64所有公共软件、数据库，全部以yongxin(我的用户名)用户安装，为使计算机所有用户使用，此用户需要管理员权限。查看系统信息，安装依赖的必须软件# 查看系统版本lsb_release -a # Ubuntu 16.04 LTS# 查看python版本python --version# 安装py

2017-07-14 12:33:04 3651

原创扩增子图表解读8网络图：节点OTU或类Venn比较

作者: 刘永鑫日期：2017-7-1 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容

2017-07-11 14:53:01 8765

原创扩增子文献笔记1白杨内生和根际微生物组在不同生态位存在特异的群落结构

概述Beckers, B., et al. (2017). Microbiome 5(1): 25. 这篇文章分析了白杨树不同区域的细菌组成和差异，16S分析中非常中规中矩，而且没有任何后续实验，但在今年还能发这么好的杂志，大家可以一起分析一下原因。摘要材料方法：取根际土、根、茎和叶内组织进行16S扩增子分析目的：分析不同生态位的细菌群落结构结果：相比内生菌，根际微生物组结构更稳定；不仅

2017-07-11 13:23:33 3549

原创扩增子图片解读7三元图：美的不要不要的，再多用也不过分

作者: 刘永鑫日期：2017-6-30 阅读时长：15 min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S/ITS扩增子相关文献，来理解宏基因组扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文

2017-07-09 11:55:11 9816

转载 1003个微生物基因组数据发布

迄今为止最大规模微生物基因组数据发布：1003个新参考基因组！近日，美国能源部基因组研究所（DOE JGI）为地球微生物多样性的发现迈出了决定性的一步。6月12日在线发表在《Nature Biotechnology》的文章报道了Nikos Kyrpides课题组发布的1003个系统发育多样化细菌和古细菌的参考基因组，这是迄今为止最大规模的一次微生物基因组数据发布。细菌和古细菌是地球上最庞大的居民

2017-07-07 11:43:59 2468

转载单菌基因组测序常见问题

原文转自诺禾致源，本人对文章内容修改，并添加自己的理解。单菌基因组测序常见问题在单菌基因组的组装结果中，N50和N90代表什么意思？大于N50长度的序列占基因组总长的50%，大于N90长度的序列占基因组总长的90%。N50和N90是基因组组装中常用的组装指标，其含义为，将序列按照长度从大到小排列，依次计算大于该序列长度的序列总长，找到序列总长度刚好大于基因组总长度的50%（90%）位置，则该序列的

2017-07-03 14:27:41 8402

转载 16s rDNA数据分析经验总结

原文来自fanyucai博文，有修改和删减。去除嵌合体序列，推荐使用UCHIME多样性中，距离选择现在包括两种，一种是物种距离（Jaccard\Bray-Curtis）；另一种是基于进化的距离(Unifrac),基于进化的距离还包含权重和非权重两种，虽然含有进化信息但是，进化信息并不是越多越好，在结果呈现上，这两种我们都应该关注结果。距离一般分为离散和连续两种，由于物种的分布上，主要是离散的量，

2017-07-03 14:20:03 19764

原创 16s扩增子分析注意事项和经验总结Tips

个人1年多16s/ITS扩增子分析中积累的点点滴滴，此文适合新人了解相关零散知识，也适合有分析经验的人交流与讨论。以下分析的经验，是以测序数据类型为Illumina HiSeq 2500产出的双端250数据类型(PE250)为基础。扩增测序技术选择：推荐使用PE250，性价比超高；原始数据使用fastqc质量评估，会发现数据右端末端质量较差，这是测序仪原理导致，我们在双端合并时还会利用另一端高质

2017-07-03 13:34:19 11505 2

原创微生物测序样本准备方法总结

微生物测序样本准备方法原文转自诺禾致源，链接详见文末。本人有修改，并添加自己的经验。在微生物测序中，样本的准备从根本上是确保获得高质量DNA的前提，而样本准备也正是让众多微生物科研工作者感到困扰的重要一步。今天就给大家分类介绍一下常见的微生物样本类型及采样方法。医口样本类型样本种类推荐生物学重复肠道粪便,粘膜 6, 推荐 10 液体尿,血液,脑髓液,唾

2017-07-02 20:18:45 8305

原创解决iOS10.3打开APP提示未受信任的企业级开发者

非App store安装的程序，会提示：“未受信任的企业级开发者”，无法打开，而且也没有提示如何操作。具体设设置方法如下：设置 – 通用 – 设备管理 – 选择应用 – 信任

2017-07-02 10:17:14 11070

原创扩增子图表解读6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元

作者: 刘永鑫日期：2017-7-1 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容

2017-07-01 19:44:48 16767

原创扩增子图表解读5火山图：差异OTU的数量及变化规律

作者: 刘永鑫日期：2017-7-1 阅读时长：10min 背景介绍(Introduction)宏基因组学宏基因组学目前的主要研究方法包括：16S/ITS/18S扩增子、宏基因组、宏转录组和代谢组，其中以扩增子研究最为广泛。目的意义本系列文章将带领大家结合较新的16S扩增子相关文献，来理解宏基因组16S扩增子文章中常用图表种类、图中包括的基本信息，以及作者想表达的结果。主要内容本系列文章内容

2017-07-01 17:55:28 9697

原创扩增子分析流程1. QIIME虚拟机安装配置及挂载外部目录

QIIMEhttp://qiime.org/ QIIME 就定量微生物生态(Quantitative Insights Into Microbial Ecology)的缩写，读音同chime [tʃaɪm]。 QIIME分析流程；2010发表在Nature Method上，被引7689次，是目前比较主流的扩增子分析流程，而且持续的维护和创新，目前正在开发QIIME2。QIIME的安装QIIME的

2017-07-01 13:38:51 9135 7

原创扩增子、宏基因组测序问题集锦

扩增子、宏基因组测序问题集锦原文转自诺禾致源，点我阅读原文。作者整理的非常好，值得学习。但本人又结合自己经验进行了修改，并对每个问题例举了实例和添加自己的理解(个人经验部分)。微生物，是地球上最古老的生命形式之一，它们虽然微小，却无处不在。随着高通量测序技术的发展，测序成本逐步降低，测序通量飞速提高，如今我们可以用更低的成本，对微生物进行更深入和更广泛的研究。在微生物群落多样性研究中，目前主要的技术

2017-07-01 11:52:23 17164

刘永鑫的博客——宏基因组公众号

原创 Microbiome：微生物组研究中优化方法和规避误区

原创 Microbiome：宏蛋白质组揭示健康人肠道菌群的功能，离真相更近了一步

翻译 Cell：大肠癌耐化疗药，细菌是帮凶

原创微生物组文献1采用FimH拮抗物选择性抑制尿路致病性大肠杆菌

原创 QIIME 2教程. 03老司机上路指南Experience(2020.11)

原创科研经验3：公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口

原创科研经验2：云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台

原创扩增子文献笔记2拟南芥根微生物组的结构和组成

原创 antiSMASH数据库：微生物次生代谢物合成基因组簇查询和预测

原创 Review：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

原创网络打印机安装教程：HP LaserJet Pro MFP M226dw，Windows解决外网无法使用打印机问题

原创宏基因组公众号14天受邀原创-诚邀同行共享研究经验

原创科研经验1：云笔记积累个人知识体系

原创 QIIME 2教程. 02插件工作流程Plugin Workflows(2020.11)

原创 QIIME 2教程. 01简介和安装 Introduction & Install(2020.11)

原创扩增子分析QIIME. 3以管理员安装QIIME1.9.1至Ubuntu16.04

原创扩增子图表解读8网络图：节点OTU或类Venn比较

原创扩增子文献笔记1白杨内生和根际微生物组在不同生态位存在特异的群落结构

原创扩增子图片解读7三元图：美的不要不要的，再多用也不过分

转载 1003个微生物基因组数据发布

转载单菌基因组测序常见问题

转载 16s rDNA数据分析经验总结

原创 16s扩增子分析注意事项和经验总结Tips

原创微生物测序样本准备方法总结

原创解决iOS10.3打开APP提示未受信任的企业级开发者

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原创扩增子、宏基因组测序问题集锦

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

空空如也