数据库 | AMDB：动物肠道微生物群落数据库

动物肠道菌群是生活在宿主肠道内的多种微生物群落，主要由细菌，以及一些古菌、真菌、原生动物和病毒组成。肠道菌群由于其影响宿主生理的潜力而受到广泛关注。据推测，肠道菌群对宿主进化亦有贡献，肠道菌群和宿主呈现双向相作，宿主系统发育和饮食在很大程度上决定了肠道菌群的变异。AMDB数据库包括来自不同动物物种的细菌16S核糖体RNA (rRNA)基因谱，可用于评估肠道微生物群和动物宿主之间的关系。该数据库可访问地址：http://leb.snu.ac.kr/amdb。

 

 

AMDB包含来自34个项目的2530个样本，共识别出139375个asv，对应81669 682个reads。在分类学分析中，84.94%的reads被分配到细菌类群，共10478个类群，AMDB中宿主总数为467种动物，分别代表9个分类纲(哺乳纲、鸟类纲、色足纲、爬行纲、放线菌纲、两栖纲、超肢纲、昆虫纲和钩端纲)和4个营养类群(杂食纲、草食纲、食肉纲和菌食纲)。

 AMDB可以分为四个主要部分，即Taxa, Samples, Projects/Hosts和Visualization。Taxa显示了与感兴趣的细菌分类群富集的样品；Samples提供了感兴趣的样品的肠道菌群组成；Projects/Hosts分别向用户提供关于项目和宿主的主要信息；Visualization可视化地呈现宿主和肠道菌群之间的关系的有价值的信息。AMDB将帮助科学家通过用户友好的界面快速获取动物肠道微生物数据，将有助于更好地了解动物的肠道微生物群。

 图：AMDB可视化展示

Tips

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参考文献

AMDB: a database of animal gut microbial communitieswith manually curated metadata. Nucleic Acids Research, 2021.