虚拟机R语言安装以及Rstudio安装过程记录与问题解决方法

目录

一.R的安装

1.1下载命令：

      sudo apt-get install r-base

      sudo dnf install R

      sudo yum install R

二.R相关软件包安装

2.1安装ggplot2软件包

2.2安装Bioconductor包

2.3安装 SingleCellExperiment 包

2.4安装scater 软件包

2.5总结

三.Rstudio server的安装

3.1选择安装版本

3.2安装过程中的问题

3.2.1解决方法

3.3检查

3.4宿主机与虚拟机相连

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一.R的安装

1.1下载命令：

在虚拟机安装好并且可以正常启用的情况下，打开虚拟机终端cmd，输入以下命令：

      sudo apt-get install r-base

      sudo dnf install R

      sudo yum install R

二.R相关软件包安装

2.1安装ggplot2软件包

安装 R 后，我们可以安装扩展 R 功能的软件包。ggplot2软件包用于数据可视化，安装好R后，输入以下命令即可安装：

install.packages("ggplot2")

2.2安装Bioconductor包

安装BiocManager软件包以轻松连接到Bioconductor服务器。命令为：

install.packages("BiocManager")

2.3安装 SingleCellExperiment 包

下载好Bioconductor之后，我们可以使用BiocManager的功能来安装Bioconductor的任何软件包，例如安装SingleCellExperiment包，命令如下：

BiocManager::install("SingleCellExperiment")

2.4安装scater 软件包

如果我们忘记了，任何Bioconductor软件包的登录页面上都有相同的说明。例如，查看Bioconductor上的scater软件包页面，命令如下：

BiocManager::install("scater") 

2.5总结

更新软件包：及时更新已安装的软件包，以获得最新的功能和修复bug

安装R语言和相关软件包时，确保虚拟机内存和CPU能够支撑运行

​​​​​​​三.Rstudio server的安装

3.1选择安装版本

不同虚拟机需要选择不同的Rstudio server安装，以我安装的ubuntu 20的来说，安装Rstudio server输入以下操作命令即可：

• sudo apt-get install gdebi-core
• Wgethttps://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2023.06.2-561-amd64.deb

• sudo gdebi rstudio-server-2023.06.2-561-amd64.deb   

3.2安装过程中的问题

• 我知道的情况就是大部分都会在第三步出现一个报错问题，报错问题如下：
• 还有可能是个404 not found这个错误

• 3.2.1解决方法

1. • 

• 此时如果看到还缺少libssl.so.1.1，则可通过下载openssl来下载对应的文件，命令为：

• 然后再返回（1）中的第三步安装rstudio server
• 若是404 not found这个问题，则检查网址是否打错，网络是否可用

• 3.3检查

• 用rstudio-server status检查安装状态
• 用sudo service rstudio start启动rstudio

• 3.4宿主机与虚拟机相连

• 首先打开虚拟机主页面，找到网络设置，进行网络配置

• 网卡2增加一个仅Host-Only”网络

• 打开宿主机控制面板，配置网络以及修改IP，DNS等地址
• 

• 在宿主机上联通虚拟机：先在虚拟机上查看自己的ip地址，然后去宿主机打开cmd，ping该ip

• 打开虚拟机终端查看是否连接上服务器

• 最后在浏览器用英文版输入 自己IP ：8787进入rstudio登录页面

• 可能出现问题ping的时候无法ping成功，报错为：“ping”不是内部命令或处理文件，则可通过配置环境变量或者更改路径即可