肠道菌群数据集：整理的肠道菌群数据库合集

MiBioGen

网址: https://mibiogen.gcc.rug.nl/menu/main/home/

MiBioGen是专门针对肠道菌群的一个大型数据库，广泛应用于孟德尔随机化（Mendelian Randomization, MR）研究。

MiBioGen整合于多个研究项目的大量人类肠道微生物组数据，包括宏基因组测序数据和相关的遗传变异等信息。

提供高质量的肠道微生物组数据，包括微生物丰度、多样性指标等。提供与肠道微生物相关的遗传变异信息，支持MR研究。是支持查询和下载感兴趣的数据集进行分析。

其涵盖了多种肠道微生物，数据量大且质量高。

包括微生物组成、功能基因、代谢途径等多个层面的数据。

应用领域:流行病学研究: 用于探索肠道微生物与各种疾病（如心血管疾病、代谢性疾病等）之间的关系。

Animal Microbiome Database (AMDB)

网址: http://leb.snu.ac.kr/amdb

AMDB韩国首尔大学研究团队开发的一个数据库，专注于动物的肠道微生物组。该数据库收集并整合了来自34个研究项目的2530个样本的测序数据，涵盖了467种动物的10,478个肠道微生物的分布和群落结构的一些信息。

Human Microbiome Project (HMP)

网址: https://www.hmpdacc.org/

HMP是大规模的人类微生物组研究项目，由美国国家卫生研究院（NIH）资助。

此项目提供健康人体内多个部位的微生物组数据，包括肠道、口腔、皮肤、鼻腔等。提供高质量的宏基因组测序数据和元数据。提供多种分析工具，如序列比对、功能注释等。

The Integrative Human Microbiome Project (iHMP)

网址: https://www.hmpdacc.org/ihmp/

iHMP是HMP的延续项目，上一个就是HMP，重点关注特定疾病状态下的微生物组变化。

iHMP收集的有来自妊娠、炎症性肠病和前驱糖尿病患者的多时间点样本数据。如同一患者在不同时间点的微生物组数据，便于动态分析。整合了宏基因组、宏转录组、代谢组等多种组学数据。

gutMEGA

网址: http://gutmega.net/

gutMEGA是一个专注于人类肠道微生物宏基因组数据的数据库。收集了迄今为止已发表的人类肠道微生物宏基因组数据。涵盖了大量已发表的文献数据，数据量丰富。

网址: http://gmrepo.hgc.jp/

GMrepo是一个综合的肠道微生物组数据库，提供了来自多个研究的宏基因组数据。这一个数据平台收集并整合了来自多个研究项目的肠道微生物组数据。

CRAMdb

网址: http://cramdb.cuhk.edu.hk/

CRAMdb是一个专门针对国内人群肠道微生物组的数据库。整合了来自多个研究项目的中国人群肠道微生物组数据。专注于国内人群的肠道微生物组数据，具有一定的地域特色。

gutMGene

网址: http://gutmicrobiota.imbc.jnu.ac.kr/

gutMGene是一个韩国的研究团队开发的肠道微生物组数据库。收集并整合了来自多个研究项目的肠道微生物组数据。

TCMA (The Cancer Microbiome Atlas)

网址: https://tcma.pratt.duke.edu/

TCMA 是一个专门针对癌症患者的肠道微生物组数据库。来自多个研究项目的癌症患者肠道微生物组数据。

MG-RAST(Metagenomics Rapid Annotation using Subsystem Technology)

网址: https://mg-rast.org/

MG-RAST是用于宏基因组数据分析的在线平台。

数据来源:MG-RAST 接受用户上传的宏基因组测序数据，并提供分析服务。

QIITA (Quantitative Insights Into Microbial Ecology)

网址: https://qiita.ucsd.edu/

QIITA 是一个用于微生物组数据分析和存储的在线平台。

QIITA接受用户上传的微生物组测序数据，并提供分析服务。

EMBL-EBI Metagenomics

网址: https://www.ebi.ac.uk/metagenomics/

EMBL-EBI Metagenomics是一个综合的宏基因组数据库，由欧洲生物信息研究所（EMBL-EBI）维护。