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刘永鑫的博客——宏基因组公众号

生物信息学-宏基因组学方向

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转载 Nature:地球微生物组计划首发成果

Thompson LR, Sanders JG, McDonald D, Amir A, Ladau J,Locey KJ et al (2017). A communal catalogue reveals Earth’s multiscalemicrobial diversity. Nature.本文今年11月1日在线发表,23日正式出版,翻译导读转载自”土壤微生物生态课题组”公众号,己获授权。

2017-11-27 19:47:04 4178

转载 Nature Reviews:拥抱未知:解析土壤微生物组的复杂性

Fierer N. Embracing the unknown: disentangling the complexities of the soil microbiome. Nature Reviews Microbiology, 15:579-590 (2017)本文今年8月21日在线发表的综述,翻译转载自”土壤微生物生态课题组”公众号,己获授权。 原文链接:https://www.natur

2017-11-27 06:37:25 8200

原创 宏基因组实战10. 绘制圈图-Circos安装与使用

前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系列前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比

2017-11-22 23:34:45 7107

原创 宏基因组实战9. 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi'o

前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash5基于Kmer比

2017-11-21 09:22:15 7663

原创 宏基因组实战8. 分箱宏基因组binning, MqaxBin, MetaBin, VizBin

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2017-11-21 09:21:05 12620

原创 一片看懂肠道菌群在人体中的作用-岛国科普又走在了我们前面

影片信息日文名:腸内フローラ解明!驚異の細菌パワー 中文名:肠道细菌 / 肠道花园 类型:医療健康 时长:49min 官网:http://www.nhk.or.jp/special/detail/2015/0222/ 播出时间:2015年2月22日 午後9時00分~9時49分腾讯视频链接 https://v.qq.com/x/cover/qzrjwfp0aprbido/m0019tif4

2017-11-13 19:20:21 16402 27

原创 中文速读微生物组(宏基因组)前沿文献——这个可以有

写在前面微生物组/宏基因组是当今世界生物科学的热门领域,本领域文章也比较多,有没有人在整理和翻译优秀文章的导读呢?让我们可以用母语快速浏览最新进展,并筛选符合自己口味的研究成果呢?这个还真有,那就是公众号”热心肠先生”,已经整理了4000+本领域专业文章的导读和评论,即适合所有感兴趣本领域的大众增涨科普知识,又适合专业人士跟踪前沿文献和筛选重点目标。“热心肠先生”值得同行关注的原因每天推送8篇前沿

2017-11-13 18:31:39 1538

原创 宏基因组实战7. bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

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2017-11-13 18:04:16 14990

原创 宏基因组实战6. 不比对快速估计基因丰度Salmon

前情提要如果您在学习本教程中存在困难,可能因为缺少背景知识,建议先阅读本系统前期文章宏基因组分析理论教程微生物组入门圣经+宏基因组分析实操课程1背景知识-Shell入门与本地blast实战2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer3组装拼接MEGAHIT和评估quast4基因注释Prokka5基于Kmer比较数据集sourmash测试数据刘博士帮

2017-11-08 21:07:12 10767

原创 R中控制输出数值的小数点位数round,和有效数字位数signif

小数点位数roundround(x, n) # x为数字、n为保留的位置 示例> x=3.1415926> round(x,3)[1] 3.14如果位数太长,需要科学计数法时,用round会自动变零,不适合> y=0.000000000013> round(y,3)[1] 0有效数字倍数signifsignif(y, n) # y为数字、n为保留的位置 示例> y=0.000000000

2017-11-06 09:56:14 51377 2

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909)

Windows系统R语言4.0安装包合集(20200909),可下载后解压,替换Windows中R语包安装目录,如我的文档,R,win-libarary,4.0

2020-09-09

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