7+差异分析+WGCNA+PPI网络，学会了不吃亏

生信风暴

于 2023-11-09 21:26:13 发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/2301_79430545/article/details/134320949

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本文分析了GEO和ArrayExpress数据库中的生信数据，通过WGCNA和PPI网络分析鉴定了Barrett's Esophagus和Esophageal Adenocarcinoma的403个差异表达基因，并发现了五个关键基因（PRPF4、SRSF1、HNRNPM、DHX9、ORC2）与患者性别和预后相关。这些基因在RNA代谢和细胞周期中起关键作用，对理解疾病进展和预后具有重要意义。

摘要由CSDN通过智能技术生成

今天给同学们分享一篇生信文章“Integrated PPI- and WGCNA-Retrieval of Hub Gene Signatures Shared Between Barrett's Esophagus and Esophageal Adenocarcinoma”，这篇文章发表在Front Pharmacol期刊上，影响因子为5.6。

结果解读：

选定研究的数据

作者从GEO和ArrayExpress数据库中收集了总共682个研究，截至2019年10月。其中，排除了678个不符合纳入标准的数据集/研究。最终选择了四个潜在的研究。在这四个选定的研究中，三个是在Affymetrix人类基因组U133A平台上进行的，一个是在Affymetrix人类基因组U133 plus 2.0平台上进行的，总共选择了125个样本。在每个研究中，EAC样本与相邻的BE样本进行了比较。使用数据集GSE37200构建了一个具有相关临床特征信息的共表达网络。经过预处理和归一化处理，进一步处理了包含22,284个基因的GSE37200数据集，并选择了变异基因（12,701个）进行WGCNA研究。