2024 第六届中青杯数学建模竞赛B题完整分析参考论文（共32页）（含模型和代码等）

2024 第六届中青杯数学建模竞赛完整分析参考论文

B 题：药物属性预测

 

摘要 2

一、问题重述 3

二、问题分析 4

三、模型假设 5

四、模型建立与求解 6

4.1问题1 6

4.1.1问题1思路分析 6

4.1.2问题1模型建立 8

4.1.3问题1样例代码（仅供参考） 10

4.1.4问题1样例代码运行结果（仅供参考） 12

4.2问题2 14

4.2.1问题2思路分析 14

4.2.2问题2模型建立 15

4.2.3问题2样例代码（仅供参考） 18

4.2.4问题2样例代码运行结果（仅供参考） 20

4.3问题3 22

4.3.1问题3思路分析 22

4.3.2问题3模型建立 23

4.3.3问题3样例代码（仅供参考） 26

4.3.4问题3样例代码运行结果（仅供参考） 29

五、模型优缺点 31

六、模型推广 32

 

 

 

摘要

 

药物分子分类是现代药物研发中的一个重要问题，传统的分类方法通常依赖于复杂的化学属性分析和生物实验，耗时且难以处理大规模数据。为了提高分类效率和准确度，本次研究探讨了三种不同的药物分子分类方法，分别为传统方法、图神经网络（GNN）方法和一种改进的图神经网络方法，针对节点特征稀疏性和信息冗余问题进行了优化。

 

针对问题1，我们采用传统的机器学习方法构建了药物分子分类模型。首先，我们从图数据中提取分子指纹和分子描述符，然后利用随机森林算法进行分类，并评估其分类精度。实验结果表明，传统方法能够提供基本的分类能力，但在处理复杂数据时存在局限性。

 

针对问题2，我们引入了图神经网络（GNN）模型，该模型能够处理图结构数据并端到端地优化学习。我们利用图卷积网络（GCN）对药物分子进行分类，并通过实验验证其分类效果。结果显示，GNN模型在分类精度上显著优于传统方法，具有较高的分类准确度。

 

针对问题3，我们提出了一种改进的药物分子分类方法，以克服现有图神经网络在节点特征稀疏性和信息冗余问题上的挑战。我们结合变分自编码器（VAE）和图卷积网络（GCN）构建了一个混合模型。VAE部分用于生成更加有效的潜在特征表示，而GCN部分用于最终的分类任务。实验结果表明，改进的方法在分类精度上有了进一步提升，表明该方法能够更有效地处理复杂的分子数据。

 

在以上模型的基础上，我们进一步探讨了优化策略。在不同的数据处理和模型参数设置条件下，改进模型的分类效果得到进一步验证和优化。研究结果表明，通过合理的模型优化和改进，可以显著提高药物分子分类的准确性和效率，为大规模分子数据的分析提供了新的思路。

 

 关键词：药物分子分类，传统方法，图神经网络，变分自编码器，分类精度，节点特征稀疏性，信息冗余，模型优化

 

一、问题重述

问题1：利用传统方法建立药物分子分类模型

 

附件中提供了药物分子的图数据。使用传统的机器学习方法，利用这些图数据建立一个药物分子分类模型。模型应通过特征提取将图数据转换为可用于分类的特征向量。可以选择适当的特征提取方法，如手工设计的图特征或常用的图嵌入方法。完成模型训练后，请给出分类精度，并对结果进行详细的分析和讨论。

 

问题2：基于图神经网络的药物分子分类模型

 

传统的药物分子分类方法依赖于复杂的化学属性分析和生物实验，这不仅耗时耗力，而且难以处理大规模的分子数据。因此，发展一种高效、准确的分子分类方法成为当前科研的一个热点。近年来，图神经网络（GNN）作为一种新兴的技术被应用于药物分子挖掘，能够端到端进行模型的优化学习，并显著提升图分类的准确度。使用图神经网络模型对附件中的药物分子数据进行分类，并给出分类精度。最后，对分类结果进行详细的分析和讨论。

 

问题3：改进的图神经网络模型应对节点特征稀疏性和信息冗余问题

 

现有的图神经网络模型在处理具有节点特征稀疏性和信息冗余的图结构数据时面临挑战，这限制了模型在复杂网络分析中的应用效果。为了解决这些问题，提出一种新的药物分子分类方法，旨在突破现有模型的限制。可以结合变分自编码器（VAE）和图神经网络的方法，构建一个新型的模型，以提高对节点特征稀疏性和信息冗余问题的鲁棒性。最后，请对附件中的数据进行分类，给出试验结果，并进行深入的分析和讨论。

 

二、问题分析

 

问题1：利用传统方法建立药物分子分类模型

 

分析：药物分子分类是一项重要的任务，可以帮助加速新药的发现和开发。传统的分类方法通常依赖于特征工程，将分子的图结构数据转换为特征向量，然后使用经典的机器学习算法进行分类。常见的特征提取方法包括分子指纹（如MACCS keys）、图嵌入方法（如Node2Vec）等。利用这些方法，可以将图结构数据转化为向量表示，并应用支持向量机（SVM）、随机森林（RF）等分类算法进行训练和预测。分析结果时，需关注模型的分类精度、召回率、精确度等指标，以评估模型的性能。

 

问题2：基于图神经网络的药物分子分类模型

 

分析：传统的药物分子分类方法在处理大规模数据和复杂图结构时存在局限性。图神经网络（GNN）作为一种新兴技术，可以在保留图结构信息的同时进行端到端的学习。GNN能够有效地捕捉分子结构中的局部和全局信息，提高分类的准确性。为了建立基于GNN的分类模型，需要先将药物分子的图数据输入到GNN中，经过若干层的图卷积运算后，得到每个分子的嵌入表示，再通过全连接层进行分类。最终，需评估模型的分类精度，并与传统方法进行对比，分析其优劣。

 

问题3：改进的图神经网络模型应对节点特征稀疏性和信息冗余问题

 

分析：现有的GNN模型在处理节点特征稀疏性和信息冗余的图结构数据时，容易出现分类性能下降的问题。为了解决这些问题，可以结合变分自编码器（VAE）和GNN，构建一个新型的药物分子分类模型。VAE可以在节点特征的低维表示中去除冗余信息，增强特征的表达能力。将VAE的潜在表示作为GNN的输入，可以有效地缓解节点特征稀疏性和信息冗余问题。实验过程中，需验证改进模型在分类任务中的表现，并与传统GNN模型进行对比，分析其在处理复杂图结构数据时的优势。

 

 

 

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【腾讯文档】2024 第六届中青杯数学建模竞赛助攻资料

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