2017年08月_刘永鑫Adam

原创让尸体说话-法医密档

写在前面周末总得休息一天，陪陪家人。“宏基因组”公众号每周六给大家推荐一部科普神剧，即涨姿势，又适合周末和老婆孩子一起看，绝对让你B格更高。前两周推荐了日本NHK的《生命大跃进》和英国BBC的《人体奥秘》，阅读人数分别为4000+和1000+，成为本公众号历史阅读排名第一和第三的文章。看来大家是喜欢看科普的，只是缺少宣传，接触的途径太少。这更使小编我坚定每周传播一次科普的决心。本周向大家推荐的是国产

2017-08-31 18:33:45 2016

原创宏基因组文章目录(9月1日更新)

“宏基因组”文章目录本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；软件和数据库使用SILVAngs: 扩增子16S/18S免费在线分析 antiSMASH: 微生物次生代谢物基因簇查询和预测微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达 psRobot：植物小RNA分析系统 RepeatMas

2017-08-31 10:18:22 2280

原创宏基因组扩增子3统计绘图：中文首发,最详系,零基础(箱线图、散点图、热图、曼哈顿图、火山图、韦恩图、三元图、网络图)

本网内容首发“宏基因组”公众号，更佳阅读体验、更多相关文章，欢迎点我跳转至公众号阅读注：文为蓝色字均为文章链接，可点击直达写在前面优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。扩增子系列课程也分为三部曲：第一部《扩增子图表解读》：就是本文中的内容，加速大家对同行文章的解读能力。第二部《扩增子分析流程》：学习数据分析的基本思路和流程。第三部《扩增子统计绘图》

2017-08-30 10:33:02 15373 6

原创扩增子统计绘图8网络图-MENA

本网对Markdown排版支持较差，对格式不满意的用户请跳转至或“宏基因组”公众号阅读；写在前面优秀的作品都有三部分曲，如骇客帝国、教父、指环王等。扩增子系列课程也分为三部曲：第一部《扩增子图表解读》：加速大家对同行文章的解读能力。第二部《扩增子分析解读》：学习数据分析的基本思路和流程。第三部《扩增子统计绘图》：即是对结果进行可视和统计检验，达到出版级的图表结果。《扩增子统计绘图》系列文章介绍《扩

2017-08-29 16:13:21 13526 3

原创扩增子统计绘图7三元图

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2017-08-28 19:25:53 3528

原创扩增子统计绘图6韦恩图：比较组间共有和特有OTU或分类单元

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2017-08-27 18:19:30 5013

原创中文扩增子分析视频教程推荐

在腾讯视频-教育频道，基因学院发布了一套比较详细的中文16S扩增子分析视频教程。本套课程共分为50节，目前发布到第34节。第一节：课程介绍 https://v.qq.com/x/page/e05055sf2l5.html第二节：微生物与人类 https://v.qq.com/x/page/v0505bceeo0.html第三节：微生物物种分类 https://v.qq.com/x/page/f

2017-08-26 22:53:18 1860 1

转载央视与遗传发育所合拍《锄禾者新说》科教片

周末继续科普时间，本文转载自“中科院遗传发育所”官方公众号。总有亲戚朋友问我是干什么的，经常解释了半天也没讲明白。想知道我们在干什么，看央视如何帮我们解释的通俗易懂，本实验室多名学生参与拍摄，年轻记者是亮点。水稻是世界近一半人口的主粮，与人们的生活息息相关。为普及水稻科学知识，探究水稻起源、演化、驯化历史以及现代育种技术的发展，中央电视台《走近科学-走进国家重点实验室》栏目以植物基因组学国家重点实验

2017-08-26 22:20:29 882

原创 Nature：拟南芥微生物组功能研究0概述

背景介绍Bai, Y., et al. (2015). “Functional overlap of the Arabidopsis leaf and root microbiota.” Nature 528(7582): 364-369.本文是2015末发表在Nature的Article文章，第一作者为白洋，主要负责拟南芥根相关菌分离、培养、测序和人工重组实验，现中科院遗传发育所研究员；共一的第四

2017-08-26 20:30:13 2099

原创 PJ：细菌挥发性物质和光合信号激活低铁响应途径

本文是荷兰乌特勒支大学Corne M.J. Pieterse教授实验室文章，Pieterse教授主要研究方向为植物微生物互作，其Google Scholar统计引用26703次(截止170823)。作者简介：https://www.uu.nl/staff/CMJPieterse Google Scholar：https://scholar.google.com/citations?user=iZ-

2017-08-25 21:09:33 733

原创扩增子统计绘图5火山图：差异OTU数量及变化规律

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2017-08-24 14:34:56 3511 1

原创扩增子统计绘图4曼哈顿图：差异OTU和Taxonomy

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2017-08-23 22:38:40 4433 3

转载 Comment：研究微生物，只靠多组学根本不够

转载自沈梦圆的博客：研究微生物，只靠多组学根本不够！ 2016年7月下旬在Nature Microbiology上发表了一篇名为Are multi-omics enough?[1]的评论性文章。通过阅读这篇文章我对微生物组学有了更为深入的了解。以下是几位专家的观点，我简单地翻译了一下，让我们来看看：内容摘要对微生物组的研究，要结合多组学、培养

2017-08-22 22:41:29 6538

原创扩增子统计绘图3热图：样品相关分析，差异OTU

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2017-08-22 22:01:08 7858 2

原创扩增子统计绘图2散点图：Beta多样性

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2017-08-21 20:37:56 9257 7

原创扩增子统计绘图1箱线图：Alpha多样性

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2017-08-20 22:29:14 7115 2

原创岛国电影生物科普就是强—生物大跃进

周末了，大家就不要再学技术和读文献了，一周总得休息一天放松一下，陪陪家人。从本周起，小编每周推荐一部科普神剧给大家，即涨姿势，又适合周末和老婆孩子一起看。岛国科普向来做的好，广大生物男大学阶段总是无意间被鸟国电影科普生物姿势，本周推荐一部分日本NHK的科普记录片——《生命大跃进》，讲述了通过高通量测序(NGS)等一系列技术研究近四十亿年间的生命进化历程。日剧女神新垣结衣也有加盟，剧中一人分饰姐妹

2017-08-19 10:52:22 1818

原创宏基因组-扩增子分析流程：中文首发,史上最详系,零基础自学

本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料，加速大家对同行文章的解读能力。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术，由于微生物组受环境影响大，实验间重复较差，更需要更多的实验重复和分析技术来保证结果的准

2017-08-18 09:45:30 8660 1

原创扩增子分析解读7物种分类统计,筛选进化树和其它

写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信关注过我的朋友大部分都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的最初是写本实验室的学生们学习的材料，加速大家对同行文章的解读能力。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分析是目前宏基因组研究中最常用的技术，由于微生物组受环境影响大，实验间重复较差，更需要更多的实验重复和分析技术来保证结果的准确性、可重复性。本系统文章叫分析解读，即有详细的扩增子分析流程代码

2017-08-16 23:50:40 4854

原创 NC：MetaSort通过降低微生物群落复杂度以突破宏基因组组装难题

点评：目前本领域研究最大的问题是缺少大量细菌基因组作为参考宏基因组序列。这一问题严重限制了研究的准确度和进一步功能研究。而目前的研究还主要集中在扩增子和宏基因组数据的宏观描述上，即使发布了大量宏基因组数据并没有推动本领域高质量参考基因组数据的积累。本文的分析方法正是为解决此问题，研究宏基因数据同时获得大量高质量的新物种基因组，即推动本领域的基础数据积累，也定能为研究结果增色不少。文章作者简介这篇

2017-08-15 18:37:42 1833

原创 Endnote X8云同步：家里单位实时同步文献笔记，有网随时读文献

只要你用的是正版Endnote，即可使用云同步。破解版的我没有测试过，朋友们可自行尝试。Endnote是非常强大的文献管理系统，我们每天基本都在阅读文献，添加笔记。每天使中存在两个问题： 1. 在单位收集的文献，怎么方便在家里阅读呢？ 2. 这么多辛苦收集整理的文献，没有备份万一丢失怎么办？下面我们开启Endnote的云同步功能，一次解决上面的问题。1. 注册账号访问如下网址： https://

2017-08-14 13:02:08 29589 1

原创扩增子分析解读6进化树,Alpha,Beta多样性

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2017-08-14 09:49:18 13250 1

原创 psRobot：植物小RNA分析系统

psRobot：植物小RNA分析系统简介官网：http://omicslab.genetics.ac.cn/psRobot/PsRobot是中科院遗传发育所王秀杰组的作品，主要实现小RNA的mapping，miRNAs前体和成熟体的预测、降解组分析等功能。发布不到5年，截止17年7月25日，Google scholar统计引用91次(不乏Nature, Sicence文章)，psRobot网站统计访

2017-08-13 19:18:07 5416 1

原创扩增子分析解读5物种注释,OTU表操作

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2017-08-12 15:58:00 24659 1

原创 Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压

肠道菌群失衡促进高血压简介这篇文章2017年初发表在Microbiome上。使用宏基因组和宏代谢组技术，研究高血压人群与健康人群的肠道菌群差异。即发现了差异菌，又发现了差异代谢物，同时还有粪便移值的动物实验证实菌群与高血压的因果关系。技术路线和逻辑清楚，值得学习，推荐阅读。赵方庆这篇文章有19名作者，15个单位。大部分我不熟，只有第二作者(共一)赵方庆老师比较熟。赵老师是中科院北京生科院的研究员，之

2017-08-11 12:55:24 3275

原创扩增子分析解读4去嵌合体,非细菌序列,生成代表性序列和OTU表

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2017-08-11 09:47:32 9158

原创扩增子分析解读3格式转换,去冗余,聚类

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2017-08-10 10:00:32 4686

原创 Microbiome：HiSeq平台16S扩增子超高通量测序文库构建方法

Microbiome：HiSeq平台16S扩增子超高通量测序文库构建方法摘要背景先进的测序技术和生物信息分析，使微生物群体分析的技术路线非常成熟。然而，在数据产生过程中的技术仍需改进，如增加通量并降低成本，建立评估体系来鉴定测序中的引入的偏好。方法我们采用三重索引(Index)的扩增子测序策略，以极低的成本产生大量样品的数据，并且只比传统方法多很短的时间。设计采用两阶段PCR方法，每个样品整合了三类

2017-08-09 14:51:24 6281

原创 Microbiome：重新定义“卫生”的概念

欢迎点击上方蓝色「植物微生物组」关注我们！标题：干净的含义——协调“卫生”概念与现代菌群视角背景人类卫生的概念己经根深蒂固将清洁与维持健康联系在了一起。大家广泛接受的细菌致病理论，认为健康就是无菌。本综述回顾手部健康的文献，发现无一例外是简单粗暴的全面灭菌来实现降低细菌传播。而这一行为与近年来的研究相悖，因为人类从初始与菌长期进化和共生的结果，存在多种有益功能。综述在手部等皮肤表面，栖息

2017-08-08 22:34:12 760

原创扩增子分析解读2提取barcode,质控及样品拆分,切除扩增引物

本网对Markdown排版支持较差，请跳转“宏基因组”公众号阅读；写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信很多朋友都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的初衷是写给本领域刚进实验室的学生读，加速大家对同行文章的解读能力。如果连同行的结果都看不懂，何谈对数据的理解，对科学问题的解释。希望刚入行的小伙伴多读高水平文章，配合我的解读，定能让理解上升一个层次。《扩增子分析解读》系列文章介绍扩增子分

2017-08-08 21:38:12 21269

原创扩增子分析解读1质控,实验设计,双端序列合并

写在前面之前发布的《扩增子图表解读》系列，相信很多朋友都看过了(链接直达7月文章目录)。这些内容的初衷是写给刚进实验室的学生读，加速大家对同行文章的解读能力。如果连同行的结果都看不懂，何谈对数据的理解，对科学问题的解释。希望刚入行的小伙伴多读高水平文章，配合我的解读，定能让理解上升一个层次。之前説过的，此系列只要阅读过万，留言过百即分析纯干货《扩增子分析解读》。结果本公众号开通1个月，阅读量居然已经

2017-08-08 14:15:10 6440 3

原创 QIIME 2教程. 09数据导入Importing data(2020.11)

声明：本文为QIIME2官方帮助文档的中文版，由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效，文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁，如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新，请阅读英文原版 https://docs.qi

2017-08-04 23:16:24 6854

原创 QIIME 2教程. 08差异丰度分析gneiss(2020.11)

点击上方蓝色「宏基因组」关注我们！专业干货每日推送！声明：本文为QIIME2官方帮助文档的中文版，由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效，文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁，如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时

2017-08-04 23:05:07 4875 1

原创 SILVAngs：免费在线宏基因组扩增子分析系统

SILVAngs - rDNA-based microbial community analysis using next-generation sequencing (NGS) data简介SILVAngs是著名rDNA数据库SILVA刚上线的一个功能插件，可以实现基于rDNA(包括16S/18S/ITS/23S/28S)扩增子高通量数据的在线自动化分析。目的本系统是对高通量rDNA扩增子测序数

2017-08-04 17:32:54 2354

原创宏基因组公众号7月精选文章目录

原始声明文章科研经验1云笔记积累个人知识体系 2云协作建立实验室工作总结和内部资料共享平台 3公众号建立实验室共享知识体系和宣传窗口宏基因组公众号14天受邀原创-诚邀同行共享研究经验 QIIME2教程1简介和安装 2人体微生物组分析实战Moving Pictures 3粪便菌群移植分析实战FMT 4沙漠土微生物组分析实战Atacama soil 5数据导入Importing data

2017-08-04 11:40:41 1003

原创 QIIME 2教程. 07Cell帕金森小鼠Parkinson‘s Mouse(2020.11，最佳实战)

QIIME2. 7元数据 Metadata in QIIME 2本节分析需要完成1QIIME2安装和2分析实战Moving Picture。什么是元数据Metadata元数据是实验设计的描述信息表或统计结果，是分析原始数据必须的基本信息。元数据是从原始数据中获得生物学发现的关键。在QIIME2中，样品的元数据包括技术细节，如DNA条形码用于区分样品、样品描述，如分类、时间点、取样部分等。对于特征

2017-08-03 19:48:44 8124 1

原创 QIIME 2教程. 05粪菌移植分析练习Fecal microbiota transplant (FMT)(2020.11)

声明：本文为QIIME2官方帮助文档的中文版，由中科院遗传发育所刘永鑫博士翻译并亲测有效，文档翻译己获QIIME2团队官方授权。由于QIIME2更新频繁，如使用中遇到问题请访问QIIME2官方论坛阅读最新版中文帮助。 https://forum.qiime2.org/t/qiime2-1-chinese-manual/838 如中文翻译没有急时更新，新阅读英文原版 https://docs.

2017-08-02 22:20:39 6300 2

原创白洋组公众号-植物微生组33天受邀原创-诚邀同行分享经验

白洋组公众号-植物微生组33天受邀原创-诚邀同行分享经验白洋课题组白洋成立于2016年5月，研究方向为植物微生物组。实验室结合高通量微生物培养、宏基因组数据分析和微生物菌群重组等技术，系统地研究根系微生物组在植物抗病、营养吸收和生长发育等过程中的功能和分子机理。主页：http://bailab.genetics.ac.cn/ 实验室主页2016年9月12日上线，至今不到一年，有63个国家地

2017-08-02 07:45:01 1474 1

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

空空如也